米国をはじめ、世界中でサンゴ礁が減少している。 多くの科学者は、現在、サンゴ礁を保護する努力を強化しなければ、サンゴ礁の存在そのものが危うくなると考えています（Frieler et al.2013）。 サンゴ礁に対する脅威は、地域的なものと世界的なものの両方があります。
サンゴ礁に対する地域的な脅威
ほとんどのサンゴ礁は、海岸近くの浅瀬で発生しています。 そのため、サンゴ礁資源の直接的な搾取や、陸上や沿岸域での隣接する人間活動による間接的な影響により、人間活動の影響を特に受けやすい。 サンゴ礁を劣化させる人間活動の多くは、地域の沿岸地域社会の社会的、文化的、経済的基盤に密接に関わ っています。
- 沿岸開発、浚渫、採石、破壊的な漁法や漁具、ボートの錨や座礁、レクリエーションの誤用（サンゴに触れたり、取り除いたり）などによる物理的損傷や破壊。 例えば、沿岸開発、都市の雨水流出、林業、農業による堆積
サンゴの種とその生息地の存在と回復にとって、堆積は主要なストレス要因として認識されています。 サンゴ礁に堆積した土砂は、サンゴを窒息させ、餌や成長、繁殖の能力を阻害する可能性があります。 - 農業や家庭での肥料使用、下水処理場や浄化槽などの排水、動物の排泄物から出る栄養分（窒素とリン）
栄養分は一般に、海洋生態系にとって有益であると認識されていますが、サンゴ礁は低い栄養レベルに合わせているので、栄養分の過剰は藻類の成長をもたらし、サンゴが呼吸に必要とする日光や酸素を遮断してしまうことがあります。 その結果、生態系全体のバランスが崩れてしまうことがよくあります。 - 不適切に処理された下水、雨水、家畜小屋からの流出物による病原体
まれではありますが、糞便汚染による細菌や寄生虫は、特に他の環境条件によってストレスを受けた場合、サンゴに病気を引き起こす可能性があります。 - 工業排水、日焼け止め、都市や農業からの流出水、採掘活動、埋立地からの流出水に含まれる金属、有機化学物質、農薬などの有害物質
農薬はサンゴの繁殖、成長、その他の生理学的プロセスに影響を与える可能性があります。 特に除草剤は、共生している藻類（植物）に影響を与える可能性があります。 特に除草剤は、共生藻類（植物）に影響を与え、サンゴとの共生関係を損ない、白化させる可能性があります。 水銀や鉛などの金属、ポリ塩化ビフェニル（PCB）、オキシベンゾン、ダイオキシンなどの有機化学物質は、サンゴの繁殖、成長速度、摂食、防御反応などに影響を与える疑いがあるとされています。 - 不適切な廃棄や雨水流出によるゴミやマイクロプラスチック
海に流れ込んだビニール袋やビン、捨てられた漁具などのゴミ（マリン・デブリスとも呼ばれます）は、サンゴに引っかかって光合成に必要な日光を遮ったり、サンゴ礁の生物が絡まり死んでサンゴを壊したり傷付けたりすることがあります。 劣化したプラスチックやマイクロプラスチック（石鹸のビーズなど）は、サンゴや魚、ウミガメ、その他のサンゴ礁の動物に食べられ、消化管をふさぎ、有害物質を持ち込む可能性があります。
これらのストレス要因の総合的影響は、全体的にサンゴ礁の回復力を低下させ、病気や侵入種に対する感受性を高める可能性があります。
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サンゴ礁に対する世界的な脅威
海洋温度の上昇と海洋化学の変化は、サンゴ礁の生態系に対する世界的な最大の脅威です。 これらの脅威は、大気温度の上昇と海水中の二酸化炭素濃度の増加によって引き起こされます。
大気温度の上昇に伴い、海水温も上昇します。 この温暖化により、サンゴが必要とする餌を作り出す微細な藻類が失われ、サンゴにストレスを与えています。 この藻類がなくなると、サンゴはポリプの下にある炭酸カルシウムの構造が白く見えるため、サンゴの白化として知られている状態（出口）。 白化がひどくなったり長引いたりすると、サンゴのコロニーが死滅したり、感染症などの脅威にさらされやすくなります。
健康なサンゴ（左）と白化したサンゴ（右）。 Photo credit: Henry Wolcott/Marine Photobank海面上昇、熱帯低気圧の頻度と強度の増加、海洋循環パターンの変化など、その他の気候の影響も、サンゴ礁に影響を及ぼす可能性があります。 大気中の二酸化炭素の量は海水中の量と均衡しているため、大気中の濃度が上昇すると、海水中の濃度も上昇します。 海水に入った二酸化炭素は反応して炭酸を生成し、酸性度が上昇します。
毎年、化石燃料（石油、石炭、天然ガス）の燃焼によって排出される二酸化炭素の約4分の1が海に吸収されています。 産業革命以来、海洋の酸性度は約 30%上昇し、これは数百万年前から発生していた割合の 10 倍以上です。 さらに、海洋酸性度は今世紀末までに現在のレベルよりさらに 40% 増加すると予想されています。
海洋酸性度の増加（pH 値の低下で測定）は、サンゴが炭酸カルシウム構造を形成するのに必要な溶存塩やイオンの利用可能性を低下させます。 その結果、サンゴの成長とサンゴ礁の成長は遅くなり、ある種は他の種よりも影響を受けます。 酸性化が進むと、サンゴの骨格が溶けてしまうこともあります。 地域レベルでは、陸上での人間活動による栄養塩の流出も沿岸海域の酸性度を高め、海洋酸性化の影響を悪化させる原因となります。