Chemical Crosslinking: Ruolo nella scienza delle proteine e dei peptidi

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Sfondo: Il crosslinking chimico si riferisce all’unione intermolecolare o intramolecolare di due o più molecole tramite un legame covalente. I reagenti che sono usati per lo scopo sono indicati come “reagenti di reticolazione” o “reticolanti”. In base a fattori come la reattività e la lunghezza dei distanziatori, questi sono classificati in diversi tipi, ognuno dei quali ha la sua specifica funzione e applicazione. In tempi recenti, il crosslinking chimico è emerso come uno strumento efficiente per lo studio di biomolecole come le proteine. Trova la sua applicazione in vari studi tra cui l’attaccamento delle proteine a un supporto solido per lo studio dei recettori di membrana, i complessi proteina-proteina, i complessi proteina-DNA e altri. Quando accoppiata con tecniche come la spettroscopia di massa, è stata usata non solo per la determinazione delle strutture tridimensionali delle proteine ma anche per lo studio delle interazioni proteina-proteina e la determinazione di siti interessanti. Questa combinazione di tecniche di spettrometria di massa e bioinformatica ha aggiunto un’altra dimensione alla nostra attuale comprensione della chimica delle proteine. Così, la reticolazione chimica ha una moltitudine di usi a cui può essere destinata.

Metodi: Abbiamo intrapreso una ricerca sistematica dei database bibliografici e dei motori di ricerca come Google Scholar, Scifinder, Scopus, Mendeley ecc per la revisione della letteratura di ricerca. Abbiamo escluso i documenti di ricerca che riportavano solo la sintesi di molecole di reticolazione e non comportavano studi di spettrometria di massa.

Risultati: Sessantaquattro articoli sono stati inclusi nella revisione. La maggior parte dei riferimenti sono stati presi dagli ultimi dieci anni, poiché c’è stato un immenso progresso in questo settore negli ultimi anni. Sono stati inclusi undici articoli classici in questo campo che parlano delle basi di questa metodologia. Trentadue articoli hanno discusso dei vari tipi di gruppi organici utilizzati per la progettazione di reticolanti chimici e di varie metodologie che sono state utilizzate per migliorare l’efficienza di reticolazione. Questi articoli evidenziano anche varie strategie utilizzate per migliorare il rilevamento di proteine reticolate e vari software utilizzati per rilevare i siti di reticolazione dai dati di massa. Ventuno articoli hanno mostrato l’applicazione proof concept di questa metodologia per rilevare la reticolazione delle proteine in vivo e in vitro.

Conclusione: I risultati di questa revisione confermano l’importanza del crosslinking chimico combinato con la spettroscopia di massa come alternativa a basso costo per capire l’interazione proteina-proteina. Le informazioni generate da questa metodologia possono aiutare a capire meglio varie malattie e per lo sviluppo di farmaci migliori per loro.

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