Honduras har et areal på 112.492 km2 i Mellemamerika. Som det ses på det fysiske kort over Honduras, har landet tre store topografiske regioner. Det drejer sig om et stort indre plateau med bakker og bjerge, der dominerer landskabet, det caribiske lavland og Stillehavets lavland, der omkranser Fonseca-bugten.
De skovklædte bjerge i det indre af landet og Sierra Madre-bjergene er gennemskåret af en lang række floder og brede, frugtbare dale, som er omgivet af sandstrande. Den 2.870 m høje Cerro Las Minas, der ligger i den vestlige del af landet, er det højeste punkt i Honduras.
Det caribiske lavland strækker sig langs hele landets nordlige kystlinje, og der, i nordøst, som markeret på kortet, er Mosquitokysten en bred ubeboet strækning af tyk jungle, laguner og mangrovesumpområder.
Stillehavets lavland omgiver Fonseca-bugten, og dette land bliver også noget sumpet nær kysten. Landet har adskillige cays og øer i det Caribiske Hav, herunder Isla de la Bahia (Bay Islands), de små Cayos Cocinos (Hog Islands) og de fjerntliggende Swan Islands (Swan Islands). Et par længe hvilende vulkanske øer ligger i Fonseca-bugten, bl.a. Tigre og Zacate.
Honduras er vandrig; de vigtigste floder omfatter Aquan, Coco, Patuca, Sico og Ulua; Yojoa-søen er den eneste betydelige sø, og Caratasca-lagunen i den nordøstlige del er den største af de mange kystlaguner.