Martinez a fost pus sub acuzare pentru acuzații federale de trafic de droguri în iulie 1990, împreună cu alți doi bărbați, dar acuzația împotriva lui Martinez a fost respinsă când acesta a rămas fugar în momentul în care procesul lor a început în noiembrie 1991. Potrivit declarației sub jurământ, Nathaniel Watkins (vărul lui Rich Porter), coinculpat al lui Martinez în cazul Alexandria, a declarat FBI-ului în 1989 că a fost prezent atunci când Martinez a dat 300.000 de dolari unui coleg traficant de droguri într-o cameră de hotel din Crystal City și l-a instruit pe bărbat să ducă banii la New York. Watkins a declarat FBI-ului că dealerul de droguri a mers la New York într-o limuzină, pe care el și prietena sa au urmat-o, și au mers la un apartament din Harlem, unde s-au întâlnit cu Martinez, care a zburat la New York. La 7 noiembrie 1991, Martinez a fost arestat în Washington D.C. pentru vânzare de droguri. El a fost acuzat de conspirație în vederea comiterii unei crime, de diverse acuzații legate de droguri și de 14 capete de acuzare, inclusiv de uciderea traficantului de droguri din D.C. Michael Anthony Salters alias Fray și a traficantului de droguri din Brooklyn Demencio Benson. În fața posibilității de a fi condamnat fie la pedeapsa cu moartea, fie la închisoare pe viață fără posibilitatea de eliberare condiționată, Martinez a devenit informator și a depus mărturie împotriva membrilor organizației sale. Pentru mărturia sa împotriva lui Perry (care a primit cinci condamnări consecutive la închisoare pe viață fără posibilitate de eliberare condiționată), Martinez a fost condamnat la 35 de ani de închisoare.
Potrivit site-ului web al revistei Don Diva Magazine, Alberto „Alpo” Martinez, în vârstă de 49 de ani, a fost eliberat dintr-o închisoare federală WITSEC FCI în 2015. Potrivit site-ului, Martinez se afla în programul federal de protecție a martorilor în așteptarea unei noi identități.