Honduras beslaat een oppervlakte van 112.492 vierkante km (43.433 sq. mi) in Midden-Amerika. Zoals te zien is op de natuurkundige kaart van Honduras, heeft het land drie grote topografische regio’s. Deze zijn een uitgestrekt binnenlands plateau van heuvels en bergen die het landschap domineren, de Caribische laaglanden, en de Stille Oceaan laaglanden – grenzend aan de Golf van Fonseca.
De beboste binnenlandse heuvels en het Sierra Madre gebergte worden doorkruist door een grote reeks rivieren en brede, vruchtbare valleien; aan de voorzijde liggen zandstranden. De 2.870 m hoge Cerro Las Minas gelegen in het westelijk deel van het land is het hoogste punt van Honduras.
De Caribische laaglanden strekken zich uit langs de gehele noordelijke kustlijn, en daar, in het noordoosten, zoals aangegeven op de kaart, is de Mosquito Coast een brede onbewoonde strook van dichte jungle, lagunes en mangrove moerassen.
De laagvlakte van de Stille Oceaan omgeeft de Golf van Fonseca, en ook dat land wordt enigszins moerassig in de buurt van de kust. Het land heeft talrijke baaien en eilanden in de Caribische Zee, waaronder Isla de la Bahia (Bay Islands), de kleine Cayos Cocinos (Hog Islands), en de afgelegen Swan Islands. Een paar lang slapende vulkanische eilanden liggen in de Golf van Fonseca, waaronder Tigre en Zacate.
Honduras is waterrijk; de belangrijkste rivieren zijn de Aquan, Coco, Patuca, Sico en Ulua; het Meer van Yojoa is het enige meer van betekenis, en de Lagune van Caratasca in het noordoosten is de grootste van vele kustlagunes.