Hercules è il capo di una banda di mercenari che comprende il re-lanciatore trasformato in profeta Anfiarao di Argo, il ladro lanciatore di coltelli Autolico di Sparta, il guerriero selvaggio Tideo di Tebe, l’arciere amazzone Atalanta di Scizia, e suo nipote, il narratore Iolao di Atene.
Si dice che Ercole sia il semidio figlio di Zeus, che completò le leggendarie Dodici Fatiche dopo essere stato tradito da Era, che lo fece impazzire e gli fece uccidere sua moglie Megara e i loro figli durante una visita al re Euristeo. Nel corso del film, non viene stabilito chiaramente che Ercole sia veramente il figlio di Zeus e molti sono scettici sulla sua affermazione e sulle storie delle famose dodici fatiche di Ercole. Nonostante ciò, Ercole mostra una forza inusuale e inumana e un’abilità ineguagliabile nel combattimento. Tuttavia, Ercole è spesso perseguitato dal ricordo della morte di sua moglie e dei suoi figli per mano sua, così come dalle visioni di Cerbero.
Dopo aver portato a termine una recente missione e aver salvato suo nipote sulla costa macedone nella Grecia settentrionale nel 358 a.C., Hercules e la sua squadra stanno festeggiando e bevendo in una taverna quando vengono avvicinati da Ergenia, la figlia del re Cotys, che vuole che Hercules addestri gli eserciti della Tracia per difendere il regno dal sanguinario signore della guerra Rhesus. Ercole accetta dopo che a lui e ai suoi uomini viene offerto il suo peso in oro, e il gruppo viene accolto in Tracia da Cotys e dal generale Sitacles, capo dell’esercito tracio.
Tuttavia, Reso ha raggiunto la tribù Bessi nella Tracia centrale e Cotys insiste che Ercole guidi l’esercito in battaglia per difendere i Bessi, nonostante le obiezioni di Ercole e la mancanza di addestramento dell’esercito. Tuttavia, arrivano troppo tardi perché la presunta stregoneria di Reso ha messo i Bessi contro i Traci. Dopo che i Bessi sono stati sconfitti a seguito di una lunga e disastrosa battaglia che provoca la morte di almeno la metà delle forze trace, Ercole e i suoi alleati addestrano adeguatamente l’esercito.
Quando l’addestramento è completo, Ercole e Sitacle affrontano Reso e i suoi soldati dopo un giorno di viaggio sul campo di battaglia davanti al monte Asticus. I Traci costringono l’esercito di Rhesus a ritirarsi dopo un’ardua battaglia, ma Rhesus stesso cavalca per affrontare Ercole e viene sconfitto da lui.
Rhesus viene riportato in Tracia come prigioniero, dove viene pubblicamente tormentato e umiliato. Avendo pietà, Ercole impedisce agli abitanti della città di lanciargli altri oggetti. Quando Ercole menziona le azioni di Rhesus di bruciare i villaggi, Rhesus gli dice che non è stato lui o il suo esercito e dice a Ercole che ha combattuto dalla parte sbagliata.
Poi, nella sala del palazzo, Rhesus viene incatenato e lasciato in mostra. Notando che Ergenia ha avuto pietà di lui, Ercole la affronta e scopre che Rhesus stava dicendo la verità sui villaggi, in quanto si stava semplicemente vendicando dei tentativi aggressivi di Cotys di espandere il suo regno. Anche se Ergenia non è d’accordo con i metodi di Cotys, lo fa per paura, perché suo padre ha avvelenato suo marito, il re precedente. Inoltre, Cotys minaccia suo figlio Arius, il vero erede al trono.
Dopo aver ricevuto la loro ricompensa, i mercenari sono pronti a partire, ma Ercole decide di rimanere indietro per fermare Cotys, con tutti tranne Autolico che sceglie di seguirlo. Tuttavia, vengono sopraffatti e catturati da Sitacles e dai suoi uomini. Mentre sono incatenati, Ercole viene affrontato dal re Euristeo, che è in combutta con Cotys. Eurystheus rivela di aver drogato Ercole la notte in cui la sua famiglia morì, vedendolo come una minaccia al suo potere. La famiglia di Ercole è stata infatti uccisa da tre lupi neri inviati da Euristeo, con il risultato che Ercole ha continue allucinazioni di Cerbero. Quando Cotys ordina l’esecuzione di Ergenia per il suo tradimento, Ercole viene incoraggiato da Anfiarao a credere in se stesso così come tutti credono in lui. In una dimostrazione di forza sovrumana, Ercole si libera delle sue catene, salvando Ergenia e sconfiggendo i lupi da solo. Ercole libera i prigionieri, tra cui Reso, e poi affronta Euristeo, impalandolo con il suo stesso pugnale e vendicando la sua famiglia; tuttavia, subisce un’imboscata da Sitacles, che viene poi pugnalato a morte da Iolao, che ha affinato segretamente le sue abilità.
Al di fuori, Ercole e le sue forze combattono Cotys e il suo esercito. Arius viene preso in ostaggio, ma salvato da Autolycus, che ha deciso di tornare per aiutare i suoi amici. Nella battaglia che segue, Tideo viene ferito mortalmente mentre protegge Ario, ma continua a combattere, massacrando numerosi soldati traci finché non cade; in seguito muore tra le braccia di Ercole. Sempre usando una forza inumana, Ercole spinge un’enorme statua di Era dalle sue fondamenta e la usa per schiacciare Cotys e molti dei suoi soldati. I soldati rimasti vedono Ercole mentre un fulmine lampeggia sullo sfondo. I soldati sopravvissuti si inchinano a Ercole e Arius sale sul trono, con Ergenia al suo fianco. Mentre scorrono i titoli di coda, un racconto animato delle Dodici Fatiche mostra come Ercole abbia compiuto queste imprese con l’aiuto dei suoi compagni.