神経科学者のポール・D・マクリーンは、1960年代に脳のモデルを構築し、1990年の著書『進化の中の三位一体脳』で詳述しています。 このモデルは、脳の活動や組織について非常に単純化した説明ではあるが、脳機能の階層構造の近似をわかりやすく示している。 言うまでもなく、心拍数や呼吸といった機能はかなり重要であり、脳のこの部分の制御メカニズムはかなり一貫している。
脳のこの部分の機能は、他の脳の活動よりも優先されることを認識することが重要である。 たとえば、息を止めようとすると（前頭前野の活動）、血流に二酸化炭素が蓄積され、脳のこの原始的な部分が、再び呼吸をさせようとすることがわかるでしょう。
生存に対するこのような脅威は、物理的なトラウマを予測して体の末梢で血管が収縮する「末梢シャットダウン」に示されるように、まず原始脳が対処し、他の脳機能より優先されます。
大脳辺縁系（古哺乳類複合体）
時に「感情脳」と呼ばれる大脳辺縁系は、危険に対する「闘争または逃避」反応を開始する反応的な部分である。 心理療法で注目されるのは、海馬、扁桃体、視床下部の主要な部分です。
扁桃体は早期警戒システムのようなもので、「安全第一」をモットーに、実行脳（新皮質）に相談する前にその安全計画を実行に移します。 ヘビのようなものを発見したとき、よく見ると草むらのホースであることがわかる前に、その道から飛び出す自分の姿を思い浮かべてください。 これは非常に重要な最初の反応です。例えば、うっかり前に出てしまったバスを避けるために飛び出すのを前頭前野に任せていたら、その評価システムは遅すぎるかもしれないのです。 扁桃体は、必ずしも正確ではないにせよ、非常に高速に評価を行い、視床下部（入ってくる情報）から、差し迫った運命を回避するためのストレス反応を開始させることができる高速トラックを持っている。
セラピストにとって特に興味深いのは、大脳辺縁系が合図を間違えた場合、つまり実際に危険はないものの、とにかく体がストレス反応に投げ出された場合である。 慢性的な低レベルのストレスから本格的なパニック発作まで、不適応な大脳辺縁系は、クライアントを悩ませている問題の鍵かもしれません。
大脳新皮質 (Neomammalian Complex)
新皮質は「賢い」脳で、言語、抽象思考、想像、創造など、すべての高次意識活動を担う、システムの実行部分であり、ほんの一部を挙げるだけでも、この部分があります。 しかし、脳を3つの大きな部分に分けるというのは非常に単純化された概念であり、機能的にはこれらすべての領域間の接続が境界を大きく曖昧にしていることを心に留めておいてください）。
セラピストにとって特に興味深いのは、前頭前野（額のすぐ後ろにある脳の部分）であり、大脳辺縁系よりも入ってくる情報への反応は遅いかもしれませんが、その処理ははるかに洗練されています。 このような「ゆっくり」した思考が、私たち人間の知性の特徴なのです。 技術的、感情的、社会的、論理的な面における複雑で新しい思考は、ここで行われます。 理性的で論理的、創造的で独創的な思考ができるのはここです。 しかし、重大なことに、脅威を感じた場合（想像であれ現実であれ）、前頭前野は大脳辺縁系に「乗っ取られる」可能性があるのです。 血流が深部の大脳辺縁系に誘導され、前頭前野は「オフライン」になることがある。