Honduras ocupa uma área de 112.492 km2 na América Central. Como observado no mapa físico de Honduras, o país possui três grandes regiões topográficas. Estas são um vasto planalto interior de colinas e montanhas que dominam a paisagem; as planícies do Caribe, e as planícies do Pacífico – que margeiam o Golfo de Fonseca.
As colinas interiores florestadas e a Serra Madre são atravessadas por uma grande série de rios e vales largos e férteis; frentes de praias arenosas. Os 2.870 m de altitude do Cerro Las Minas, localizado na parte ocidental do país, é o ponto mais alto de Honduras.
As terras baixas do Caribe se estendem ao longo de toda a sua costa norte, e ali, no nordeste, como marcado no mapa, a Costa do Mosquito é um amplo trecho desabitado de selva densa, lagoas e manguezais.
As terras baixas do Pacífico rodeiam o Golfo de Fonseca, e essa terra também se torna um pouco pantanosa perto da costa. O país tem numerosos cayos e ilhas no Mar do Caribe, incluindo Isla de la Bahia (Ilhas da Baía), os minúsculos Cayos Cocinos (Ilhas Hog), e as remotas Ilhas Swan. No Golfo de Fonseca encontram-se algumas ilhas vulcânicas, incluindo Tigre e Zacate.
Honduras é rica em água; os rios mais importantes incluem o Aquan, Coco, Patuca, Sico e Ulua; o Lago Yojoa é o único lago significativo, e a Lagoa Caratasca no nordeste é a maior de muitas lagoas costeiras.