Hercules är ledare för ett gäng legosoldater som består av den spjutviftande kungen som förvandlats till profet Amphiaraus från Argos, den knivkastande tjuven Autolycus från Sparta, den vildsinta krigaren Tydeus från Thebe, amazonernas bågskytt Atalanta från Skythien och hans brorson, historieberättaren Iolaus från Aten.
Hercules sägs vara halvguden Zeus’ son som fullbordade de legendariska tolv arbetsuppgifterna efter att ha blivit förrådd av Hera, som drev honom till vansinne och fick honom att mörda sin hustru Megara och deras barn under ett besök hos kung Eurystheus. Under hela filmen är det inte klart fastställt att Herkules verkligen är Zeus’ son och många är skeptiska till påståendet liksom till berättelserna om Herkules’ berömda tolv laborer. Trots detta uppvisar Hercules en ovanlig omänsklig styrka och en nästan oöverträffad skicklighet i strid. Herkules hemsöks dock ofta av minnet av sin hustrus och sina barns död genom hans hand, liksom av syner av Cerberus.
Efter att ha avslutat ett nyligen genomfört uppdrag och räddat sin brorson på den makedonska kusten i norra Grekland år 358 f.Kr. firar Herkules och hans team och dricker på en taverna när de kontaktas av Ergenia, dotter till kung Cotys, som vill att Herkules ska utbilda Thrakiens arméer så att de kan försvara riket mot den blodtörstige krigsherren Rhesus. Herkules accepterar efter att han och hans män erbjudits sin vikt i guld, och bandet välkomnas till Thrakien av Cotys och general Sitakles, ledare för den thrakiska armén.
Rhesus har dock nått fram till Bessi-stammen i centrala Thrakien och Cotys insisterar på att Herkules ska leda armén i strid för att försvara Bessi, trots Herkules invändningar och arméns bristande utbildning. De kommer dock för sent eftersom Rhesus förmodade trolldom har vänt bessierna mot thrakerna. Efter att bessierna besegrats efter ett långt och katastrofalt slag som resulterar i att minst hälften av de thrakiska styrkorna dödas, tränar Herkules och hans allierade armén ordentligt.
När träningen är avslutad konfronterar Herkules och Sitakles Rhesus och hans soldater efter en dagslång resa på slagfältet före berget Asticus. Thrakerna tvingar Rhesus armé att dra sig tillbaka efter ett mödosamt slag, men Rhesus själv rider ut för att konfrontera Hercules och besegras av honom.
Rhesus förs tillbaka till Thrakerna som fånge, där han plågas och förnedras offentligt. Herkules får medlidande och hindrar stadsborna från att kasta fler föremål på honom. När Herkules nämner Rhesus handlingar med att bränna ner byar säger Rhesus till honom att det inte var han eller hans armé och berättar för Herkules att han har kämpat på fel sida.
Senare, i palatshallen, kedjas Rhesus fast och lämnas utställd. Herkules märker att Ergenia har förbarmat sig över honom och konfronterar henne och får reda på att Rhesus talade sanning om byarna, i och med att han bara hämnas på Cotys aggressiva försök att expandera sitt rike. Även om Ergenia inte håller med om Cotys’ metoder går hon med av rädsla, eftersom hennes far förgiftade hennes make, den föregående kungen. Dessutom hotar Cotys sin son Arius, den sanna tronarvingen.
Efter att ha fått sin belöning är legosoldaterna redo att ge sig av, men Herkules bestämmer sig för att stanna kvar för att stoppa Cotys, och alla utom Autolycus väljer att följa honom. De blir dock övermannade och tillfångatagna av Sitacles och hans män. Medan han är fastkedjad konfronteras Herkules av kung Eurystheus, som är i maskopi med Cotys. Eurystheus avslöjar att han drogade Hercules natten då hans familj dog, eftersom han såg honom som ett hot mot sin makt. Herkules familj dödades i själva verket av tre svarta vargar som skickats av Eurystheus, vilket resulterade i att Herkules ständigt hallucinerar om Cerberus. När Cotys beordrar att Ergenia ska avrättas för sitt svek uppmuntras Hercules av Amphiaraus att tro på sig själv precis som alla tror på honom. I en uppvisning av övermänsklig styrka bryter Herkules sig loss från sina kedjor, räddar Ergenia och besegrar vargarna på egen hand. Herkules släpper fångarna, inklusive Rhesus, och konfronterar sedan Eurystheus, spetsar honom med sin egen dolk och hämnas sin familj, men han hamnar i bakhåll av Sitacles, som sedan knivhuggs till döds av Iolaus, som i hemlighet har finslipat sina färdigheter.
Utomhus kämpar Herkules och hans styrkor mot Cotys och hans armé. Arius tas som gisslan, men räddas av Autolycus, som har bestämt sig för att återvända för att hjälpa sina vänner. I den efterföljande striden blir Tydeus dödligt skadad när han skyddar Arius, men kämpar vidare och slaktar många thrakiska soldater tills han faller; senare dör han i Herkules’ armar. Återigen med hjälp av omänsklig styrka driver Herkules en massiv staty av Hera från sitt fundament och använder den för att krossa Cotys och många av hans soldater. De återstående soldaterna ser Herkules när blixten blinkar i bakgrunden. De överlevande soldaterna bugar sig för Herkules och Arius intar tronen med Ergenia vid sin sida. När eftertexterna rullar visar en animerad återberättelse av de tolv arbetsuppgifterna hur Herkules utförde dessa bedrifter med hjälp av sina följeslagare.