Hercules is de leider van een bende huurlingen die bestaat uit de met een speer zwaaiende koning die nu profeet Amphiaraus van Argos is, de messenwerpende dief Autolycus van Sparta, de woeste krijger Tydeus van Thebe, de amazone boogschutter Atalanta van Scythië en zijn neef, de verhalenverteller Iolaus van Athene.
Hercules zou de halfgod zoon van Zeus zijn, die de legendarische Twaalf Taken volbracht nadat hij was verraden door Hera, die hem krankzinnig maakte en ervoor zorgde dat hij zijn vrouw Megara en hun kinderen vermoordde tijdens een bezoek aan koning Eurystheus. In de film wordt niet duidelijk vastgesteld dat Hercules werkelijk de zoon van Zeus is en velen staan sceptisch tegenover deze bewering en tegenover de verhalen over de beroemde Twaalf Arbeidspogingen van Hercules. Desondanks vertoont Hercules ongewone onmenselijke kracht en een ongeëvenaarde vaardigheid in de strijd. Hercules wordt echter vaak achtervolgd door de herinnering aan de dood van zijn vrouw en kinderen door zijn toedoen, en door visioenen van Cerberus.
Nadat Hercules in 358 v. Chr. een recente missie heeft voltooid en zijn neef aan de Macedonische kust in Noord-Griekenland heeft gered, viert hij met zijn team feest en drinkt hij wat in een taveerne als hij wordt benaderd door Ergenia, de dochter van koning Cotys, die wil dat Hercules de legers van Thracië traint om het koninkrijk te verdedigen tegen de bloeddorstige krijgsheer Rhesus. Hercules accepteert nadat hem en zijn mannen zijn gewicht in goud is aangeboden, en de groep wordt in Thracië verwelkomd door Cotys en generaal Sitacles, leider van het Thracische leger.
Rhesus heeft echter de Bessi-stam in Centraal-Thracië bereikt en Cotys staat erop dat Hercules het leger leidt in de strijd om de Bessi te verdedigen, ondanks Hercules’ bezwaren en het gebrek aan training van het leger. Ze zijn echter te laat, want de zogenaamde tovenarij van Rhesus heeft de Bessi tegen de Thraciërs gekeerd. Nadat de Bessi zijn verslagen na een lange en rampzalige veldslag waarbij minstens de helft van de Thracische strijdkrachten is gedood, trainen Hercules en zijn bondgenoten het leger naar behoren.
Wanneer de training is voltooid, confronteren Hercules en Sitacles Rhesus en zijn soldaten na een daglange tocht op het slagveld voor de berg Asticus. De Thraciërs dwingen het leger van Rhesus zich na een zware strijd terug te trekken, maar Rhesus zelf trekt ten strijde tegen Hercules en wordt door hem verslagen.
Rhesus wordt als gevangene teruggevoerd naar Thracië, waar hij in het openbaar wordt gekweld en vernederd. Medelijdend weerhoudt Hercules de stedelingen ervan meer voorwerpen naar hem te gooien. Als Hercules vertelt dat Rhesus dorpen heeft platgebrand, zegt hij dat het niet aan hem of zijn leger lag en zegt tegen Hercules dat hij aan de verkeerde kant heeft gevochten.
Later, in de paleishal, wordt Rhesus vastgeketend en tentoongesteld. Hercules merkt dat Ergenia medelijden met hem heeft. Hij confronteert haar en ontdekt dat Rhesus de waarheid sprak over de dorpen en slechts wraak nam op de agressieve pogingen van Cotys om zijn koninkrijk uit te breiden. Hoewel Ergenia het niet eens is met de methoden van Cotys, gaat ze mee uit angst, omdat haar vader haar man, de vorige koning, heeft vergiftigd. Bovendien bedreigt Cotys haar zoon Arius, de ware troonopvolger.
Na ontvangst van hun beloning zijn de huurlingen klaar om te vertrekken, maar Hercules besluit achter te blijven om Cotys tegen te houden, waarbij allen behalve Autolycus ervoor kiezen hem te volgen. Ze worden echter overmeesterd en gevangen genomen door Sitacles en zijn mannen. Terwijl hij geketend is, wordt Hercules geconfronteerd met koning Eurystheus, die met Cotys heult. Eurystheus onthult dat hij Hercules heeft gedrogeerd op de avond dat zijn familie stierf, omdat hij Hercules als een bedreiging voor zijn macht zag. Hercules’ familie werd in feite gedood door drie zwarte wolven die door Eurystheus waren gestuurd, waardoor Hercules voortdurend hallucineert over Cerberus. Wanneer Cotys opdracht geeft Ergenia te executeren voor haar verraad, wordt Hercules door Amphiaraus aangemoedigd in zichzelf te geloven, net zoals iedereen in hem gelooft. In een show van bovenmenselijke kracht, breekt Hercules uit zijn ketenen, redt Ergenia en verslaat de wolven in zijn eentje. Hercules bevrijdt de gevangenen, waaronder Rhesus, en gaat dan de confrontatie aan met Eurystheus, spietst hem met zijn eigen dolk en wreekt zijn familie; hij wordt echter in een hinderlaag gelokt door Sitacles, die vervolgens wordt doodgestoken door Iolaus, die in het geheim zijn vaardigheden heeft aangescherpt.
Buiten strijden Hercules en zijn troepen tegen Cotys en zijn leger. Arius wordt gegijzeld, maar gered door Autolycus, die besloten heeft terug te keren om zijn vrienden te helpen. In de daaropvolgende strijd raakt Tydeus dodelijk gewond terwijl hij Arius beschermt, maar hij vecht door en slacht talloze Thracische soldaten af tot hij valt; later sterft hij in de armen van Hercules. Hercules gebruikt opnieuw onmenselijke kracht, duwt een massief beeld van Hera van zijn fundamenten en gebruikt het om Cotys en veel van zijn soldaten te verpletteren. De overgebleven soldaten zien Hercules terwijl op de achtergrond de bliksem flitst. De overlevende soldaten buigen voor Hercules en Arius bestijgt de troon, met Ergenia aan zijn zijde. Terwijl de aftiteling rolt, laat een geanimeerde hervertelling van de Twaalf Taken zien hoe Hercules deze prestaties volbracht met de hulp van zijn metgezellen.