Honduras sijaitsee Keski-Amerikassa 112 492 neliökilometrin (43 433 sq. mi) alueella. Kuten Hondurasin fyysisestä kartasta havaitaan, maassa on kolme suurta topografista aluetta. Ne ovat laaja sisäinen ylätasanko, jossa kukkulat ja vuoret hallitsevat maisemaa, Karibianmeren alanko ja Tyynenmeren alanko, joka reunustaa Fonsecanlahtea.
Metsäisiä sisäisiä kukkuloita ja Sierra Madre -vuoristoa halkovat monet joet ja laajat, hedelmälliset laaksot, joita reunustavat hiekkarannat. Maan länsiosassa sijaitseva 2 870 metriä korkea Cerro Las Minas on Hondurasin korkein kohta.
Karibianmeren alanko ulottuu koko maan pohjoisrannikkoa pitkin, ja siellä, karttaan merkityllä koillispuolella, Mosquito-rannikko on leveä asumaton paksuista viidakoista, laguuneista ja mangrovensoista koostuva alue.
Tyynenmeren alanko ympäröi Fonsecanlahtea, ja tämäkin maa muuttuu rannikon läheisyydessä jokseenkin soiseksi. Maassa on lukuisia Karibianmerellä sijaitsevia poukamia ja saaria, kuten Isla de la Bahia (Baysaaret), pikkuruiset Cayos Cocinos (Sika-saaret) ja syrjäiset Joutsensaaret. Fonsecanlahdella on muutama pitkään lepotilassa ollut tuliperäinen saari, kuten Tigre ja Zacate.
Honduras on vesipitoinen; tärkeimpiä jokia ovat Aquan, Coco, Patuca, Sico ja Ulua; Yojoa-järvi on ainoa merkittävä järvi, ja Caratascan laguuni koillisessa on suurin monista rannikon laguuneista.