Herkules on palkkasoturijoukon johtaja, johon kuuluvat Argoksen keihästä heiluttava kuningasprofeetta Amphiaraos, Spartan veitsenheittäjä-varas Autolycus, Theban villiintynyt soturi Tydeus, Skythian amatsoni jousiampuja Atalanta ja hänen veljenpoikansa, Ateenan tarinankertoja Iolaus.
Herkuleksen sanotaan olevan Zeuksen puolijumalan poika, joka suoritti legendaariset kaksitoista työtä sen jälkeen, kun Hera petti hänet, ajoi hänet hulluksi ja sai hänet murhaamaan vaimonsa Megaran ja heidän lapsensa vierailullaan kuningas Eurystheuksen luona. Elokuvassa ei selvästikään todeta, että Herkules todella on Zeuksen poika, ja monet suhtautuvat epäilevästi väitteeseen sekä kertomuksiin Herkuleksen kuuluisasta kahdestatoista työstä. Tästä huolimatta Herkules osoittaa epätavallista, epäinhimillistä voimaa ja lähes vertaansa vailla olevia taistelutaitoja. Herkulesta riivaavat kuitenkin usein muistot hänen vaimonsa ja lastensa kuolemasta sekä näkyjä Kerberoksesta.
Saatettuaan viimeisimmän tehtävänsä päätökseen ja pelastettuaan veljenpoikansa Makedonian rannikolla Pohjois-Kreikassa vuonna 358 eaa. Hercules ja hänen tiiminsä juhlivat ja ryyppäävät tavernassa, kun Ergenia, kuningas Cotysin tytär, lähestyy heitä ja haluaa Herculeksen kouluttavan Traakian armeijat puolustamaan valtakuntaa verenhimoiselta sotapäälliköltä Rhesusilta. Hercules suostuu, kun hänelle ja hänen miehilleen tarjotaan hänen painonsa kultaa, ja Cotys ja Traakian armeijan johtaja kenraali Sitakles toivottavat joukon tervetulleeksi Traakiaan.
Rhesus on kuitenkin saavuttanut Bessi-heimon Keski-Trakiassa, ja Cotys vaatii, että Hercules johdattaa armeijan taisteluun puolustamaan Bessi-heimoa Herculesin vastalauseista ja armeijan puutteellisesta koulutuksesta huolimatta. He ovat kuitenkin myöhässä, sillä Rhesusin oletettu taikuus on kääntänyt Bessit traakialaisia vastaan. Kun Bessit on lyöty pitkän ja tuhoisan taistelun jälkeen, jossa ainakin puolet traakialaisista joukoista kuolee, Herkules ja hänen liittolaisensa kouluttavat armeijan kunnolla.
Kun koulutus on saatu päätökseen, Herkules ja Sitakles kohtaavat Rhesusin ja hänen sotilaansa päivän mittaisen matkan jälkeen taistelukentällä Asticus-vuoren edessä. Traakialaiset pakottavat Rhesuksen armeijan vetäytymään vaivalloisen taistelun jälkeen, mutta Rhesus itse ratsastaa kohtaamaan Herkuleksen ja joutuu tämän kukistamaksi.
Rhesus viedään takaisin Traakiaan vangiksi, jossa häntä kiusataan ja nöyryytetään julkisesti. Hercules säälii häntä ja estää kaupunkilaisia heittämästä häneen lisää esineitä. Kun Herkules mainitsee Rhesusin teot kylien polttamisesta, Rhesus kertoo, ettei se ollut hänen tai hänen armeijansa tekosia, ja kertoo Herkulekselle, että hän on taistellut väärällä puolella.
Myöhemmin palatsin salissa Rhesus kahlitaan ja jätetään näytteille. Huomatessaan, että Ergenia on säälinyt häntä, Hercules asettaa hänet vastakkain ja saa selville, että Rhesus kertoi totuuden kylien suhteen, sillä hän vain kosti Cotysin aggressiiviset yritykset laajentaa valtakuntaansa. Vaikka Ergenia ei ole samaa mieltä Cotysin menetelmistä, hän lähtee mukaan pelosta, sillä hänen isänsä myrkytti hänen miehensä, edellisen kuninkaan. Lisäksi Cotys uhkaa hänen poikaansa Ariusta, todellista kruununperijää.
Palkkionsa saatuaan palkkasoturit ovat valmiita lähtemään, mutta Herkules päättää jäädä pysäyttämään Cotysin, ja kaikki muut paitsi Autolycus päättävät seurata häntä. Sitakles miehineen kuitenkin voittaa heidät ja vangitsee heidät. Kahlittuna Hercules kohtaa kuningas Eurystheuksen, joka on liittoutunut Cotysin kanssa. Eurystheus paljastaa huumaavansa Herkuleksen sinä yönä, jolloin hänen perheensä kuoli, koska hän piti Herkulesta uhkana vallalleen. Herkuleksen perheen tappoi itse asiassa kolme Eurystheuksen lähettämää mustaa sutta, minkä vuoksi Herkules näkee jatkuvasti harhoja Kerberoksesta. Kun Cotys määrää Ergenian teloitettavaksi petoksensa vuoksi, Amphiaraus rohkaisee Herkulesta uskomaan itseensä, kuten kaikki uskovat häneen. Yli-inhimillistä voimaa osoittaen Herkules vapautuu kahleistaan, pelastaa Ergenian ja kukistaa sudet yksin. Hercules vapauttaa vangit, mukaan lukien Rhesus, ja kohtaa sitten Eurystheuksen, puukottaa hänet omalla tikarillaan ja kostaa perheensä; Sitakles kuitenkin väijyy häntä, minkä jälkeen Iolaus, joka on salaa hiillostanut taitojaan, puukottaa hänet kuoliaaksi.
Ulkopuolella Hercules joukkoineen taistelee Cotysia ja hänen armeijaansa vastaan. Arius joutuu panttivangiksi, mutta hänet pelastaa Autolycus, joka on päättänyt palata auttamaan ystäviään. Seuraavassa taistelussa Tydeus haavoittuu kuolettavasti suojellessaan Ariusta, mutta taistelee edelleen teurastaen lukuisia traakialaisia sotilaita, kunnes kaatuu; myöhemmin hän kuolee Herkuleksen syliin. Jälleen kerran Herkules käyttää epäinhimillistä voimaa, kun hän työntää massiivisen Heran patsaan irti perustuksistaan ja murskaa sillä Cotysin ja monet hänen sotilaistaan. Jäljelle jääneet sotilaat näkevät Herkuleksen, kun taustalla välähtää salama. Eloonjääneet sotilaat kumartavat Herkulekselle, ja Arius nousee valtaistuimelle Ergenia rinnallaan. Kun lopputekstit pyörivät, animoitu kertomus kahdestatoista urakasta näyttää, miten Herkules saavutti nämä uroteot kumppaneidensa avulla.