Arbeiten mit Seidenraupen
Im Jahr 1862 wurde Pasteur in die Académie des Sciences gewählt, und im folgenden Jahr wurde er zum Professor für Geologie, Physik und Chemie an der École des Beaux-Arts (Schule der schönen Künste) ernannt. Kurz darauf wandte Pasteur seine Aufmerksamkeit der Seidenraupenkrise in Frankreich zu. Mitte des 19. Jahrhunderts hatte eine mysteriöse Krankheit die französischen Seidenraupenzuchtbetriebe befallen. Die Seidenraupeneier konnten in Frankreich nicht mehr produziert und auch nicht aus anderen Ländern importiert werden, da sich die Krankheit in ganz Europa ausgebreitet hatte und in die eurasische Kaukasusregion sowie nach China und Japan eingedrungen war. Bis 1865 war die Seidenraupenindustrie in Frankreich und, in geringerem Maße, im übrigen Westeuropa fast vollständig ruiniert. Pasteur wusste so gut wie nichts über Seidenraupen, doch auf Bitten seines ehemaligen Mentors Dumas nahm er sich des Problems an und nutzte die Gelegenheit, mehr über Infektionskrankheiten zu lernen. Bald wurde er zum Experten für Seidenraupenzucht und identifizierte die Erreger der Seidenraupenkrankheit. Nach fünf Jahren Forschung gelang es ihm, die Seidenindustrie durch eine Methode zu retten, die es ermöglichte, gesunde Seidenraupeneier zu konservieren und ihre Kontamination durch die Krankheitserreger zu verhindern. Innerhalb weniger Jahre wurde diese Methode in ganz Europa anerkannt; sie wird auch heute noch in den Seidenproduktionsländern angewandt.
1867 gab Pasteur seine Verwaltungsaufgaben an der École Normale Supérieure auf und wurde zum Professor für Chemie an der Pariser Universität Sorbonne ernannt. Obwohl er 1868 teilweise gelähmt wurde (linke Halbseitenlähmung), setzte er seine Forschung fort. Das Studium der Seidenraupen war für Pasteur der Einstieg in die Problematik der Infektionskrankheiten, und er wurde sich zum ersten Mal der Komplexität der Infektionsprozesse bewusst. Gewöhnt an die Konstanz und Genauigkeit der Laborverfahren, war er verblüfft über die Variabilität des tierischen Lebens, die er durch seine Beobachtung, dass die einzelnen Seidenraupen je nach physiologischen und umweltbedingten Faktoren unterschiedlich auf Krankheiten reagierten, erkannt hatte. Indem er diese Probleme untersuchte, entwickelte Pasteur bestimmte Praktiken der Epidemiologie, die ihm einige Jahre später bei der Behandlung von Tier- und Menschenkrankheiten gute Dienste leisteten.