Hercules ist der Anführer einer Söldnerbande, die aus dem speerschwingenden König und Propheten Amphiaraus von Argos, dem messerwerfenden Dieb Autolycus von Sparta, dem wilden Krieger Tydeus von Theben, der Amazonenbogenschützin Atalanta von Skythien und seinem Neffen, dem Geschichtenerzähler Iolaus von Athen, besteht.
Herakles soll der Halbgott, der Sohn des Zeus, sein, der die legendären Zwölf Werke vollbrachte, nachdem er von Hera verraten wurde, die ihn in den Wahnsinn trieb und ihn veranlasste, seine Frau Megara und ihre Kinder bei einem Besuch bei König Eurystheus zu ermorden. Im Laufe des Films wird nicht eindeutig bewiesen, dass Herkules wirklich der Sohn des Zeus ist, und viele sind skeptisch gegenüber dieser Behauptung und den Geschichten über die berühmten Zwölf Aufgaben des Herkules. Trotzdem zeigt Herkules ungewöhnliche, unmenschliche Kräfte und eine kaum zu übertreffende Geschicklichkeit im Kampf. Allerdings wird Herkules häufig von der Erinnerung an den Tod seiner Frau und seiner Kinder durch seine Hand sowie von Visionen von Cerberus heimgesucht.
Nach dem Abschluss einer Mission und der Rettung seines Neffen an der makedonischen Küste in Nordgriechenland im Jahr 358 v. Chr. feiern Herkules und sein Team in einer Taverne, als sie von Ergenia, der Tochter von König Cotys, angesprochen werden, die möchte, dass Herkules die Armeen von Thrakien ausbildet, um das Königreich gegen den blutrünstigen Kriegsherrn Rhesus zu verteidigen. Herkules akzeptiert, nachdem ihm und seinen Männern sein Gewicht in Gold angeboten wurde, und die Gruppe wird von Cotys und General Sitakles, dem Anführer der thrakischen Armee, in Thrakien willkommen geheißen.
Allerdings hat Rhesus den Stamm der Bessi in Zentralthrakien erreicht, und Cotys besteht darauf, dass Herkules die Armee in die Schlacht führt, um die Bessi zu verteidigen, trotz Herkules‘ Einwänden und der mangelnden Ausbildung der Armee. Doch sie kommen zu spät, denn Rhesus‘ angebliche Zauberei hat die Bessi gegen die Thraker aufgebracht. Nachdem die Bessi nach einer langen und katastrophalen Schlacht, in der mindestens die Hälfte der thrakischen Streitkräfte getötet wird, besiegt sind, bilden Herkules und seine Verbündeten das Heer richtig aus.
Nach Abschluss der Ausbildung stellen sich Herkules und Sitakles nach einer eintägigen Reise Rhesus und seinen Soldaten auf dem Schlachtfeld vor dem Berg Asticus. Die Thraker zwingen Rhesus‘ Heer nach einem harten Kampf zum Rückzug, doch Rhesus selbst reitet aus, um Herkules entgegenzutreten, und wird von ihm besiegt.
Rhesus wird als Gefangener nach Thrakien zurückgebracht, wo er öffentlich gequält und gedemütigt wird. Aus Mitleid hält Herkules die Bürger davon ab, ihn mit weiteren Gegenständen zu bewerfen. Als Herkules Rhesus‘ Taten erwähnt, bei denen er Dörfer niedergebrannt hat, sagt Rhesus ihm, dass es nicht er oder seine Armee war und dass er auf der falschen Seite gekämpft hat.
Später, im Palastsaal, wird Rhesus in Ketten gelegt und zur Schau gestellt. Als Herkules bemerkt, dass Ergenia Mitleid mit ihm hat, stellt er sie zur Rede und erfährt, dass Rhesus die Wahrheit über die Dörfer gesagt hat, indem er sich lediglich an Cotys‘ aggressiven Versuchen rächte, sein Reich zu vergrößern. Obwohl Ergenia mit Cotys‘ Methoden nicht einverstanden ist, macht sie aus Angst mit, da ihr Vater ihren Mann, den vorherigen König, vergiftet hat. Außerdem bedroht Cotys ihren Sohn Arius, den wahren Thronfolger.
Nachdem sie ihre Belohnung erhalten haben, wollen die Söldner aufbrechen, aber Herkules beschließt, zurückzubleiben, um Cotys aufzuhalten, und alle außer Autolycus beschließen, ihm zu folgen. Sie werden jedoch von Sitakles und seinen Männern überwältigt und gefangen genommen. Während sie angekettet sind, wird Herkules von König Eurystheus konfrontiert, der mit Cotys im Bunde ist. Eurystheus enthüllt, dass er Herkules in der Nacht, in der seine Familie starb, unter Drogen gesetzt hat, da er ihn als Bedrohung für seine Macht ansieht. Tatsächlich wurde Herkules‘ Familie von drei schwarzen Wölfen getötet, die von Eurystheus geschickt wurden, was dazu führte, dass Herkules ständig von Cerberus halluziniert. Als Cotys befiehlt, Ergenia für ihren Verrat hinzurichten, wird Herkules von Amphiaraus ermutigt, an sich selbst zu glauben, so wie alle an ihn glauben. In einer Demonstration übermenschlicher Kraft befreit sich Herkules von seinen Ketten, rettet Ergenia und besiegt die Wölfe im Alleingang. Herkules befreit die Gefangenen, darunter auch Rhesus, und stellt sich dann Eurystheus, spießt ihn mit seinem eigenen Dolch auf und rächt seine Familie; er gerät jedoch in einen Hinterhalt von Sitakles, der daraufhin von Iolaus erstochen wird, der heimlich seine Fähigkeiten verfeinert hat.
Außen kämpfen Herkules und seine Truppen gegen Cotys und seine Armee. Arius wird als Geisel genommen, aber von Autolycus gerettet, der beschlossen hat, zurückzukehren, um seinen Freunden zu helfen. In der darauf folgenden Schlacht wird Tydeus tödlich verwundet, als er Arius beschützt, kämpft aber weiter und metzelt zahlreiche thrakische Soldaten nieder, bis er fällt und später in den Armen von Herkules stirbt. Wiederum mit unmenschlicher Kraft stößt Herkules eine riesige Statue der Hera von ihrem Fundament und benutzt sie, um Cotys und viele seiner Soldaten zu zerquetschen. Die verbliebenen Soldaten sehen Herkules, während im Hintergrund Blitze zucken. Die überlebenden Soldaten verneigen sich vor Herkules und Arius besteigt den Thron, mit Ergenia an seiner Seite. Während der Abspann läuft, zeigt eine animierte Nacherzählung der Zwölf Aufgaben, wie Herkules mit Hilfe seiner Gefährten diese Heldentaten vollbrachte.