Práce s bource morušového
V roce 1862 byl Pasteur zvolen do Académie des Sciences a v následujícím roce byl jmenován profesorem geologie, fyziky a chemie na École des Beaux-Arts (Škola krásných umění). Krátce poté se Pasteur začal věnovat francouzské krizi bource morušového. V polovině 19. století napadla francouzské chovy bource morušového záhadná choroba. Ve Francii již nebylo možné produkovat vajíčka bource morušového a nebylo možné je dovážet z jiných zemí, protože nemoc se rozšířila po celé Evropě a zasáhla i kavkazskou oblast Eurasie a také Čínu a Japonsko. V roce 1865 byl průmysl bource morušového ve Francii a v menší míře i ve zbytku západní Evropy téměř zcela zničen. Pasteur nevěděl o bource morušového prakticky nic, ale na žádost svého bývalého učitele Dumase se ujal řešení tohoto problému, přijal výzvu a využil příležitosti dozvědět se více o infekčních chorobách. Brzy se stal odborníkem na chov bource morušového a identifikoval organismy, které způsobovaly onemocnění bource morušového. Po pěti letech výzkumu se mu podařilo zachránit hedvábnický průmysl díky metodě, která umožnila uchovat zdravá vajíčka bource morušového a zabránila jejich kontaminaci organismy způsobujícími onemocnění. Během několika let byla tato metoda uznána v celé Evropě; v zemích produkujících hedvábí se používá dodnes.
V roce 1867 Pasteur rezignoval na své administrativní povinnosti na École Normale Supérieure a byl jmenován profesorem chemie na pařížské univerzitě Sorbonna. Přestože byl v roce 1868 částečně ochrnutý (levá hemiplegie), pokračoval ve výzkumu. Studium bource morušového pro Pasteura představovalo zasvěcení do problematiky infekčních chorob a právě tehdy si poprvé uvědomil složitost infekčních procesů. Přestože byl zvyklý na stálost a přesnost laboratorních postupů, byl zmaten proměnlivostí života zvířat, kterou poznal na základě pozorování, že reakce jednotlivých bource morušového na onemocnění se liší v závislosti na fyziologických faktorech a faktorech prostředí. Zkoumáním těchto problémů si Pasteur vytvořil určité epidemiologické postupy, které mu dobře posloužily o několik let později, když se zabýval nemocemi zvířat a lidí.