Em 1967 Lynn (Sagan) Margulis propôs que mitocôndrias, plastídeos fotossintéticos e cílios fossem adquiridos procariotas e evoluíssem simbioticamente para formar bactérias anaeróbias, fotossintéticas e eventualmente algas. Embora a maioria desta teoria seja bem aceita agora, a hipótese de que espiroquetas endosimbioticas se desenvolveram em flagelos e cílios eucarióticos, e as seguintes propostas de origem endosibiótica de outras organelas eucarióticas como peroxissomas, glioxissomas, etc. não receberam muita aceitação, uma vez que as evidências sugerem que carecem de um genoma e não mostram semelhanças ultra-estruturais com bactérias ou arquebactérias. No entanto, a idéia de que ao longo de milênios mitocôndrias, plastídeos, células procarióticas e eucarióticas e até mesmo flagelos e peroxissomas, como endossimbiontes primários ou secundários, transferiram algum ou todo o seu próprio DNA para o núcleo de células hospedeiras através de um processo chamado “endogenosimbiose” (ou seja, uma transferência de genes simbióticos, como a internalização do DNA dos endossimbiontes com transferência lateral) foi recentemente sugerida. Esta endogenosimbiose poderia ocorrer durante a transição evolutiva da comunidade simbiótica interativa, invocada por Margulis, para uma célula totalmente integrada (seja ela procariótica ou eucariótica). Este processo poderia explicar a falta de evidência da presença de DNA em flagelos e peroxisomas cujos endossimbiontes ancestrais, durante a longa evolução endogenosimbiótica, poderiam ter transferido todo o seu genoma para a célula hospedeira que subsequentemente o integrou no seu próprio genoma, controlando directamente a sua expressão. Além disso, a hipótese da endogenosimbiose poderia ser a explicação da transição entre um RNA para um mundo de DNA e de alguns casos de verdadeira evolução simpática das espécies, aparentemente inexplicável pelos processos de especiação canônica. Aqui, após uma introdução às bases teóricas da endogenosimbiose e uma discussão das evidências confirmadoras empíricas, mostro um resumo gráfico da integração entre esta e as teorias da endosimbiose anterior. A Teoria da Endosimbiose Serial e a Endosimbiose Secundária fundem-se com a Teoria da Endogenosimose em uma Teoria Simbiogênica Unificada (UST).