マチュピチュの都市部の中心に位置する太陽の神殿は、古代の城塞の中で最も象徴的な建物のひとつである。
太陽の神殿には3つの窓があり、1つは北向き、もう1つは東向きである。 北側の窓は3つの窓の中で最も大きく、その底の石に独特の形が切り取られている。 また、台座の石にも丁寧に作られた小さな穴がいくつかある。 同じような形の窓は、クスコの太陽神殿（コリカンチャ）にもある。 ペルー征服後に書かれた古代の年代記によると、窓の下には神聖なシンボルを表す大きな黄金の円盤が取り付けられていたという。 神殿の東側にある2つの小さな窓は、冬至（6月21日）と夏至（12月22日）の方向を向いており、南半球と北半球では逆になっている。 マチュピチュが放棄されたのは、スペイン征服のためではなく、このためだったという説がある。
神殿の内部には、太陽の神殿が乗っている自然の岩の頂上がある。
なお、太陽の神殿の安定性を懸念して、神殿の内部や階段への一般立ち入りは許可されていない。
インカの太陽の神殿-マチュピチュ
インカの太陽の神殿-マチュピチュ
インカの太陽の神殿-マチュピチュ