Harry Potter y la Piedra Filosofal
Hermione aparece por primera vez en Harry Potter y la Piedra Filosofal cuando se encuentra con Harry y Ron en el Expreso de Hogwarts, donde se burla de Ron por su incapacidad de realizar un hechizo para convertir su rata en amarilla. Demuestra lo mucho que sabe declarando que ha memorizado todos los libros de texto de memoria. Enfrenta constantemente a sus compañeros con sus conocimientos, por lo que Harry y Ron la consideran inicialmente arrogante, sobre todo después de que critique el encantamiento de Ron del Encantamiento de Levitación. Les cae mal de corazón hasta que la rescatan de un trol, por lo que está tan agradecida que miente para protegerlos del castigo, ganándose así su amistad. Más tarde, la habilidad de Hermione para la lógica permite al trío resolver un rompecabezas esencial para recuperar la Piedra Filosofal, y vence a la constrictiva planta del Lazo del Diablo invocando un chorro de «llama azul».
Hermione es el cerebro del plan para entrar en el lugar donde se esconde la Piedra. Responde a la desconfianza de Harry hacia el profesor Severus Snape y también sospecha de él. Revela a Harry y a Ron que investiga mucho en la biblioteca, lo que la ayudó a vencer el Engaño del Diablo y a elaborar la lógica de las pociones.
Rowling dijo en su página web que se resistió a las peticiones de su editor de eliminar la escena del troll, afirmando que «Hermione es tan arrogante y molesta en la primera parte de La Piedra Filosofal que realmente sentí que hacía falta algo (literalmente) enorme para reunirla con Harry y Ron.»
Harry Potter y la Cámara de los Secretos
Hermione (junto con la madre de Ron, Molly Weasley, y unas cuantas alumnas de Hogwarts) se aficiona al profesor de Defensa contra las Artes Oscuras, Gilderoy Lockhart, ya que había escrito todos los libros necesarios para la asignatura de Defensa contra las Artes Oscuras en Harry Potter y la Cámara de los Secretos. Durante un enfrentamiento matutino entre los equipos de quidditch de Gryffindor y Slytherin, casi se produce una pelea después de que Draco Malfoy la llame «Mudblood», un epíteto insultante para los magos nacidos de muggles, cuando defiende al equipo de quidditch de Gryffindor. Prepara la poción multijugos necesaria para que el trío se disfrace de los compañeros de casa de Draco para recabar información sobre el heredero de Slytherin que ha reabierto la Cámara de los Secretos. Sin embargo, no puede unirse a Harry y Ron en la investigación después de que el pelo arrancado de la túnica de la estudiante de Slytherin Millicent Bulstrode (con la que Hermione se emparejó anteriormente durante el malogrado Club de Duelos de Lockhart) fuera el de su gato, cuya apariencia adopta en su forma humana; los efectos tardan varias semanas en desaparecer por completo. Hermione es petrificada por el basilisco después de identificar con éxito a la criatura a través de la investigación en la biblioteca. Aunque permanece incapacitada en el ala del hospital, la información que ha encontrado y dejado es crucial para Harry y Ron en su exitosa misión de resolver el misterio de la Cámara de los Secretos. Hermione revive después de que Harry mate al basilisco, pero se angustia al enterarse de que todos los exámenes de fin de curso han sido cancelados como regalo del colegio.
Harry Potter y el prisionero de Azkaban
Hermione compra un gato llamado Crookshanks, que se dedica a perseguir a la rata mascota de Ron, Scabbers. Antes de que comience el curso, la profesora McGonagall regala en secreto a Hermione un Girador del Tiempo, un dispositivo que le permite retroceder en el tiempo y ocuparse de su cargado horario de clases, aunque esto no se revela hasta el penúltimo capítulo. Entre Hermione y sus dos mejores amigos surge mucha tensión; Harry está furioso con ella porque le dijo a McGonagall que había recibido un Rayo de Fuego, que fue confiscado para ser inspeccionado en busca de rastros de magia oscura. Ron está enfadado porque cree que Crookshanks es responsable de la desaparición de Scabbers, mientras que Hermione mantiene ferozmente que Crookshanks es inocente.
Mientras sustituye a Remus Lupin en una clase de Defensa contra las Artes Oscuras, Snape tacha a Hermione de «insufrible sabelotodo» y penaliza a la Gryffindor después de que ésta hable fuera de turno en su intento de describir a un hombre lobo cuando nadie más lo hace. Deduce correctamente el secreto de Lupin después de completar la tarea de Snape de la clase. Crookshanks resulta vital para desenmascarar a Scabbers como Peter Pettigrew, un antiguo amigo de James y Lily Potter, que reveló su paradero a Lord Voldemort la noche de sus asesinatos, y pudo implicar erróneamente a Sirius Black (revelado como el padrino de Harry) en la muerte de los Potter. El transformador del tiempo permite a Hermione y a Harry rescatar a Sirius y al hipogrifo Buckbeak.
Harry Potter y el cáliz de fuego
Hermione está horrorizada por la crueldad que sufren los elfos domésticos y crea la S.P.E.W., la Sociedad para la Promoción del Bienestar de los Elfos, como un esfuerzo para conseguir derechos básicos para ellos. Es la cita del prodigio búlgaro del Quidditch Viktor Krum en el Baile de Yule del Torneo de los Tres Magos. La pronunciación correcta de su nombre (Her-my-oh-nee) se introduce en la trama cuando ella se lo enseña a Krum; lo mejor que puede hacer es «Herm-own-ninny», pero ella no tiene ningún problema. Más tarde se enzarza en una acalorada discusión con Ron después de que éste la acuse de «confraternizar con el enemigo» por su amistad con Krum. En el libro, se insinúan los sentimientos de Hermione hacia Ron cuando dice que éste no puede verla «como una chica», pero que Krum sí. Ella apoya a Harry durante el Torneo de los Tres Magos, ayudándole a prepararse para cada tarea. Al final de la segunda tarea, Krum le pide que vaya a verlo durante el verano a Bulgaria, pero ella se niega cortésmente. Casi al final del trimestre, detiene a la fraudulenta reportera sensacionalista y animagus no registrada, Rita Skeeter, que había publicado material difamatorio sobre Hermione, Harry y Hagrid durante el Torneo de los Tres Magos, manteniendo su forma de animagus (un escarabajo) cautiva en un frasco.
Harry Potter y la Orden del Fénix
Hermione se convierte en prefecta de Gryffindor junto con Ron y se hace amiga de Luna Lovegood, pero su amistad tiene un comienzo difícil después de que Hermione repruebe la publicación del padre de Luna: «El Quibbler es una basura, todo el mundo lo sabe». También arremete contra la compañera de casa Lavender Brown por creer en las acusaciones del Daily Prophet de que Harry inventaba historias sobre el regreso de Voldemort. Ron y Hermione pasan gran parte de su tiempo discutiendo, probablemente debido a sus crecientes sentimientos románticos el uno hacia el otro, pero muestran una continua lealtad a Harry. Un punto de inflexión en la serie es cuando Hermione concibe la idea de que Harry enseñe en secreto magia defensiva a un pequeño grupo de estudiantes, desafiando el dictado del Ministerio de Magia de enseñar sólo los principios básicos de la materia a partir de un libro de texto, sin ninguna práctica. Hermione obtiene una respuesta inesperada y el grupo se convierte en el naciente Ejército de Dumbledore. Participa en la batalla del Departamento de Misterios y resulta gravemente herida por un hechizo del mortífago Antonin Dolohov, pero se recupera completamente.
Harry Potter y el Príncipe Mestizo
El nuevo profesor de Pociones, Horace Slughorn, invita a Hermione a unirse a su «Club de la Babosa», y ella ayuda a Ron a conservar su puesto en el equipo de Quidditch de Gryffindor cuando lanza un hechizo de confusión sobre Cormac McLaggen, haciéndole fallar su último intento de salvación durante las pruebas de guardián. Los sentimientos de Hermione por Ron siguen creciendo y ella decide hacer un movimiento invitándolo a la fiesta de Navidad de Slughorn, pero él se enamora de Lavender en lugar de eso en represalia por su creencia de que Hermione había besado a Krum años antes. Ella intenta vengarse saliendo con McLaggen en la fiesta de Navidad, pero su plan se tuerce y lo abandona a mitad de la fiesta. Ron y Hermione se enemistan continuamente (Ron está enfadado con ella porque ha montado pájaros para atacarle después de verles a él y a Lavender besándose; Hermione se enfada sobre todo por sus crecientes celos) hasta que él sufre un envenenamiento casi mortal por hidromiel contaminada, lo que la asusta lo suficiente como para reconciliarse con él. Tras la muerte de Dumbledore, Ron y Hermione juran permanecer al lado de Harry pase lo que pase. Una subtrama menor en el libro es que Hermione y Harry forman una rivalidad en Pociones, ya que Hermione está acostumbrada a ser la primera en sus asignaturas y se enfada porque Harry la supera inmerecidamente siguiendo consejos y diferentes instrucciones escritas en los márgenes del libro de pociones de Harry por el anterior propietario. Hermione es también la única del trío que supera con éxito su examen de Aparición (Ron suspendió, aunque por poco, y Harry era demasiado joven).
Harry Potter y las Reliquias de la Muerte
En el séptimo y último libro, Hermione acompaña a Harry en su búsqueda para destruir los Horrocruxes restantes de Voldemort. Antes de partir en la búsqueda, ayuda a garantizar la seguridad de sus padres colocándoles un encantamiento de memoria falsa, haciéndoles creer que son Wendell y Mónica Wilkins, cuya ambición de toda la vida es mudarse a Australia. Hereda el ejemplar de Dumbledore de Los cuentos de Beedle el Bardo, que le permite descifrar algunos de los secretos de las Reliquias de la Muerte. Se preparó para su partida y viaje colocando un Encantamiento de Extensión Indetectable en un pequeño bolso de cuentas para poder llenar las infinitas profundidades del bolso con los materiales que necesitarán. El hechizo de Hermione la salva a ella y a Harry de Lord Voldemort y su serpiente Nagini en Godric’s Hollow, aunque el rebote rompe la varita de Harry. Cuando ella, Ron y Harry son capturados por los Snatchers, que están a la caza de los nacidos de muggles bajo las órdenes del Ministerio, Hermione disfraza a Harry desfigurando temporalmente su cara con un Jinx de picadura. También intenta hacerse pasar por la ex alumna de Hogwarts Penélope Clearwater y por una mestiza para evitar la persecución, pero son reconocidos y llevados a la Mansión Malfoy. Bellatrix Lestrange la tortura con la Maldición Cruciatus en un intento de extraer información sobre cómo Hermione, Harry y Ron llegaron a poseer la espada de Godric Gryffindor (que se suponía que estaba a salvo en la bóveda de Lestrange en Gringotts). Bellatrix ordena que el duende Griphook inspeccione la espada y diga si es falsa o real. Para salvar a Hermione, Harry le convence de que mienta a Bellatrix diciendo que la espada es falsa. Cuando los demás escapan de su celda, Bellatrix amenaza con cortar el cuello de Hermione. Hermione, Harry, Ron y los demás prisioneros retenidos en la Mansión Malfoy son finalmente rescatados por Dobby.
Hermione utiliza más tarde la Poción Policial para hacerse pasar por Bellatrix cuando el trío intenta robar la copa de Hufflepuff de Gringotts. Ella, Harry y Ron se unen al ejército de Dumbledore en la Batalla de Hogwarts, durante la cual Hermione destruye la copa de Hufflepuff en la Cámara de los Secretos con un colmillo de basilisco, eliminando otro Horrocrux. Hermione y Ron también comparten su primer beso durante la batalla. En la batalla final en el Gran Comedor, Hermione lucha contra Bellatrix con la ayuda de Ginny Weasley y Luna. Sin embargo, las tres son incapaces de derrotar a Bellatrix y dejan de luchar contra ella una vez que Molly Weasley les ordena que se retiren.