Hercule est le chef d’une bande de mercenaires comprenant le roi lanceur devenu prophète Amphiaraus d’Argos, le voleur lanceur de couteaux Autolycus de Sparte, le guerrier féroce Tydeus de Thèbes, l’archer amazone Atalanta de Scythie et son neveu, le conteur Iolaus d’Athènes.
Hercule serait le fils demi-dieu de Zeus, qui a accompli les légendaires Douze Travaux après avoir été trahi par Héra, qui l’a rendu fou et l’a poussé à assassiner sa femme Mégara et leurs enfants lors d’une visite au roi Eurystheus. Tout au long du film, il n’est pas clairement établi qu’Hercule est réellement le fils de Zeus et beaucoup sont sceptiques quant à cette affirmation ainsi qu’à l’histoire des célèbres Douze Travaux d’Hercule. Malgré cela, Hercule fait preuve d’une force inhumaine inhabituelle et d’une habileté au combat quasi inégalée. Cependant, Hercule est fréquemment hanté par le souvenir de la mort de sa femme et de ses enfants de sa main, ainsi que par des visions de Cerbère.
Après avoir terminé une mission récente et sauvé son neveu sur la côte macédonienne en Grèce du Nord en 358 avant JC, Hercule et son équipe font la fête et boivent dans une taverne lorsqu’ils sont approchés par Ergenia, la fille du roi Cotys, qui souhaite qu’Hercule entraîne les armées de Thrace pour défendre le royaume contre le seigneur de guerre sanguinaire Rhésus. Hercule accepte après que lui et ses hommes se soient vu offrir son poids en or, et le groupe est accueilli en Thrace par Cotys et le général Sitacles, chef de l’armée thrace.
Cependant, Rhésus a atteint la tribu des Bessi en Thrace centrale et Cotys insiste pour qu’Hercule mène l’armée au combat pour défendre les Bessi, malgré les objections d’Hercule et le manque d’entraînement de l’armée. Cependant, ils arrivent trop tard car la prétendue sorcellerie de Rhésus a retourné les Bessi contre les Thraces. Après la défaite des Bessi à la suite d’une longue et désastreuse bataille qui se solde par la mort d’au moins la moitié des forces thraces, Hercule et ses alliés entraînent correctement l’armée.
Lorsque l’entraînement est terminé, Hercule et Sitacles affrontent Rhésus et ses soldats après un voyage d’une journée sur le champ de bataille devant le mont Asticus. Les Thraces forcent l’armée de Rhésus à battre en retraite après une bataille ardue, mais Rhésus lui-même chevauche pour affronter Hercule et est vaincu par lui.
Rhésus est ramené en Thrace comme prisonnier, où il est tourmenté et humilié en public. Prenant pitié, Hercule empêche les habitants de la ville de lui jeter d’autres objets. Quand Hercule mentionne les actions de Rhésus, qui a brûlé des villages, Rhésus lui dit que ce n’était pas lui ou son armée et dit à Hercule qu’il a combattu dans le mauvais camp.
Plus tard, dans la salle du palais, Rhésus est enchaîné et laissé en exposition. Remarquant qu’Ergenia a eu pitié de lui, Hercule la confronte et découvre que Rhésus disait la vérité sur les villages, en ce sens qu’il ne faisait que se venger des tentatives agressives de Cotys pour étendre son royaume. Bien qu’Ergenia ne soit pas d’accord avec les méthodes de Cotys, elle accepte par peur, car son père a empoisonné son mari, le roi précédent. De plus, Cotys menace son fils Arius, le véritable héritier du trône.
Après avoir reçu leur récompense, les mercenaires sont prêts à partir, mais Hercule décide de rester derrière pour arrêter Cotys, tous sauf Autolycus choisissant de le suivre. Cependant, ils sont maîtrisés et capturés par Sitacles et ses hommes. Alors qu’il est enchaîné, Hercule est confronté au roi Eurystheus, qui est de mèche avec Cotys. Eurystheus révèle qu’il a drogué Hercule la nuit où sa famille est morte, le considérant comme une menace pour son pouvoir. La famille d’Hercule a en fait été tuée par trois loups noirs envoyés par Eurystheus, ce qui a donné lieu à des hallucinations constantes de Cerbère chez Hercule. Lorsque Cotys ordonne l’exécution d’Ergenia pour sa trahison, Hercule est encouragé par Amphiaraus à croire en lui comme tout le monde croit en lui. Dans une démonstration de force surhumaine, Hercule se libère de ses chaînes, sauve Ergenia et vainc les loups à lui tout seul. Hercule libère les prisonniers, dont Rhésus, puis affronte Eurystheus, l’empalant avec sa propre dague et vengeant sa famille ; cependant, il est pris en embuscade par Sitacles, qui est ensuite poignardé à mort par Iolaus, qui a secrètement affiné ses compétences.
À l’extérieur, Hercule et ses forces combattent Cotys et son armée. Arius est pris en otage, mais sauvé par Autolycus, qui a décidé de revenir pour aider ses amis. Dans la bataille qui s’ensuit, Tydeus est mortellement blessé en protégeant Arius, mais il se bat, massacrant de nombreux soldats thraces jusqu’à ce qu’il tombe ; il meurt ensuite dans les bras d’Hercule. Utilisant à nouveau une force inhumaine, Hercule pousse une statue massive d’Héra de ses fondations et l’utilise pour écraser Cotys et plusieurs de ses soldats. Les soldats restants voient Hercule alors que des éclairs apparaissent en arrière-plan. Les soldats survivants s’inclinent devant Hercule et Arius monte sur le trône, avec Ergenia à ses côtés. Au moment du générique, un récit animé des Douze Travaux montre comment Hercule a accompli ces exploits avec l’aide de ses compagnons.