Comunidades bacterianas associadas à superfície, conhecidas como biofilmes, são responsáveis por um amplo espectro de infecções em humanos. Estudos recentes indicaram que superfícies contendo saliências de nanoescala, como as de asas de libélulas, criam um nicho hostil para a colonização bacteriana e o crescimento do biofilme. Esta funcionalidade foi imitada em metais e semicondutores ao criar nanopilares e outras nanoestruturas de alta relação de aspecto na interface destes materiais. No entanto, topografias bactericidas não foram relatadas em hidrólogos clinicamente relevantes e polímeros altamente conformes, principalmente devido à complexidade da fabricação de nanopartículas em hidrogéis com controle preciso do tamanho que também pode resistir à imersão aquosa. Aqui, relatamos a fabricação de nanoestruturas bactericidas de inspiração biológica em hidrogéis de celulose bacteriana (BC) usando irradiação de feixe de íons de baixa energia. Ao desafiar a visão atualmente aceita, mostramos que as nanoestruturas cultivadas em BC afetam preferencialmente as membranas rígidas como as da bactéria Gram-positiva Bacillus subtilis de forma dependente do tempo e, em menor extensão, a membrana mais deformável e mais macia da Escherichia coli. Além disso, as nanoestruturas na BC não afetaram a viabilidade dos preosteoblastos murinos. Usando a análise monocelular, demonstramos que de fato B. subtilis requer menos força que E. coli para ser penetrada por nanossondas com dimensões comparáveis às da BC nanoestruturada, fornecendo a primeira evidência experimental direta validando um modelo mecânico de ruptura de membrana através de um mecanismo induzido por tensão dentro da teoria da energia de ativação. Os nossos resultados fazem a ponte entre as superfícies mecanobactericidas e os materiais de baixa dimensão, incluindo nanotubos de carbono de parede única e nano folhas de grafeno, nos quais uma maior actividade bactericida em relação às bactérias Gram-positivas tem sido amplamente relatada. Os nossos resultados também demonstram a capacidade de conferir propriedades bactericidas a um hidrogel, alterando apenas a sua topografia à escala nanométrica e contribuindo para uma melhor compreensão da mecanobiologia bacteriana, que é fundamental para o desenho racional das topografias bactericidas.