Naruton faneille kuolema mangasarjassa ei ole vieras. Kuolemantapauksia ja tragedioita on lähes liikaa laskettavaksi Naruton ja Naruto: Shippudenin aikana. Samalla kun lukijat seuraavat Narutoa ja hänen perhettään Kishimoton ja Kodachin Boruto: Naruto Next Generations -sarjassa, fanit pelkäävät, että Naruton kuolema on väistämätön. Mutta jotkut fanit eivät ehkä tiedä, että Naruto tapettiin jo alkuperäisessä mangassa; onneksi hän palasi takaisin elävien maailmaan saavuttaakseen tavoitteensa tulla suurimmaksi Hokageksi.
Naruto on kokenut useita läheltä piti -tilanteita, kun kyse on kuolemasta. Hän on taistellut useita kertoja pitkäaikaista kilpailijaansa Sasuke Uchihaa vastaan, kohdannut pahantekijä Orochimarun, suojellut kyläänsä Tuskan ja Kohanin hyökkäykseltä ja koonnut shinobit Madaraa ja Obito Uchihaa vastaan. Naruto kohtaa jopa pyrstöpedot, valtavan voimakkaat chakrahirviöt, ja lopulta hän kohtaa itse chakran luojan, Kaguya Otsutsukin, Narutossa #678-699.
Ennen kuin lukijat voivat ymmärtää Naruton kuoleman, heidän on ensin ymmärrettävä hänen suhteensa kirjaimellisesti sisäiseen demoniinsa, Kurama-nimiseen yhdeksänhäntäiseen petoon. Hänen sisimpäänsä lapsena sinetöity kettu-demoni antaa Narutolle runsaasti temperamenttisia, juonikkaita ja leikkisiä ominaisuuksia; se antaa hänelle myös mielettömiä määriä lisävoimia, mikä tekee Narutosta kohteen. Varasta ketun demoni, peri sen voimat. Naruto selviää useista vihollisten yrityksistä, jotka haluavat varastaa Kuraman häneltä, mikä johtaa hänen manga-kuolemaansa, sillä tämä seuraava roisto ei halua vain Yhdeksänhäntäistä kettua, vaan kaikki kymmenen hännänhäntäistä petoa toteuttaakseen suunnitelmansa.
Neljännen Shinobisodan kaari Naruto #640-677:ssä Obito Uchiha tappaa Naruton tehokkaasti erottamalla Naruton Kuramasta. Mutta onko se todella Obito, joka antaa kohtalokkaan iskun? Obito juonittelee Madara Uchihan kanssa Naruto-universumin lopullista valtausta varten ja käynnistää kaikki tapahtumat, jotka johtavat Shinobisodan kaareen. Obito vaikuttaa tarinan pahikselta, kunnes paljastuu, että Madara käytti Obitoa vain omaksi hyödykseen. Sarjan monimutkaisten chakra-manipulaatioiden avulla kuoleva ja uudistunut Obito joutuu käyttämään ylösnousemuksen voimiaan herättääkseen suurpahan, Madara Uchihan, henkiin fyysiseen kehoon.
Obiton voimien avulla Madara palaa taisteluun ja asettaa kohteekseen Naruton. Oltuaan kuolettavasti loukkaantunut Kuraman erossa, on Obiton mielenmuutos, joka ironisesti estää Naruton liukumisen kuolemaan. Näytetään kuolevan, Naruto #662-663, Sakura myöntää, että Naruto ei selviä ilman hänen chakrayhteyttään Kuramaan, sillä hänen lääketieteellinen ninjitsunsa ei vaikuta hänen parantamiseensa. Naruto #666 näyttää Obiton ottavan Kuraman takaisin Madaralta ja siirtävän Yhdeksänhäntäisen pedon takaisin Narutoon, pelastaen Naruton kuoleman partaalta.
Naruto: Shippuden -mangan lopussa, joka nähdään Naruto #698:ssa, Naruto ja hänen pitkäaikainen kilpailijansa Sasuke Uchiha käyvät viimeistä kertaa viimeisen taistelun. Molemmat melkein tappavat toisensa ja lopettavat taistelun, kun he eivät kirjaimellisesti pysty enää taistelemaan toisiaan vastaan. Molemmat hyväksyvät keskinäisen tappionsa, mutta kumpikin menettää käden väkivaltaisen taistelun seurauksena. Teknisesti tämä lasketaan mukaan, sillä sitä voidaan pitää Naruton ja Sasuken välisen kilpailun loppuna. Tämän taistelun jälkeen heidät nähdään elinikäisinä ystävinä, ja heidän ystävyytensä jatkuu uudemmassa Boruto-sarjassa, kun he joutuvat kamppailemaan perheiden kasvattamisen ja pahiksia vastaan taistelemisen kanssa. Boruton fanit saattavat pelätä, että Naruto kohtaa pian loppunsa. Mutta ehkä Naruto ja hänen yhdeksänhäntäinen ystävänsä löytävät toisen tavan paeta kuoleman horisontista, kuten he tekivät mangassa.
