その保護状況にもかかわらず、開けた草原が失われたことにより、プレーリードッグの生息数は劇的に減少している。 20世紀初頭、プレーリードッグは、ロッキー山脈の東側からカナダ、メキシコに至る大平原で1億エーカー（4000万ヘクタール）を占めていた。 現在では、その生息域は200万エーカー（766,400ヘクタール）以下にまで減少している。
害虫とみなされたプレーリードッグは、放牧されている牛やバイソンと草を奪い合うとみなされたため、毒殺や射殺によって駆除されてきた。
また、黒尾のプレーリードッグは、シルバティック・ペストと呼ばれる不注意に持ち込まれた病気と闘っている。 この感染症はノミが媒介する細菌によって引き起こされ、コロニーの99％以上を死滅させることができる非常に深刻なものである。 この疫病の重大性にもかかわらず、米国魚類野生生物局は、プレーリードッグはその個体数を回復する能力があり、病気に感染するのに必要な露出度が高く、疫病が広がっている範囲であるため、重大な脅威ではないと結論づけている。 生物学者は、プレーリードッグの存在によって影響を受ける脊椎動物の種を170以上数える。 プレーリードッグの重要な役割のひとつは土壌改良である。彼らはトンネルの土を地表に上げ、トンネルが地面に空気を送り込むのである。 また、プレーリードッグが草を刈り取ることで新しい草が生え、他の草食動物が食べる餌の質と多様性が高まることが科学者によって解明されている。
他の研究によると、プレーリードッグの町の周辺は、プレーリードッグのいない広大な草原よりも野生動物の密度が高い傾向があるという。 その他、ネズミ、アマミノクロウサギ、猛禽類などがいる。 フクロウやガラガラヘビは巣穴をシェルターとして利用している。 プロングホーンジカは、町の中心部にある広葉樹の茂みを探し求める。 科学者たちは、プレーリードッグが過放牧の徴候であることを発見した。
残念ながら、シルバティック・ペストはコロニー内のプレーリードッグを99％以上殺してしまうので、感染した個体群を回復させることは非常に困難である。 にもかかわらず、全体的な個体数は高いままである。 プレーリードッグのコロニーは、狩猟や駆除が許可されていないいくつかの保護区に存在する。 プレーリードッグの遺伝学やコロニー間の生息地の分断に関する研究と同様に、さらなる個体数の調査や目録作成が必要である。