Hércules es el líder de una banda de mercenarios compuesta por el rey lancero convertido en profeta Anfiaro de Argos, el ladrón lanzador de cuchillos Autólico de Esparta, el guerrero asilvestrado Tideo de Tebas, la arquera amazona Atalanta de Escitia y su sobrino, el narrador Iolaus de Atenas.
Se dice que Hércules es el semidiós hijo de Zeus, que completó los legendarios Doce Trabajos después de ser traicionado por Hera, que lo volvió loco y le hizo asesinar a su esposa Megara y a sus hijos durante una visita al rey Euristeo. A lo largo de la película, no se establece claramente que Hércules sea realmente el hijo de Zeus y muchos son escépticos de la afirmación, así como de las historias de los famosos Doce Trabajos de Hércules. A pesar de ello, Hércules hace gala de una fuerza inhumana inusitada y de una destreza casi inigualable en el combate. Sin embargo, a Hércules le persigue con frecuencia el recuerdo de la muerte de su esposa e hijos por su mano, así como visiones de Cerbero.
Después de terminar una misión reciente y salvar a su sobrino en la costa de Macedonia, en el norte de Grecia, en el año 358 a.C., Hércules y su equipo están celebrando y bebiendo en una taberna cuando se les acerca Ergenia, la hija del rey Cotys, que quiere que Hércules entrene a los ejércitos de Tracia para defender el reino del sanguinario señor de la guerra Rhesus. Hércules acepta después de que le ofrezcan a él y a sus hombres su peso en oro, y la banda es recibida en Tracia por Cotys y el general Sitacles, líder del ejército tracio.
Sin embargo, Rhesus ha llegado a la tribu de los Bessi en Tracia Central y Cotys insiste en que Hércules lidere el ejército en la batalla para defender a los Bessi, a pesar de las objeciones de Hércules y la falta de entrenamiento del ejército. Sin embargo, llegan demasiado tarde, ya que la supuesta brujería de Rhesus ha puesto a los Bessi en contra de los tracios. Después de que los Bessi sean derrotados tras una larga y desastrosa batalla que se salda con la muerte de al menos la mitad de las fuerzas tracias, Hércules y sus aliados entrenan adecuadamente al ejército.
Cuando el entrenamiento se ha completado, Hércules y Sitacles se enfrentan a Rhesus y sus soldados tras un día de viaje en el campo de batalla ante el monte Asticus. Los tracios obligan al ejército de Rhesus a retirarse tras una ardua batalla, pero el propio Rhesus sale a caballo para enfrentarse a Hércules y es derrotado por él.
Rhesus es llevado de vuelta a Tracia como prisionero, donde es atormentado y humillado públicamente. Compadeciéndose, Hércules impide que los habitantes del pueblo le arrojen más objetos. Cuando Hércules menciona las acciones de Rhesus de quemar aldeas, Rhesus le dice que no fue él ni su ejército y le dice a Hércules que ha estado luchando en el bando equivocado.
Más tarde, en el salón del palacio, Rhesus es encadenado y dejado en exhibición. Al notar que Ergenia se ha apiadado de él, Hércules se enfrenta a ella y descubre que Rhesus decía la verdad sobre las aldeas, en el sentido de que no hacía más que tomar represalias contra los agresivos intentos de Cotys de expandir su reino. Aunque Ergenia no está de acuerdo con los métodos de Cotys, le sigue la corriente por miedo, ya que su padre envenenó a su marido, el anterior rey. Además, Cotys amenaza a su hijo Arius, el verdadero heredero del trono.
Después de recibir su recompensa, los mercenarios están listos para partir, pero Hércules decide quedarse para detener a Cotys, y todos menos Autolycus deciden seguirlo. Sin embargo, son dominados y capturados por Sitacles y sus hombres. Mientras está encadenado, Hércules se enfrenta al rey Euristeo, que está aliado con Cotys. Euristeo le revela que drogó a Hércules la noche en que murió su familia, considerándolo una amenaza para su poder. De hecho, la familia de Hércules fue asesinada por tres lobos negros enviados por Euristeo, lo que provocó que Hércules tuviera constantes alucinaciones de Cerbero. Cuando Cotys ordena que Ergenia sea ejecutada por su traición, Hércules es animado por Amphiaraus a creer en sí mismo al igual que todos creen en él. En un alarde de fuerza sobrehumana, Hércules se libera de sus cadenas, salvando a Ergenia y derrotando a los lobos sin ayuda. Hércules libera a los prisioneros, incluido Rhesus, y luego se enfrenta a Eurystheus, empalándolo con su propia daga y vengando a su familia; sin embargo, es emboscado por Sitacles, que luego es apuñalado hasta la muerte por Iolaus, que ha estado perfeccionando sus habilidades en secreto.
En el exterior, Hércules y sus fuerzas luchan contra Cotys y su ejército. Arius es tomado como rehén, pero es rescatado por Autolycus, que ha decidido volver para ayudar a sus amigos. En la batalla subsiguiente, Tideo es herido de muerte mientras protege a Arrio, pero sigue luchando, masacrando a numerosos soldados tracios hasta que cae, muriendo más tarde en los brazos de Hércules. Utilizando de nuevo una fuerza inhumana, Hércules empuja una enorme estatua de Hera desde sus cimientos y la utiliza para aplastar a Cotys y a muchos de sus soldados. Los soldados restantes ven a Hércules mientras un rayo brilla en el fondo. Los soldados supervivientes se inclinan ante Hércules y Arrio sube al trono, con Ergenia a su lado. Al terminar los créditos, una narración animada de los Doce Trabajos muestra cómo Hércules logró estas hazañas con la ayuda de sus compañeros.