Amoniak je ve vodním prostředí přítomen v důsledku zemědělských splachů a rozkladu biologického odpadu. Amoniak je toxický pro všechny obratlovce a způsobuje křeče, kóma a smrt, pravděpodobně proto, že zvýšené množství NH4+ vytěsňuje K+ a depolarizuje neurony, což způsobuje aktivaci glutamátového receptoru typu NMDA, což vede k přílivu nadměrného množství Ca2+ a následné smrti buněk v centrální nervové soustavě.
Současná kritéria pro amoniak ve vodních systémech jsou založena na testech toxicity prováděných na hladovějících, klidových a nestresovaných rybách. To je dvojnásobně nevhodné. Během vyčerpávajícího cvičení a stresu ryby zvyšují produkci amoniaku a jsou citlivější na vnější amoniak. Současná kritéria nechrání plovoucí ryby. Ryby mají strategie, které je chrání před pulsem amoniaku po krmení, a to je také chrání před zvýšením vnějšího amoniaku, v důsledku čehož jsou hladovějící ryby citlivější na vnější amoniak než ryby krmené.
Existuje řada druhů ryb, které snášejí vysoké hodnoty amoniaku v prostředí. Tvorba glutaminu je důležitou detoxikační strategií amoniaku v mozku ryb, zejména po krmení. Detoxikace amoniaku na močovinu byla pozorována také u elasmobranchů a některých teleostů. Snížení rychlosti proteolýzy a rychlosti katabolismu aminokyselin, které vede ke snížení produkce amoniaku, může být další strategií ke snížení toxicity amoniaku. Mlok povětrnostní odpařuje NH3 a blatnice P. schlosseri využívá ještě jednu jedinečnou strategii, aktivně odčerpává NH4+ z těla ven.
.