În 1967 Lynn (Sagan) Margulis a propus că mitocondriile, plastidele fotosintetice și cilia au fost dobândite de procariote și au evoluat simbiotic pentru a forma bacterii anaerobe, bacterii fotosintetice și, în cele din urmă, alge. Deși cea mai mare parte a acestei teorii este bine acceptată în prezent, ipoteza conform căreia spirochete endosimbiotice s-au dezvoltat în flageli și cili eucarioți, precum și următoarele propuneri privind o origine endosimbiotică a altor organite eucariote, cum ar fi peroxizomii, glioxizomii etc., nu au primit prea multă acceptare, deoarece dovezile sugerează că acestea nu au un genom și nu prezintă asemănări ultrastructurale cu bacteriile sau archaea. Cu toate acestea, a fost sugerată recent ideea că, de-a lungul mileniilor, mitocondriile, plastidele, celulele procariote și eucariote și chiar flagelul și peroxizomii, în calitate de endosimbionți primari sau secundari, au transferat o parte sau întregul lor ADN în nucleul celulelor gazdă printr-un proces numit „endogeneosimbioză” (adică un transfer simbiotic de gene, cum ar fi internalizarea ADN-ului endosimbionților cu transfer lateral). Această endogenosimbioză ar putea avea loc în timpul tranziției evolutive de la comunitatea interactivă simbiotică, invocată de Margulis, la o celulă complet integrată (fie procariotă, fie eucariotă). Acest proces ar putea explica dovezile lipsă ale prezenței ADN-ului în flageli și peroxizomi, ai căror strămoși endosimbionți, în timpul evoluției endogenosimbiotice îndelungate, ar fi putut transfera întregul lor genom către celula gazdă, care l-a integrat ulterior în propriul genom, controlându-i direct expresia. Mai mult, ipoteza endogenosimbiozei ar putea fi explicația tranziției de la o lume a ARN-ului la una a ADN-ului și a unor cazuri de evoluție simpatrică reală a speciilor, aparent inexplicabile prin procesele canonice de speciație. Aici, după o introducere la baza teoretică a endogeneosimbiozei și o discuție despre dovezile empirice care o confirmă, prezint un rezumat grafic al integrării dintre această teorie și teoriile anterioare ale endosimbiozei. Teoria endosimbiozei seriale și cea a endosimbiozei secundare sunt contopite cu teoria endogenezei în cadrul unei teorii simbiogenetice unificate (UST).