Honduras se rozkládá na ploše 112 492 km² ve Střední Americe. Jak je patrné z fyzické mapy Hondurasu, země má tři hlavní topografické oblasti. Jedná se o rozsáhlou vnitrozemskou náhorní plošinu s kopci a horami, která dominuje krajině; Karibskou nížinu a Tichomořskou nížinu – lemující Fonsecký záliv.
Zalesněné vnitrozemské kopce a pohoří Sierra Madre protíná řada řek a širokých úrodných údolí; před nimi se táhnou písečné pláže. Nejvyšším bodem Hondurasu je 2 870 m vysoký Cerro Las Minas nacházející se v západní části země.
Karibská nížina se táhne podél celého severního pobřeží a tam, na severovýchodě, jak je vyznačeno na mapě, je Mosquito Coast široký neobydlený pás husté džungle, lagun a mangrovových bažin.
Tichomořská nížina obklopuje Fonsecký záliv a i tato země se poblíž pobřeží stává poněkud bažinatou. V Karibském moři se nacházejí četné zátoky a ostrovy, včetně Isla de la Bahia (Zátokové ostrovy), maličkých Cayos Cocinos (Vepřové ostrovy) a odlehlých Labutích ostrovů. V zálivu Fonseca se nachází několik dávno neaktivních sopečných ostrovů, včetně Tigre a Zacate.
Honduras je bohatý na vodu; mezi nejvýznamnější řeky patří Aquan, Coco, Patuca, Sico a Ulua; jediným významným jezerem je jezero Yojoa a největší z mnoha pobřežních lagun je laguna Caratasca na severovýchodě.
.