Hercules é o líder de um bando de mercenários que inclui o rei-profeta de lança Amphiaraus de Argos, o ladrão Autolycus de Esparta, o guerreiro selvagem Tydeus de Tebas, o arqueiro Amazonas Atalanta de Cítara, e seu sobrinho, o contador de histórias Iolaus de Atenas.
Hércules é dito ser o semideus filho de Zeus, que completou os lendários Doze Trabalhos depois de ter sido traído por Hera, que o enlouqueceu e o levou a matar sua esposa Megara e seus filhos durante uma visita ao rei Euristeu. Ao longo do filme, não está claramente estabelecido que Hércules é verdadeiramente o filho de Zeus e muitos são cépticos quanto à afirmação, bem como quanto às histórias dos famosos Doze Trabalhos de Hércules. Apesar disso, Hércules demonstra uma força desumana incomum e uma habilidade de combate inigualável. No entanto, Hércules é frequentemente assombrado pela memória da morte da sua mulher e filhos pela sua mão, bem como pelas visões de Cérbero.
Após terminar uma missão recente e salvar o seu sobrinho na costa da Macedónia no norte da Grécia em 358 a.C., Hércules e a sua equipa estão a celebrar e a beber numa taberna quando são abordados por Ergénia, a filha do rei Cotys, que quer que Hércules treine os exércitos da Trácia para defender o reino do sanguinário senhor da guerra Rhesus. Hércules aceita depois que ele e os seus homens recebem o seu peso em ouro, e a banda é recebida em Trácia por Cotys e pelo General Sitacles, líder do exército trácio.
No entanto, Rhesus chegou à tribo Bessi na Trácia Central e Cotys insiste que Hércules lidera o exército na batalha para defender os Bessi, apesar das objecções de Hércules e da falta de treino do exército. No entanto, eles chegaram tarde demais, pois a suposta feitiçaria de Rhesus virou os Bessi contra os trácios. Depois de os Bessi serem derrotados após uma longa e desastrosa batalha que resultou na morte de pelo menos metade das forças trácias, Hércules e os seus aliados treinam devidamente o exército.
Quando o treino está completo, Hércules e Sitacles confrontam Rhesus e os seus soldados após uma jornada de um dia no campo de batalha antes do Monte Asticus. Os trácios forçam o exército de Rhesus a recuar após uma árdua batalha, mas o próprio Rhesus cavalga para enfrentar Hércules e é derrotado por ele.
Rhesus é levado de volta à Trácia como prisioneiro, onde é publicamente atormentado e humilhado. Com pena, Hércules impede que os habitantes da cidade lhe atirem mais objectos. Quando Hércules menciona as acções de Rhesus de queimar aldeias, Rhesus diz-lhe que não foi ele ou o seu exército e diz a Hércules que tem estado a lutar do lado errado.
Later, no salão do palácio, Rhesus é acorrentado e deixado em exposição. Reparando que Ergénia teve pena dele, Hércules confronta-a e descobre que Rhesus estava a dizer a verdade sobre as aldeias, na medida em que estava apenas a retaliar contra as tentativas agressivas de Cotys para expandir o seu reino. Apesar de Ergénia não concordar com os métodos de Cotys, ela segue por medo, pois o seu pai envenenou o seu marido, o rei anterior. Além disso, Cotys ameaça seu filho Arius, o verdadeiro herdeiro ao trono.
Após receberem a recompensa, os mercenários estão prontos para partir, mas Hércules decide ficar para trás para deter Cotys, com todos menos Autolycus escolhendo segui-lo. No entanto, são dominados e capturados por Sitacles e seus homens. Enquanto acorrentado, Hércules é confrontado pelo rei Eurístheus, que está em liga com Cotys. Eurísteu revela que drogou Hércules na noite em que a sua família morreu, vendo-o como uma ameaça ao seu poder. A família de Hércules foi de facto morta por três lobos negros enviados por Eurystheus, resultando nas alucinações constantes de Hércules com Cerberus. Quando Cotys ordena que Ergenia seja executada pela sua traição, Hércules é encorajado por Amphiaraus a acreditar em si mesmo, tal como todos acreditam nele. Numa demonstração de força sobre-humana, Hércules liberta-se das suas correntes, salvando Ergénia e derrotando os lobos sozinha. Hércules liberta os prisioneiros, incluindo Rhesus, e depois confronta Euristheus, empalando-o com a sua própria adaga e vingando a sua família; no entanto, é emboscado por Sitacles, que é depois esfaqueado até à morte por Iolaus, que tem vindo a aperfeiçoar secretamente as suas capacidades.
Fora, Hércules e as suas forças lutam contra Cotys e o seu exército. Arius é feito refém, mas resgatado por Autolycus, que decidiu regressar para ajudar os seus amigos. Na batalha seguinte, Tydeus é mortalmente ferido enquanto protege Arius, mas continua a lutar, massacrando numerosos soldados trácios até que ele cai; mais tarde, morre nos braços de Hércules. Novamente usando força desumana, Hércules empurra uma estátua maciça de Hera das suas fundações e usa-a para esmagar Cotys e muitos dos seus soldados. Os restantes soldados vêem Hércules como relâmpagos no fundo. Os soldados sobreviventes curvam-se perante Hércules e Arius toma o trono, com a Ergénia a seu lado. Enquanto os créditos rolam, uma recontagem animada dos Doze Trabalhos mostra como Hércules realizou estas proezas com a ajuda dos seus companheiros.