Historia de la grabación
La primera grabación de algo que se consideraría «Come Together» habría sido el 2 de junio de 1969, como una maqueta que John grabó a petición de Timothy Leary para su campaña a gobernador de California para 1970, como se ha detallado anteriormente. Esta grabación se reprodujo en emisoras de radio alternativas de California en 1969 y no se parece en absoluto a la canción terminada tal y como la conocemos, como el propio John demostró vocalmente durante una entrevista en 1970.
Fue el 21 de julio de 1969 cuando John llevó por primera vez «Come Together» al estudio tres de EMI como contribución para «Abbey Road». La sesión comenzó a las 2:30 pm, «Come Together» fue la primera canción nueva que John trajo para que los Beatles grabaran desde «The Ballad Of John And Yoko» de abril. De hecho, Mark Lewisohn señala, en su libro «The Beatles Recording Sessions», que John «había mantenido un perfil bajo durante las últimas sesiones de grabación de los Beatles», incluso pasando por alto las oportunidades de contribuir a las sesiones en absoluto.
Pero ese día, estaba levantado y con ganas. «John estaba de muy buen humor ese día», relata Geoff Emerick en su libro «Here, There And Everywhere», siendo éste el primer día oficial de Geoff en los estudios EMI después de que Paul le pidiera que le ayudara como ingeniero del último álbum del grupo. Continúa: «Parecía cobrar vida cuando trabajábamos en una de sus canciones, más que en una de las de Paul o George. Es cierto que los tres mostraban una falta de paciencia si no era su canción -siempre había un claro descenso del interés cuando alguno de ellos trabajaba en la composición de otro Beatle-, pero John era sistemáticamente el infractor más flagrante».
Al entrar en la sesión ese día, según Geoff Emerick, John exclamó: «Vale, chicos, estoy listo. Es hora de soltarse el pelo y hacer algo de rock ‘n’ roll». Geoff continúa: «Fue casi tres semanas en julio, y dos semanas después de que el hijo pródigo hubiera regresado al estudio cuando finalmente escuchamos esas palabras de un John Lennon totalmente recuperado». A lo que Geoff se refería era a un accidente de coche que John tuvo tres semanas antes, el 1 de julio, durante unas vacaciones en Golspie, al norte de Escocia, con Yoko, su hija Kyoko y su hijo Julian. Con John conduciendo, su coche «cayó en la zanja al lado de la carretera… en la zona de la lengua de Sutherland», según un informe de prensa. John acabó en el hospital y recibió diecisiete puntos de sutura, mientras que Yoko, al estar embarazada, fue vigilada más de cerca.
«‘Come Together’ fue una de las últimas que se grabaron», declaró George Harrison en 1969. «John tuvo un accidente, así que estuvo fuera durante un tiempo. Luego, cuando volvimos, que fue sólo una semana o así antes de terminar el álbum, hicimos ésta. Creo que lo escribió hace apenas un mes, así que es muy nuevo. Es una especie de melodía de doce compases». 
«Estaba a punto de hacer que los Beatles escucharan una nueva canción», continúa Emerick, «la segunda de las suyas que se grabaría para ‘Abbey Road’ (ya habían trabajado en ‘I Want You (She’s So Heavy)’ antes de que comenzaran las sesiones de verano), y todos esperábamos con la respiración contenida para ver qué se le ocurría. Puede que ‘Come Together’ no fuera una obra maestra, pero era una melodía pegadiza y, aunque claramente debía mucho a Chuck Berry, su letra abstracta y algo arriesgada tenía ese sello distintivo de Lennon. La primera vez que la tocó para nosotros, tocando su guitarra acústica, era mucho más rápida que la versión final que se incluyó en el álbum».
El propio John explicó en 1969: «‘Come Together’ cambió en una sesión. Dijimos: ‘Vamos a ralentizarla. Hagamos esto, hagamos lo otro’, y acabó como salió. Simplemente dije: ‘Mira, no tengo ningún arreglo para ti, pero ya sabes cómo lo quiero’. Creo que eso es en parte porque hemos tocado juntos mucho tiempo. Así que dije: ‘Dame algo funky’, y preparé un ritmo, tal vez, y todos se unieron». 
Paul lo explicó de forma algo diferente en su libro «Many Years From Now». «Originalmente la trajo como una pequeña canción muy alegre, y le señalé que era muy similar a ‘You Can’t Catch Me’ de Chuck Berry. John reconoció que era bastante parecida, así que le dije: ‘Bueno, cualquier cosa que puedas hacer para alejarte de eso’. Sugerí que lo intentáramos de forma pantanosa – ‘pantanosa’ fue la palabra que utilicé – así que lo hicimos, lo bajamos. Puse esa línea de bajo que crea el ambiente. En realidad es una línea de bajo que la gente utiliza ahora muy a menudo en los discos de rap. Si no es una muestra, usan ese riff. Pero esa fue mi contribución». Geoff Emerick coincide. «Fue Paul quien sugirió que se hiciera a un tempo más lento, con un tipo de sonido ‘pantanoso’, y Lennon lo aceptó sin rechistar; siempre aceptó bien las críticas constructivas.»
A pesar de que la cabeza de John estaba de nuevo en el juego ese día, la sesión no estaba tan centrada como uno podría pensar. «A pesar de que Lennon había mejorado su estado de ánimo», continúa Emerick, «era evidente que todavía había tensiones subyacentes y viejas heridas que no habían cicatrizado. La banda seguía interrumpiendo en largas e inútiles sesiones de improvisación, como habían hecho frecuentemente durante las sesiones del ‘Álbum Blanco’, y pude ver que John trataba a Paul de una manera despreocupada»
No obstante, a lo largo de los ensayos y las sesiones de improvisación, John dirigió a los Beatles a través de ocho ‘tomas’ de «Come Together» en este día, estas pistas rítmicas fueron grabadas en una máquina de cuatro pistas. El autor Mark Lewisohn, que tuvo el privilegio de escuchar todas estas tomas para preparar su libro «The Beatles Recording Sessions», escribe: «La primera toma era una versión magnífica, marcada por una voz suprema de Lennon libre del enorme eco de cinta que se aplicó más tarde. ¡Liberado también de las restricciones de una guitarra, John pudo cantar mientras simultáneamente daba palmas (de nuevo, aplicadas más tarde con eco de cinta) inmediatamente después de cada vez que cantaba la línea ‘Shoot me! En esta etapa sólo había una guitarra en la cinta y era la de George, Paul tocaba el bajo y Ringo la batería. John también tocó una pandereta a mitad de camino. Fue una grabación memorable». La cinta de cuatro pistas se llenó con Paul al bajo (pista uno), George a la guitarra (pista dos), Ringo a la batería que se cubrió con paños de cocina para amortiguar el sonido (pista tres), y la voz de John, las palmas y la pandereta (pista cuatro).
La toma uno, tal y como se ha descrito anteriormente, puede escucharse en su totalidad en el álbum «Anthology 3» publicado en 1996. Destaca la voz de John, muy enérgica, con toda la letra en su sitio desde la primera toma, con la excepción de que se equivocó en la letra de la última estrofa («He’s not to get some bobo, he’s just ho-hard to please»), lo que hizo que Ringo pasara a un ritmo de tresillos para el estribillo final, sabiendo que esta toma estaba arruinada. Al terminar la toma, Lennon exclama: «Take it easy baby – Eartha Kitt, man». Curiosamente, en las tomas dos, seis y ocho, John sustituye su referencia a la cantante Eartha Kitt por Michael Lindsay-Hogg, que era el director que había supervisado el rodaje de lo que se convertiría en la película «Let It Be».
Respecto al efecto vocal mencionado, John explicó lo siguiente en una entrevista de 1969: «Soy yo haciendo «Shooo…(aplaudiendo dos veces) en el eco de la cinta…No está comprimido, es sólo, que yo iba (demostrando de nuevo) a través de mis manos así». Geoff Emerick explica más. «En el disco terminado sólo se oye la palabra ‘shoot’. La nota del bajo cae donde está el ‘yo'». 
Tres de las ocho tomas de «Come Together» estaban incompletas, siendo éstas las tomas cuatro, cinco y siete. Los momentos finales de la ‘toma cuatro’, tal y como se escucha en la edición «Super Deluxe» del 50 aniversario de «Abbey Road», muestra a John deteniendo la canción él mismo, exclamando: «Ja, ja, para». Después de que se escuche a un ingeniero decir «aguanta», Lennon describe la metedura de pata de uno de sus compañeros de banda: «Cerró los ojos y salió en ‘wear no sh*t falls'». Paul anima entonces a John con: «No te preocupes si no consigues la voz, sigue adelante», reconociendo McCartney que Lennon va a añadir la voz principal adecuada más tarde como un overdub. John responde: «Vale, lo siento. Sí. Me involucro mucho, ya sabes», lo que le lleva a contar la «toma cinco», que casi llega al final de la canción.
Sin embargo, es evidente que la voz de John está fallando, líneas como «you just got to be free» y «he hold you in his armchair, you can feel his disease» (te sostiene en su sillón, puedes sentir su enfermedad) se desmoronan notablemente mientras las vocaliza. La toma completa concluye justo cuando comienza la cuarta estrofa, John cantando «early warning, he’s got Doris duckers» mientras todo se detiene. Paul pregunta entonces: «¿Alerta temprana?». John responde: «Sí. Un hombre como él lo tendría», infiriendo que este personaje ficticio tendría efectivamente mal aliento, siendo «early warning» la jerga para esta condición. A continuación, Lennon se burla de su propia letra cantando: «Tiene letra de adolescente, tiene calvicie de bólido». Luego, reconociendo su deteriorada calidad vocal en ese día, dice, «uh – ¡estoy perdiendo la calma!»
Mientras que la ‘toma ocho’ estaba completa, John se quejó de que había «unos cuantos balones de fútbol de punta» en ella, por lo que la ‘toma seis’ completa fue marcada como la mejor. La sesión de los Beatles terminó a las 9:30 pm, aunque el personal de ingeniería llevó la cinta de cuatro pistas a la sala de control del Estudio Dos para hacer una copia de la cinta de la ‘toma seis’ en una máquina de ocho pistas para su posterior sobregrabación, convirtiéndose esta copia en la ‘toma nueve’. Al día siguiente, el 22 de julio de 1969, después de que Paul intentara grabar la voz principal de «Oh! Darling», los Beatles se dedicaron a añadir sobregrabaciones a la pista rítmica de «Come Together», recién copiada en una cinta de ocho pistas, en el estudio tres de EMI, y la sesión comenzó poco después de las 2:30 de la tarde. John volvió a grabar su voz principal y los efectos de las palmas en la pista cuatro, sustituyendo la letra «got to get injections» por «got to be good looking» en el proceso. Se añadió retardo de cinta, o «eco de repetición», como lo describe la caja de la cinta, a las voces de John y a las palmas mientras las interpretaba.
Otras sobregrabaciones de la canción en esta sesión fueron las de John al piano eléctrico y George a la guitarra rítmica (pista cinco), y la de John a la guitarra y Ringo a las maracas (pista seis). «La guitarra suena muy bien», se oye decir a Lennon en la cinta de ocho pistas después de escuchar los arreglos realizados ese día. Paul inventó el ritmo de piano eléctrico», relata Geoff Emerick, «que define bastante bien «Come Together». John incluso se empeñó en tocar la línea de piano, una vez que había mirado por encima del hombro de Paul y aprendido la parte. Eso nunca habría ocurrido en los viejos tiempos: ambos sabían que Paul era el mejor pianista, y normalmente se encargaba de los teclados aunque estuvieran grabando una canción de Lennon… Finalmente, con cierta frustración, (Paul) soltó: ‘¿Qué quieres que haga en esta canción, John? La respuesta de John fue un tímido ‘No te preocupes, yo haré los overdubs en esto'»
Emerick continúa: «Paul parecía un poco dolido, luego enfadado. Por un momento pensé que iba a haber una explosión. En cambio, se contuvo, se encogió de hombros y simplemente salió del estudio, una de las pocas veces que abandonó una sesión antes de tiempo. Paul tuvo que sentirse humillado, pero en lugar de tener una pelea o una discusión al respecto, optó por levantarse e irse, sin ningún dramatismo. Al día siguiente, volvió y no se dijo nada más al respecto». Así fue, esta sesión terminó a las 9:30 pm con aún más trabajo en la canción.
«Come Together» se tocó de nuevo al día siguiente, el 23 de julio de 1969, los Beatles entraron en el Estudio Tres de EMI en algún momento después de las 2:30 pm. Después de un nuevo intento de Paul por conseguir una voz principal para «Oh! Darling», decidieron volver a intentar la voz principal de «Come Together», ya que su voz estaba sin duda en mejor forma ese día para alcanzar las notas más altas. El grupo comenzó a trabajar en «The End», que ocupó la mayor parte de la sesión de este día, que terminó a las 11:30 pm.
El 25 de julio de 1969, fue el siguiente día en que se prestó atención a «Come Together», esta sesión de 12 horas comenzó a las 2:30 pm en el Estudio Dos de EMI. Después de que el grupo realizara los overdubs para la sección «Sun King / Mean Mr. Mustard» del medley «Abbey Road», el libro «Recording Sessions» indica que ese día se grabaron «armonías vocales» para «Come Together». Pero, ¿quién hizo las armonías?
«John no sólo cantó la parte principal, sino que también hizo todos los coros en ‘Come Together’ él solo», afirma Geoff Emerick. «No pidió a Paul ni a George que se unieran, y ninguno de ellos se ofreció. A Harrison no parecía importarle ni lo uno ni lo otro, pero yo veía que a Paul le estaba afectando».
En una entrevista de 1970 con el «Evening Standard», Paul parece coincidir con Geoff Emerick. «Me encantaría que los Beatles estuvieran en plena forma y fueran tan productivos como lo fueron. Pero las cosas han cambiado. Todos son individuos. Incluso en ‘Abbey Road’ no hacemos armonías como antes. Creo que es triste. En ‘Come Together’ me habría gustado cantar la armonía con John y creo que a él le habría gustado que lo hiciera, pero me daba demasiada vergüenza pedírselo y no trabajo lo mejor que puedo en esa situación».
Dicho esto, al escuchar la pista de coros aislada tal y como se grabó ese día, tal y como está disponible a través de la edición de los Beatles del juego «Rock Band», la voz que se escucha es inequívocamente la de Paul. Podría ser que tanto Geoff Emerick como Paul se refirieran a que era muy habitual que John y Paul interpretaran sus partes vocales en armonía simultáneamente, incluso en fechas tan tardías como «Hey Bulldog», de la que hay imágenes de vídeo del año anterior. Pero aparentemente este no fue el caso en la grabación de «Come Together», ya que las armonías de Paul se añadieron como un overdub en la pista ocho de la cinta en esta fecha, junto con John haciendo un doble seguimiento de ciertas líneas vocales principales. En cualquier caso, la prueba está en la grabación publicada,
Según el libro de Paul «Many Years From Now», Barry Miles relata que, durante la grabación de «Come Together», «Paul grabó una gran cantidad de respiración pesada al final, pero estaba enterrada tan profundamente en la mezcla que era inaudible». Probablemente fue durante la sobregrabación de la armonía vocal de Paul en este día que esta respiración pesada fue grabada también.
Después de que Paul y John proporcionaran este trabajo vocal para «Come Together» en este día, el grupo comenzó a trabajar en la sección «Polytheme Pam / She Came In Through The Bathroom Window» del popurrí de «Abbey Road», la sesión entonces terminó a las 2:30 am de la mañana siguiente.
El 29 de julio de 1969 se empezó a trabajar en «Come Together» en el estudio tres de EMI, y la sesión comenzó a las 2:30 de la tarde. La primera orden del día fue añadir un trabajo de guitarra solista armonizada en la sección instrumental así como durante el estribillo de la canción, ambas partes presumiblemente tocadas por George debido a la similitud de las líneas melódicas utilizadas con lo que se escucha en la conclusión de la canción, que se sabe que fue tocada por George. Con este trabajo de guitarra grabado en la pista siete de la cinta de ocho pistas, se prestó más atención a la sección del medley «Sun King / Mear Mr. Mustard» antes de que terminaran la sesión a las 10:45 pm.
Los toques finales de «Come Together» se hicieron el 30 de julio de 1969, en el Estudio Tres de EMI, la sesión comenzó a las 3:30 pm. Los pasajes finales de la guitarra principal de George se grabaron ese día, presumiblemente en los espacios abiertos que quedaban en la pista siete donde George tocaba sus armonías de guitarra en otras partes de la canción. Cuando esto se completó, comenzó un extenso trabajo en lo que se convertiría en el medley del lado dos de «Abbey Road». Esta sesión se completó a las 10:30 pm, que inmediatamente se transformó en una sesión de mezcla y edición en estéreo en la sala de control del Estudio Dos de EMI, esta sesión finalmente terminó a las 2:30 am de la mañana siguiente.
Todos los Beatles estaban muy contentos con el producto final. «Un gran disco», declaró Paul en el libro «Beatles Anthology». «Es uno de los sonidos más bonitos que tenemos, de hecho», dijo George en 1969, y añadió: «Buena batería de Ringo. Y es una especie de up-tempo. Supongo que se podría llamar rockero. Rocker-beat-a-boogie». John estaba especialmente contento con cómo había salido, como expresó en su entrevista en Playboy en 1980: «Es un disco funky. Es uno de mis temas favoritos de los Beatles, o uno de mis temas favoritos de Lennon, diría yo. Es funky, es bluesy, y la canto bastante bien. Me gusta el sonido del disco. Se puede bailar con él. Yo lo compraría»
La mezcla estéreo de «Come Together» se hizo el 7 de agosto de 1969, en la sala de control del Estudio Dos de EMI, por George Martin y los ingenieros Geoff Emerick, Phil McDonald y John Kurlander. Se tardó tres horas y media en crear esta mezcla estéreo, mezclando en el proceso las partes de guitarra armónica de George interpretadas en el estribillo. Se hicieron diez intentos pero, al final, decidieron que el primer intento de esta mezcla era el mejor. No era necesaria ninguna mezcla en mono, ya que los álbumes en mono habían dejado de existir en 1969.
El 30 de agosto de 1972, se grabó en el Madison Square Garden de Nueva York una versión en directo de «Come Together» de John Lennon y el grupo Elephant’s Memory. Esta interesante versión de la canción, que se tocó en mi menor en lugar de re menor como la grabación de los Beatles, se incluyó póstumamente en el álbum «Live In New York City», que no se publicó hasta el 10 de febrero de 1986.
Después, en algún momento de 1996, George Martin y Geoff Emerick volvieron a la «toma uno» original de la canción tal y como la grabaron los Beatles el 21 de julio de 1969 para crear una mezcla para el álbum recopilatorio «Anthology 3.»
George Martin volvió entonces a la cinta maestra terminada en algún momento entre 2004 y 2006 y, junto con su hijo Giles Martin, creó una nueva mezcla de la canción para incluirla en el espectáculo y álbum del Cirque du Soleil «Love». Esta pista, titulada «Come Together / Dear Prudence», comprende una nueva y vibrante mezcla estéreo de «Come Together» con elementos tanto de «Dear Prudence» como de «Cry Baby Cry» al final de la pista, lo que hace que se escuche de forma interesante.
Giles Martin volvió de nuevo a las cintas maestras de la canción, junto con el ingeniero Sam Okell, en los estudios Abbey Road en algún momento de 2015 para crear una nueva mezcla estéreo para incluirla en el recién remezclado álbum recopilatorio «Beatles 1». Luego crearon otra nueva mezcla de «Come Together» en algún momento de 2019 para incluirla en las ediciones del 50 aniversario de «Abbey Road» que se publicaron ese año, junto con una mezcla de la ‘toma cinco’ tal y como los Beatles la grabaron el 21 de julio de 1969, siendo esta incluida en algunas ediciones de este lanzamiento del 50 aniversario. En cuanto a la mezcla oficial de 2019, las diferencias notables incluyen el desvanecimiento tardío de los swells de guitarra durante la sección final de la canción «shoot me», y el hecho de dejar las voces con doble pista de John en su lugar para revelar murmullos adicionales de Lennon cuando la canción se desvanece.