Praca z jedwabnikami
W 1862 r. Pasteur został wybrany do Académie des Sciences, a w następnym roku mianowano go profesorem geologii, fizyki i chemii w École des Beaux-Arts (Szkole Sztuk Pięknych). Wkrótce potem Pasteur zwrócił swoją uwagę na francuski kryzys związany z hodowlą jedwabników. W połowie XIX wieku francuskie szkółki jedwabników zaatakowała tajemnicza choroba. Nie można już było produkować jaj jedwabników we Francji, ani importować ich z innych krajów, ponieważ choroba rozprzestrzeniła się na całą Europę i zaatakowała region Kaukazu w Eurazji, a także Chiny i Japonię. Do roku 1865 przemysł jedwabniczy we Francji i, w mniejszym stopniu, w pozostałej części Europy Zachodniej, został niemal całkowicie zrujnowany. Pasteur nie wiedział praktycznie nic o jedwabnikach, ale na prośbę swojego dawnego mentora, Dumasa, zajął się tym problemem, przyjmując wyzwanie i wykorzystując okazję, by dowiedzieć się więcej o chorobach zakaźnych. Wkrótce stał się ekspertem w hodowli jedwabników i zidentyfikował organizmy, które wywołały chorobę jedwabników. Po pięciu latach badań udało mu się uratować przemysł jedwabniczy dzięki metodzie, która umożliwiła zachowanie zdrowych jaj jedwabników i zapobiegła ich zakażeniu przez organizmy wywołujące chorobę. W ciągu kilku lat metoda ta została uznana w całej Europie; do dziś jest stosowana w krajach produkujących jedwab.
W 1867 roku Pasteur zrezygnował z obowiązków administracyjnych w École Normale Supérieure i został mianowany profesorem chemii na Sorbonie, uniwersytecie w Paryżu. Mimo że w 1868 r. został częściowo sparaliżowany (lewy niedowład połowiczy), kontynuował swoje badania. Badania nad jedwabnikami stanowiły dla Pasteura wstęp do problematyki chorób zakaźnych i to właśnie wtedy po raz pierwszy zdał sobie sprawę ze złożoności procesów zakaźnych. Przyzwyczajony do stałości i dokładności procedur laboratoryjnych, był zdziwiony zmiennością życia zwierząt, którą poznał dzięki obserwacji, że poszczególne jedwabniki różnią się reakcją na chorobę w zależności od czynników fizjologicznych i środowiskowych. Badając te problemy, Pasteur rozwinął pewne praktyki epidemiologiczne, które przydały mu się kilka lat później, gdy zajmował się chorobami zwierząt i ludzi.