De hellige tekster i de åbenbarede religioner er måske nok evige og uforanderlige, men de forstås og anvendes af mennesker, der lever i tiden. De kristne mente ikke blot, at jøderne havde misforstået Skriften, hvilket retfærdiggjorde den kristne omfortolkning af de jødiske skrifter, men at hele den jødiske skrift måtte forstås som værende kun delvis sandhed. Hele sandheden var kun forståelig, når den jødiske skrift blev fortolket korrekt, på hvad de kristne kaldte en “åndelig” snarere end blot en “kødelig” måde.
Men selv om tidlige kristne tekster og senere pavelige befalinger havde forbudt forfølgelse og tvangsomvendelse af jøder, blev disse doktriner mindre nøje overholdt fra det 11. århundrede. Forud for en række pogromer i både Europa og Mellemøsten, der blev gennemført i forbindelse med det første korstog, kom en dybere og mere udbredt antijudaisme til at præge store dele af den europæiske historie efter 1100. I denne periode opstod også det, som nogle historikere har kaldt “chimær” antijudaisme, en opfattelse af jøden ikke blot som uvidende om åndelig sandhed og stædigt modstandsdygtig over for kristen forkyndelse, men som aktivt fjendtlig over for kristendommen og skyldig i grimme forbrydelser mod den, f.eks. rituelle mord på kristne børn og vanhelligelse af den indviede alterskål i messen. Denne form for antijudaisme resulterede i massakrer på jøder, som regel på tidspunkter med store sociale spændinger i de kristne samfund. En af de bedst dokumenterede af disse massakrer fandt sted i York, England, i 1190.
For det 11. århundrede var jøderne ikke udsat for megen forfølgelse, levede blandt kristne og udøvede endda de samme erhverv som de kristne. Jødernes begrænsede status efter denne tid tilskyndede mange af dem til at vende sig til pengeudlån, hvilket kun bidrog til at øge den kristne fjendtlighed (det var forbudt for kristne at låne penge til andre kristne). Fordi jøderne ofte på vegne af herskere påtog sig arbejde, som kristne ikke ville gøre eller ikke blev opfordret til at gøre, såsom at fungere som læger og finansfolk, blev jøderne hadet både for deres religion og for deres sociale roller.
Jødisk identitet var også visuelt markeret. Jøder blev afbildet på særlige måder i kunsten, og det fjerde Laterankoncil i 1215 insisterede på, at jøder skulle bære identifikationsmærker på deres tøj. Selv når jøderne ikke blev brutalt forfulgt, blev de betragtet som ejendom tilhørende de territoriale monarker i Europa og kunne rutinemæssigt udnyttes økonomisk og endda udvises, som de blev fra England i 1290, Frankrig i 1306 og Spanien i 1492.
Men kristne mente også, at det var nødvendigt, at jøderne fortsat eksisterede uomvendt, fordi Apokalypsen eller Johannes’ Åbenbaring, den sidste bog i den kristne bibel, erklærede, at jøderne ville blive omvendt ved tidernes ende. Derfor var det nødvendigt, at der eksisterede en “frelsende rest” af jøder, for at den bibelske profeti ville blive opfyldt.
Muslimer besad derimod hverken jødernes historiske status eller deres plads i frelseshistorien (begivenhedernes gang fra skabelsen til den sidste dom). For mange kristne tænkere var muslimer tidligere kristne kættere, som tilbad Muhammed, islams profet, og som var skyldige i at besætte det hellige land og true kristenheden med militær magt. Det første korstog var blevet indledt for at befri Det Hellige Land fra det islamiske herredømme, og senere korstog blev iværksat for at forsvare den oprindelige erobring.
Korsfarerbevægelsen mislykkedes af mange årsager, men hovedsagelig fordi de materielle krav til opretholdelse af en militær og politisk forpost så langt fra Vesteuropas kerneområde ikke blev opfyldt. Men som en del af den europæiske kultur forblev korstogsidealet fremtrædende, selv i det 15. og 16. århundrede, hvor det mægtige osmanniske imperium faktisk truede med at feje ind over Middelhavsområdet og det sydøstlige Europa. Først med Carlowitz-traktaten i 1699 blev der etableret en stabil grænse mellem det osmanniske rige og det Hellige Romerske Rige.
Fjendtligheden for islam og frygten for muslimsk militærmagt forhindrede dog ikke en livlig og ekspansiv handels- og teknologioverførsel mellem de to civilisationer eller mellem dem og det byzantinske rige. De kommercielle og intellektuelle udvekslinger mellem islamiske lande og Vesteuropa var betydelige. Muslimske maritime, landbrugsmæssige og teknologiske innovationer samt en stor del af den østasiatiske teknologi via den muslimske verden fandt vej til Vesteuropa i en af de største teknologioverførsler i verdenshistorien. Det, som europæerne ikke opfandt, lånte de gerne og tilpassede det til deres eget brug. Af de tre store civilisationer i det vestlige Eurasien og Nordafrika begyndte det kristne Europa som den mindst udviklede i stort set alle aspekter af den materielle og intellektuelle kultur og lå langt efter de islamiske stater og Byzans. I slutningen af det 13. århundrede var den begyndt at komme på lige fod, og i slutningen af det 15. århundrede havde den overgået begge dele. Opdagelsesrejserne i slutningen af det 15. århundrede var ikke noget nyt, men en mere ambitiøs fortsættelse af den europæiske interesse for fjerne dele af verden.