Les textes sacrés des religions révélées peuvent être éternels et immuables, mais ils sont compris et appliqués par des êtres humains vivant dans le temps. Les chrétiens croyaient non seulement que les Juifs avaient mal compris les Écritures, justifiant ainsi la réinterprétation chrétienne des Écritures juives, mais que toutes les Écritures juives devaient être comprises comme ne contenant qu’une vérité partielle. Toute la vérité n’était compréhensible que lorsque l’Écriture juive était interprétée correctement, de ce que les chrétiens appelaient une manière « spirituelle » plutôt que simplement « charnelle ».
Bien que les premiers textes chrétiens et les commandes papales ultérieures aient interdit la persécution et la conversion forcée des Juifs, ces doctrines furent moins soigneusement observées à partir du 11e siècle. Annoncé par une série de pogroms, tant en Europe qu’au Moyen-Orient, menés au cours de la première croisade, un antijudaïsme plus profond et plus répandu est venu caractériser une grande partie de l’histoire européenne après 1100. C’est également à cette époque qu’est apparu ce que certains historiens ont appelé l’antijudaïsme « chimérique », à savoir la conception du Juif non seulement comme ignorant de la vérité spirituelle et résistant obstinément à la prédication chrétienne, mais aussi comme activement hostile au christianisme et coupable de crimes odieux à son encontre, tels que le meurtre rituel d’enfants chrétiens et la profanation de l’hostie consacrée de la messe. Cette forme d’antijudaïsme se traduisait par des massacres de Juifs, généralement à des moments de forte tension sociale au sein des communautés chrétiennes. L’un des plus documentés de ces massacres a eu lieu à York, en Angleterre, en 1190.
Avant le 11e siècle, les juifs étaient peu persécutés, vivaient parmi les chrétiens et exerçaient même les mêmes métiers que ces derniers. Le statut restreint des Juifs après cette époque a encouragé nombre d’entre eux à se tourner vers le prêt d’argent, ce qui n’a fait qu’accroître l’hostilité des chrétiens (il était interdit aux chrétiens de prêter de l’argent à d’autres chrétiens). Parce que les juifs entreprenaient souvent, pour le compte des souverains, des travaux que les chrétiens ne voulaient pas faire ou n’étaient pas encouragés à faire, comme servir de médecins et d’agents financiers, les juifs étaient haïs à la fois pour leur religion et pour leurs rôles sociaux.
L’identité juive était également marquée visuellement. Les Juifs étaient représentés de manière particulière dans l’art, et le quatrième concile du Latran, en 1215, insistait pour que les Juifs portent des marques d’identification sur leurs vêtements. Même lorsqu’ils n’étaient pas sauvagement persécutés, les Juifs étaient considérés comme la propriété des monarques territoriaux d’Europe et pouvaient être régulièrement exploités économiquement, voire expulsés, comme ce fut le cas de l’Angleterre en 1290, de la France en 1306 et de l’Espagne en 1492.
Pour autant, les chrétiens croyaient également qu’il était nécessaire que les Juifs continuent d’exister sans être convertis, car l’Apocalypse, ou Apocalypse à Jean, le dernier livre de la Bible chrétienne, indiquait que les Juifs seraient convertis à la fin des temps. Par conséquent, un « reste salvateur » de Juifs devait exister pour que la prophétie scripturaire s’accomplisse.
Les musulmans, en revanche, ne possédaient ni le statut historique des Juifs ni leur place dans l’histoire du salut (le cours des événements de la Création au Jugement dernier). Pour de nombreux penseurs chrétiens, les musulmans étaient d’anciens hérétiques chrétiens qui vénéraient Mahomet, le prophète de l’islam, et étaient coupables d’occuper la Terre sainte et de menacer la chrétienté par la force militaire. La première croisade avait été lancée pour libérer la Terre sainte de la domination islamique, et les croisades ultérieures ont été entreprises pour défendre la conquête initiale.
Le mouvement des croisades a échoué pour de nombreuses raisons, mais principalement parce que les exigences matérielles pour soutenir un avant-poste militaire et politique si loin du cœur de l’Europe occidentale n’ont pas été satisfaites. Mais, en tant que composante de la culture européenne, l’idéal de la croisade est resté proéminent, même aux 15e et 16e siècles, lorsque le puissant Empire ottoman menaçait effectivement de balayer la Méditerranée et le sud-est de l’Europe. Il faudra attendre le traité de Carlowitz en 1699 pour qu’une frontière stable soit établie entre l’Empire ottoman et le Saint-Empire romain germanique.
Le mépris de l’islam et la crainte de la puissance militaire musulmane n’empêchent cependant pas un transfert commercial et technologique vif et expansif entre les deux civilisations ou entre celles-ci et l’Empire byzantin. Les échanges commerciaux et intellectuels entre les terres islamiques et l’Europe occidentale étaient considérables. Les innovations maritimes, agricoles et technologiques musulmanes, ainsi qu’une grande partie de la technologie est-asiatique transitant par le monde musulman, ont fait leur chemin vers l’Europe occidentale dans le cadre de l’un des plus grands transferts de technologie de l’histoire mondiale. Ce que les Européens n’ont pas inventé, ils l’ont volontiers emprunté et adapté à leur propre usage. Des trois grandes civilisations de l’Eurasie occidentale et de l’Afrique du Nord, celle de l’Europe chrétienne a commencé comme la moins développée dans pratiquement tous les aspects de la culture matérielle et intellectuelle, loin derrière les États islamiques et Byzance. À la fin du 13e siècle, elle a commencé à se rapprocher de ces derniers et, à la fin du 15e siècle, elle les a dépassés. Les voyages de découverte de la fin du 15e siècle n’étaient pas quelque chose de nouveau, mais une continuation plus ambitieuse de l’intérêt européen pour les parties éloignées du monde.