Herkules je vůdcem skupiny žoldnéřů, kterou tvoří král s kopím Amfiaraus z Argosu, zloděj Autolykus ze Sparty vrhající nože, divoký bojovník Tydeus z Théb, amazonská lučištnice Atalanta ze Skythie a jeho synovec, vypravěč Iolaus z Athén.
Herkules je prý polobůh, Diův syn, který dokončil legendárních Dvanáct prací poté, co ho zradila Héra, která ho přivedla k šílenství a přiměla ho zavraždit svou ženu Megaru a jejich děti během návštěvy u krále Eurysthea. V průběhu filmu není jasně prokázáno, že Herkules je skutečně Diovým synem, a mnozí jsou k tomuto tvrzení skeptičtí, stejně jako k příběhům o Herkulových slavných Dvanácti pracích. Navzdory tomu Herkules projevuje neobvyklou nelidskou sílu a nedostižnou obratnost v boji. Herkula však často pronásledují vzpomínky na smrt jeho ženy a dětí jeho rukou a také vidiny Cerbera.
Po dokončení nedávné mise a záchraně svého synovce na makedonském pobřeží v severním Řecku v roce 358 př. n. l. Herkules a jeho tým oslavují a popíjejí v taverně, když je osloví Ergenie, dcera krále Kotyse, která chce, aby Herkules vycvičil vojsko v Thrákii na obranu království před krvelačným vojevůdcem Rhesem. Herkules souhlasí poté, co jemu a jeho mužům nabídne svou váhu ve zlatě, a skupina je v Thrákii přivítána Cotysem a generálem Sitaklem, vůdcem thrácké armády.
Rhesus však dorazil ke kmeni Bessi ve střední Thrákii a Cotys trvá na tom, aby Herkules vedl armádu do boje na obranu Bessi, navzdory Herkulovým námitkám a nedostatečnému výcviku armády. Přicházejí však pozdě, protože údajné Rhesovo čarodějnictví obrátilo Bessi proti Thrákům. Poté, co jsou Bessiové poraženi po dlouhé a katastrofální bitvě, v níž padne nejméně polovina thráckých sil, Herkules a jeho spojenci armádu řádně vycvičí.
Když je výcvik dokončen, Herkules a Sitakles se po celodenní cestě na bitevním poli před horou Asticus střetnou s Rhesem a jeho vojáky. Thrákové donutí Rhesovo vojsko po urputné bitvě ustoupit, ale Rhesus sám vyjíždí vstříc Herkulovi a je jím poražen.
Rhesus je odveden zpět do Thrákie jako vězeň, kde je veřejně trýzněn a ponižován. Herkules se nad ním slituje a zabrání měšťanům, aby na něj házeli další předměty. Když se Herkules zmíní o Rhesových činech, při nichž vypaloval vesnice, Rhesus mu řekne, že to nebyl on ani jeho vojsko, a sdělí Herkulovi, že bojoval na špatné straně.
Později je Rhesus v palácovém sále spoután a ponechán na odiv. Když si všimne, že se nad ním Ergenie slitovala, Herkules ji konfrontuje a zjistí, že Rhesus mluvil o vesnicích pravdu v tom smyslu, že se pouze mstil za Cotysovy agresivní pokusy rozšířit své království. Ergenie sice s Cotysovými metodami nesouhlasí, ale ze strachu s ním souhlasí, protože její otec otrávil jejího manžela, předchozího krále. Cotys navíc vyhrožuje jejímu synovi Ariovi, skutečnému dědici trůnu.
Po obdržení odměny jsou žoldnéři připraveni odejít, ale Herkules se rozhodne zůstat, aby Cotyse zastavil, a všichni kromě Autolyka se rozhodnou ho následovat. Jsou však přemoženi a zajati Sitaklem a jeho muži. Když je Herkules spoután, je konfrontován s králem Eurystheem, který je ve spolku s Cotysem. Eurystheus mu prozradí, že Herkula omámil tu noc, kdy zemřela jeho rodina, protože ho považoval za hrozbu pro svou moc. Herkulovu rodinu ve skutečnosti zabili tři černí vlci vyslaní Eurystheem, což vedlo k Herkulovým neustálým halucinacím o Cerberovi. Když Cotys nařídí Ergenii za její zradu popravit, Amfiaraus Herkula povzbudí, aby si věřil, stejně jako všichni věří jemu. V ukázce nadlidské síly se Herkules osvobodí z pout, zachrání Ergenii a sám porazí vlky. Herkules osvobodí zajatce, včetně Rhesuse, a pak se postaví Eurystheovi, probodne ho vlastní dýkou a pomstí svou rodinu; je však přepaden Sitaklem, kterého pak probodne Iolaus, jenž se tajně zdokonaloval ve svých dovednostech.
Venku se Herkules a jeho vojsko utkají s Cotysem a jeho armádou. Arius je zajat jako rukojmí, ale zachrání ho Autolykos, který se rozhodl vrátit, aby pomohl svým přátelům. V následné bitvě je Tydeus při ochraně Aria smrtelně zraněn, ale bojuje dál a pobije mnoho thráckých vojáků, dokud nepadne; později umírá v Herkulově náručí. Herkules opět s pomocí nelidské síly vytlačí ze základů mohutnou sochu Héry a rozdrtí s její pomocí Kotyse a mnoho jeho vojáků. Zbývající vojáci spatří Herkula, když se v pozadí zableskne. Přeživší vojáci se Herkulovi pokloní a na trůn usedne Arius s Ergenií po boku. Když běží titulky, animované převyprávění Dvanácti prací ukazuje, jak Herkules s pomocí svých společníků těchto výkonů dosáhl.