Lucrări cu viermi de mătase
În 1862 Pasteur a fost ales membru al Academiei de Științe, iar în anul următor a fost numit profesor de geologie, fizică și chimie la École des Beaux-Arts (Școala de Arte Frumoase). La scurt timp după aceasta, Pasteur și-a îndreptat atenția către criza viermilor de mătase din Franța. La mijlocul secolului al XIX-lea, o boală misterioasă atacase pepinierele franceze de viermi de mătase. Ouăle de viermi de mătase nu mai puteau fi produse în Franța, iar acestea nu mai puteau fi importate din alte țări, deoarece boala se răspândise în toată Europa și invadase regiunea Caucazului din Eurasia, precum și China și Japonia. Până în 1865, industria viermilor de mătase era aproape complet ruinată în Franța și, într-o măsură mai mică, în restul Europei de Vest. Pasteur nu știa practic nimic despre viermii de mătase, dar, la cererea fostului său mentor Dumas, Pasteur s-a ocupat de problemă, acceptând provocarea și profitând de oportunitatea de a învăța mai multe despre bolile infecțioase. În curând a devenit un expert în creșterea viermilor de mătase și a identificat organismele care au provocat boala viermilor de mătase. După cinci ani de cercetări, a reușit să salveze industria mătăsii printr-o metodă care a permis conservarea ouălor sănătoase de viermi de mătase și a împiedicat contaminarea acestora cu organismele care provocau boala. În câțiva ani, această metodă a fost recunoscută în întreaga Europă; ea este folosită și astăzi în țările producătoare de mătase.
În 1867, Pasteur a demisionat din funcțiile sale administrative de la École Normale Supérieure și a fost numit profesor de chimie la Sorbona, o universitate din Paris. Deși a fost paralizat parțial (hemiplegie stângă) în 1868, el și-a continuat cercetările. Pentru Pasteur, studiul viermilor de mătase a constituit o inițiere în problema bolilor infecțioase și a fost momentul în care a conștientizat pentru prima dată complexitatea proceselor infecțioase. Obișnuit cum era cu constanța și acuratețea procedurilor de laborator, a fost uimit de variabilitatea vieții animale, pe care a ajuns să o recunoască prin observarea faptului că fiecare vierme de mătase avea un răspuns diferit la boală în funcție de factorii fiziologici și de mediu. Investigând aceste probleme, Pasteur a dezvoltat anumite practici de epidemiologie care i-au fost de mare folos câțiva ani mai târziu, când s-a ocupat de bolile animale și umane.
.