Amoniacul este prezent în mediul acvatic din cauza scurgerilor agricole și a descompunerii deșeurilor biologice. Amoniacul este toxic pentru toate vertebratele, provocând convulsii, comă și moarte, probabil pentru că NH4+ ridicat deplasează K+ și depolarizează neuronii, provocând activarea receptorilor de glutamat de tip NMDA, ceea ce duce la un aflux de Ca2+ excesiv și la moartea celulară ulterioară în sistemul nervos central.
Cerințele actuale privind amoniacul pentru sistemele acvatice se bazează pe teste de toxicitate efectuate pe pe pești, înfometați, în repaus, fără stres. Acest lucru este de două ori inadecvat. În timpul efortului epuizant și al stresului, peștii cresc producția de amoniac și sunt mai sensibili la amoniacul extern. Criteriile actuale nu protejează peștii care înoată. Peștii au strategii care îi protejează de impulsul de amoniac care urmează hrănirii, iar acest lucru îi protejează, de asemenea, de creșterile amoniacului extern; ca urmare, peștii înfometați sunt mai sensibili la amoniacul extern decât peștii hrăniți.
Există o serie de specii de pești care pot tolera un nivel ridicat de amoniac din mediul înconjurător. Formarea glutaminei este o strategie importantă de detoxifiere a amoniacului în creierul peștilor, în special după hrănire. Detoxifierea amoniacului în uree a fost, de asemenea, observată la elasmobranhari și la unele teleoste. Reducerea ratei de proteoliză și a ratei de catabolism al aminoacizilor, care duce la o scădere a producției de amoniac, poate fi o altă strategie de reducere a toxicității amoniacului. Pescărușul de vreme volatilizează NH3, iar melcul de noroi, P. schlosseri, utilizează o altă strategie unică, pompează activ NH4+ din organism.
.