Hercules er leder af en gruppe lejesoldater, der består af den spydbevæbnede konge, der er blevet profet, Amphiaraus fra Argos, den knivkastende tyv Autolycus fra Sparta, den vilde kriger Tydeus fra Theben, amazonernes bueskytte Atalanta fra Skythien og hans nevø, historiefortælleren Iolaus fra Athen.
Hercules siges at være halvguden Zeus’ søn, der fuldførte de legendariske tolv arbejdsopgaver, efter at han blev forrådt af Hera, som drev ham til vanvid og fik ham til at myrde sin kone Megara og deres børn under et besøg hos kong Eurystheus. I løbet af filmen er det ikke klart fastslået, at Herkules virkelig er Zeus’ søn, og mange er skeptiske over for denne påstand samt over for historierne om Herkules’ berømte tolv arbejdsopgaver. På trods af dette udviser Hercules en usædvanlig umenneskelig styrke og en næsten uovertruffen dygtighed i kamp. Herkules hjemsøges dog ofte af mindet om sin kones og sine børns død ved hans hånd samt af syner af Cerberus.
Efter at have afsluttet en nylig mission og reddet sin nevø på den makedonske kyst i Nordgrækenland i 358 f.Kr. fejrer Herkules og hans hold og drikker på en taverne, da de bliver kontaktet af Ergenia, datter af kong Cotys, som ønsker, at Herkules skal træne hærene i Thrakien for at forsvare kongeriget mod den blodtørstige krigsherre Rhesus. Herkules accepterer, efter at han og hans mænd bliver tilbudt sin vægt i guld, og banden bliver budt velkommen til Thrakien af Cotys og general Sitacles, leder af den thrakiske hær.
Rhesus er imidlertid nået frem til Bessi-stammen i det centrale Thrakien, og Cotys insisterer på, at Herkules skal føre hæren i kamp for at forsvare Bessi, på trods af Herkules’ indvendinger og hærens manglende træning. De kommer dog for sent, da Rhesus’ formodede trolddom har vendt bessierne mod thrakerne. Efter at bessierne er besejret efter et langt og katastrofalt slag, som resulterer i, at mindst halvdelen af de thrakiske styrker bliver dræbt, træner Herkules og hans allierede hæren ordentligt.
Når træningen er afsluttet, konfronterer Herkules og Sitacles Rhesus og hans soldater efter en dagsrejse på slagmarken foran Asticus-bjerget. Thrakerne tvinger Rhesus’ hær til at trække sig tilbage efter en hård kamp, men Rhesus selv rider ud for at konfrontere Herkules og bliver besejret af ham.
Rhesus bliver ført tilbage til Thrakien som fange, hvor han bliver offentligt pint og ydmyget. Herkules får medlidenhed og forhindrer byens borgere i at kaste flere genstande efter ham. Da Herkules nævner Rhesus’ handlinger med at brænde landsbyer ned, fortæller Rhesus ham, at det ikke var ham eller hans hær og fortæller Herkules, at han har kæmpet på den forkerte side.
Spå et senere tidspunkt i paladsets sal bliver Rhesus lænket og udstillet. Da han bemærker, at Ergenia har forbarmet sig over ham, konfronterer Herkules hende og finder ud af, at Rhesus fortalte sandheden om landsbyerne, idet han blot tog hævn over Cotys’ aggressive forsøg på at udvide sit kongerige. Selv om Ergenia ikke er enig i Cotys’ metoder, går hun med af frygt, da hendes far forgiftede hendes mand, den forrige konge, med sin far. Desuden truer Cotys hendes søn Arius, den sande arving til tronen.
Efter at have modtaget deres belønning er lejesoldaterne klar til at tage af sted, men Herkules beslutter sig for at blive tilbage for at stoppe Cotys, og alle undtagen Autolycus vælger at følge ham. De bliver dog overmandet og taget til fange af Sitacles og hans mænd. Mens han er lænket, bliver Herkules konfronteret med kong Eurystheus, som er i ledtog med Cotys. Eurystheus afslører, at han bedøvede Herkules den nat, hvor hans familie døde, da han så ham som en trussel mod sin magt. Herkules’ familie blev i virkeligheden dræbt af tre sorte ulve sendt af Eurystheus, hvilket resulterer i, at Herkules konstant hallucinerer om Cerberus. Da Cotys beordrer Ergenia til at blive henrettet for sit forræderi, bliver Hercules opmuntret af Amphiaraus til at tro på sig selv, ligesom alle tror på ham. I en opvisning af overmenneskelig styrke bryder Herkules fri af sine lænker, redder Ergenia og besejrer ulvene egenhændigt. Herkules løslader fangerne, herunder Rhesus, og konfronterer derefter Eurystheus, spidder ham med sin egen dolk og hævner sin familie; han bliver dog overfaldet af Sitacles, som derefter bliver stukket ihjel af Iolaus, der i hemmelighed har finpudset sine evner.
Ude i det fri kæmper Herkules og hans styrker mod Cotys og hans hær. Arius bliver taget som gidsel, men bliver reddet af Autolycus, som har besluttet at vende tilbage for at hjælpe sine venner. I den efterfølgende kamp bliver Tydeus dødeligt såret, mens han beskytter Arius, men han kæmper videre og slagter adskillige thrakiske soldater, indtil han falder; senere dør han i Herkules’ arme. Igen ved hjælp af umenneskelig styrke skubber Herkules en massiv statue af Hera fra dens fundamenter og bruger den til at knuse Cotys og mange af hans soldater. De resterende soldater ser Herkules, mens lynet blinker i baggrunden. De overlevende soldater bukker for Herkules, og Arius indtager tronen med Ergenia ved sin side. Mens rulleteksterne kører, viser en animeret genfortælling af de tolv arbejdsopgaver, hvordan Herkules udførte disse bedrifter med hjælp fra sine ledsagere.