Az ammónia a mezőgazdasági lefolyás és a biológiai hulladék bomlása miatt van jelen a vízi környezetben. Az ammónia minden gerinces számára mérgező, görcsöket, kómát és halált okoz, valószínűleg azért, mert az emelkedett NH4+ kiszorítja a K+-t és depolarizálja a neuronokat, ami az NMDA típusú glutamát receptor aktiválódását okozza, ami a központi idegrendszerben túlzott Ca2+ beáramlásához és az azt követő sejthalálhoz vezet.
A vízi rendszerekre vonatkozó jelenlegi ammónia kritériumok a kiéhezett, nyugalmi állapotban lévő, nem stresszes halakon végzett toxicitási vizsgálatokon alapulnak. Ez kétszeresen is helytelen. Kimerítő testmozgás és stressz során a halak fokozzák az ammóniatermelést, és érzékenyebbek a külső ammóniára. A jelenlegi kritériumok nem védik az úszó halakat. A halaknak vannak stratégiáik, amelyek megvédik őket az etetést követő ammóniaimpulzustól, és ez megvédi őket a külső ammónia növekedésétől is, ezért az éheztetett halak érzékenyebbek a külső ammóniára, mint az etetett halak.
Számos halfaj létezik, amely képes elviselni a magas környezeti ammóniát. A glutaminképződés fontos ammónia-méregtelenítési stratégia a halak agyában, különösen etetés után. Az ammónia karbamiddá történő detoxifikációját az elasmobrancháknál és néhány teleostánál is megfigyelték. A proteolízis és az aminosavkatabolizmus sebességének csökkentése, ami az ammóniatermelés csökkenését eredményezi, az ammóniatoxicitás csökkentésének másik stratégiája lehet. Az időjárási süllő elpárologtatja az NH3-at, az iszapkagyló, P. schlosseri pedig egy másik egyedülálló stratégiát alkalmaz, aktívan pumpálja ki az NH4+-t a testéből.