Město Clovis vzniklo jako nákladní zastávka na železnici San Joaquin Valley. Společnost SJVRR, kterou 15. ledna 1890 zorganizovali fresnští podnikatelé Thomas E. Hughes, Fulton Berry, Gilbert R. Osmun, H. D. Colson, John D. Gray a William M. Williams ve spolupráci s michiganským železničním spekulantem Marcusem Pollaskym, zahájila stavbu ve Fresnu 4. července 1891 a do října téhož roku dosáhla farmářských pozemků Clovis M. Colea a George Owena. Železnice odkoupila od obou farmářů předkupní právo, od každého polovinu – východní stranu od Colea a západní stranu od Owena – a vedla koleje po hranici mezi oběma pozemky. Železnice souhlasila se zřízením stanice na západní straně kolejí a s názvem „Clovis“. Stanice Clovis, která byla pojmenována po Clovisi Coleovi, byla umístěna na owenovské straně trati.
Cole a Owen později prodali pozemky Marcusi Pollaskému pro výstavbu městečka. Stavební inženýr Ingvart Tielman z Fresna vytyčil 29. prosince 1891 jménem Pollaskyho mapu městečka. V původním městečku byly ulice pojmenované po úřednících a hlavních investorech železnice: (Benjamin) Woodworth, (Marcus) Pollasky, Fulton (Berry), (Thomas) Hughes, (Gerald) Osmun a (O. D.) Baron. Město, které Pollasky pojmenoval „Clovis“ podle stanice Clovis, bylo vytyčeno na původně Owenově pozemku.
Železnice byla dokončena až do města Hamptonville (dnes Friant) na břehu řeky San Joaquin, pouhých 26 mil (42 km) od místa svého vzniku ve Fresnu. Ze stanov společnosti San Joaquin Valley Railroad vyplývá, že společnost měla v úmyslu vybudovat 100 mil tratí, včetně vleček a odboček, přes zemědělskou oblast východně od Fresna a dále na sever k dřevěným a nerostným zdrojům v podhůří Sierry. V té době se Hamptonville jmenovalo „Pollasky“. Ve středu před Dnem díkůvzdání roku 1891 se na konečné stanici Pollasky konala oslava dokončení pokládky trati, které se údajně zúčastnilo 3 000 Fresňanů. Železnice zahájila oficiální provoz v lednu 1892.
První rok provozu železnice se časově shodoval s počátky hlubokého národního hospodářského úpadku. Zemědělci nebyli schopni dosáhnout výnosu ze své úrody, banky a železnice v celé zemi zkrachovaly. SJVRR nebyla schopna generovat dostatečné příjmy na splácení dluhu, byla pronajata společnosti Southern Pacific Railroad a následně v roce 1893 odkoupena SPRR. Zkrácením provozního řádu železnice a snížením nákladů se společnosti Southern Pacific podařilo v prvních letech po jejím převzetí dosáhnout malého zisku.
V téže době, kdy se plánovala výstavba železnice, začala skupina michiganských dřevařů získávat tisíce akrů dřeva v pohoří Sierra Nevada asi 75 mil severovýchodně od Fresna. Přes potok Stevenson Creek postavili hráz, aby vytvořili jezero, které by jim umožnilo převážet čerstvě vytěžené dřevo do pily vedle jezera. Poté vybudovali 42 mil (68 km) dlouhé, 25 stop (7,6 m) vysoké koryto ve tvaru V, které začínalo u paty hráze. Když se na pile řezalo surové dřevo, nakládalo se do koryta a hnalo se po vodě do hoblovny východně od železniční stanice Clovis, kde dnes stojí Cloviské rodeo a Clark Intermediate School. Dřevařská pila a dvůr měly vlastní síť kolejí, po kterých se dřevo pohybovalo po dvoře a které se napojovaly na železnici SJVRR jižně od stanice Clovis.
Dokončení dřevařského koryta v roce 1894 a zahájení provozu pily se stalo impulsem pro další rozvoj oblasti kolem stanice Clovis. Město se začalo formovat s tím, jak si zaměstnanci dřevařské stanice stavěli domy v blízkosti svého zaměstnání. Začaly být potřebné podniky služeb, kostely a školy a město začalo vznikat. První pošta v Clovisu byla otevřena v roce 1895. Novinový článek z roku 1896 popisuje, že město mělo téměř 500 obyvatel.
Clovis byl jako město zaregistrován v únoru 1912. Hlavní ulice v centru města byly pojmenovány po železničních úřednících. Ulice Fulton Street byla později pojmenována Front Street, poté Main Street a nyní je to Clovis Avenue.
Dřevařský závod v roce 1914 vyhořel a nebyl obnoven. V areálu se nyní nachází Clark Intermediate School a Clovis Rodeo Grounds. Clovis má dlouhou historii jako westernové městečko známé svým sloganem „Clovis – způsob života“. Od roku 1914 se poslední dubnový víkend koná rodeo v Clovisu, v sobotu dopoledne se koná průvod, odpoledne následuje rodeo a v neděli probíhá celý den. K „cloviskému způsobu života“ přispívá také řada pouličních slavností, včetně Big Hat Days, ClovisFest a týdenního pátečního farmářského trhu, který se koná každoročně od poloviny května do poloviny září.
Poslední dochovanou stavbou postavenou železnicí je depo, které se nyní nachází poblíž místa původní stanice Clovis. Nejstarší fotografie z doby kolem roku 1910 ukazují depo umístěné před vinárnou Tarpey jižně od křižovatky ulic Ashlan a Clovis Avenues. V roce 1999 byla přemístěna na své současné místo v centru města, na severovýchodním rohu Clovis Avenue a Fourth Street, a byla obnovena Clovis Big Dry Creek Historical Society za finanční prostředky, práci a materiál věnovaný místními podniky a dodavateli.
Marcus Pollasky byl právník, narozený v Michiganu, žijící v Chicagu těsně před příchodem do Fresna. Během svého života se snažil vytvořit několik projektů podobných SJVRR, včetně projektů v Eurece, Kalifornii, Virginii, Michiganu a Oklahomě. Jen málo z nich bylo skutečně postaveno. V roce 1896 Pollasky zažaloval Collise P. Huntingtona u losangeleského soudu kvůli penězům, o které přišel ve Fresnu, „když byl zapojen do společného podniku s žalovaným Huntingtonem“. Dlouho se spekulovalo, že Pollasky byl agentem společnosti Southern Pacific, a tato „joint venture“ žaloba to zřejmě potvrzuje.
Mnoho budov v jádru města bylo renovováno. Starší výlohy obchodů na Clovis Avenue, hlavní ulici procházející městem, byly obnoveny a nové budovy byly navrženy s fasádami, které se podobají těm z počátku 20. století. Historické centrum bylo znovuzrozeno jako „Staré město Clovis“.