Sekvenser

author
0 minutes, 53 seconds Read

Dette afsnit viser som standard den kanoniske proteinsekvens og efter anmodning alle isoformer, der er beskrevet i posten. Det indeholder også relevante oplysninger om sekvensen/sekvenserne, herunder længde og molekylvægt.

Den proteinsekvens, der vises som standard, er den proteinsekvens, som alle positionelle annotationer henviser til. Vi kalder den den “kanoniske” sekvens.

Vi bruger den officielle IUPAC-aminosyrekode på et bogstav. For aminosyrerne selenocystein (Sec; U) og pyrrolysin (Pyl; O) følger vi den foreslåede nomenklatur.

For hver isoform angives isoformens navn samt dens længde og molekylmasse i Dalton. Massen er beregnet på grundlag af aminosyresammensætningen af hele sekvensen. Der er ikke taget hensyn til PTM’er, hvilket udelukker enhver proteolytisk behandling.

Kontrolsummen for den viste sekvens er også angivet. I øjeblikket er checksummen en 64-bit CRC-værdi (Cyclic Redundancy Check) (“CRC64”) baseret på en algoritme, der er beskrevet i ISO 3309-standarden. Det anvendte generatorpolynomium er x64 + x4 + x3 + x3 + x + 1 (se reference). Selv om to forskellige sekvenser i teorien kan have den samme CRC64-værdi, er sandsynligheden for, at dette vil ske, ekstremt lille.

Similar Posts

Skriv et svar

Din e-mailadresse vil ikke blive publiceret.