Tab og forringelse af levesteder
Ukontrolleret udvikling har direkte ført til ødelæggelse af kritisk vigtige redetræningsstrande. Lys fra veje og bygninger tiltrækker ynglende skildpadder og desorienterer dem væk fra havet. Køretøjstrafik på strandene komprimerer sandet og gør det umuligt for skildpaddehunnerne at grave reder.
Søvolde og havmøller ændrer drivningsmønstre langs kysten og kan forårsage erosion eller ødelæggelse af hele strandafsnit. Strandrestaureringsprojekter, der har til formål at beskytte bygninger ved kysten, ved hjælp af opmudring og sandfyldning fortsætter med at ødelægge vigtige fødeområder nær kysten og ændre redetræningsstrande.
Vigtige fødeområder for havskildpadder som f.eks. koralrev og søgræsmarker bliver løbende beskadiget eller helt ødelagt som følge af sedimentation, afstrømning af næringsstoffer fra land, ufølsom turistudvikling, destruktive fangstmetoder og klimaændringer.
Jagt og krybskytteri
Jagt og indsamling af æg til konsum er hovedårsagerne til den drastiske nedgang i havskildpaddebestandene rundt om i verden. Grønne skildpadder fanges for deres kød, æg og calipee (det grønne kropsfedt, som er hovedingrediensen i skildpaddesuppe).
Forskere anslår, at krybskyttere hvert år tager 30.000 grønne skildpadder i Baja California, og at mere end 50.000 havskildpadder bliver dræbt i Sydøstasien og i det sydlige Stillehav.
Olive ridley-skildpadder er blevet jagtet for æg og deres hud brugt til læderproduktion. I 1960’erne blev over en million olive ridley-skildpadder slagtet hvert år på Mexicos Stillehavskyst. I mange lande fanger man unge havskildpadder, udstopper dem og sælger dem som kuriositeter til turister. Havskildpaddeæg betragtes i nogle lande som et afrodisiakum og spises rå eller sælges som snacks i barer og restauranter.
Handel
International handel med produkter som f.eks. skildpaddepande fra karetteskildpadder, calipee fra grønne skildpadder og læder fra olive ridley-skildpadder har forværret mængden af målrettet fangst af havskildpadder.
I løbet af de seneste årtier har Japan udviklet sig til det vigtigste land, der køber skildpadder (kendt som Bekko) fra tropiske lande til fremstilling af dyre håndværksprodukter. På trods af CITES-listen fortsætter handelen mellem lande, der ikke har underskrevet den, og den ulovlige handel.
Incidentel fangst
Hvert år fanges titusindvis af oliven-, Kemp’s-, grøn- og læderskildpadder i forbindelse med rejefiskeri. Havskildpadder er krybdyr, så når de ikke kan nå op til overfladen for at trække vejret, drukner de.
Garn og langlinefiskeri er også de vigtigste årsager til dødelighed blandt havskildpadder. På verdensplan bliver hundredtusindvis af havskildpadder årligt fanget i trawl, på langlinekroge og i fiskenet.
Klimaændringer
Klimaændringer og global opvarmning har potentiale til at få alvorlige konsekvenser for havskildpaddebestandene. Havskildpadder har en temperaturafhængig kønsbestemmelse, hvilket betyder, at en stigning i de globale temperaturer kan ændre andelen af hun- og han-skildpaddeunger, der udklækkes, og kan resultere i, at havskildpaddebestandene bliver ustabile.
Forurening
Marinskildpadder kan forveksle flydende plastmaterialer med vandmænd og kvæles til døde, når de forsøger at spise dem. Kasseret fiskegrej vikler sig ind i havskildpadder og kan drukne eller gøre en skildpadde ude af stand til at spise eller svømme. Affald på strandene kan fange ungerne og forhindre dem i at nå ud i havet. Olieudslip kan forgifte havskildpadder i alle aldre.
Sygdom
Mange typer sygdomme er blevet observeret hos havskildpadder. Nylige rapporter om en stigning i forekomsten af fibropapillomer, en tumorsygdom, der kan slå havskildpadder ihjel, menes at være forårsaget af afstrømning fra land- eller havforurening. På nogle af Hawaiiøerne er næsten 70 % af de strandede grønne skildpadder ramt af fibropapillomer.
Naturlige rovdyr og indførte arter
Marinskildpadder kan lægge mere end 150 æg pr. kuld og lægge flere gange hver sæson for at kompensere for den høje dødelighed, der forhindrer de fleste havskildpadder i at nå til modenhed. Den fine balance mellem havskildpadder og deres rovdyr kan tippe til skade for skildpaddernes overlevelse, når der indføres nye rovdyr, eller hvis de naturlige rovdyr pludselig øges i antal som følge af menneskelig indblanding.