De stad Clovis begon als een goederenhalte langs de San Joaquin Valley Railroad. De SJVRR werd op 15 januari 1890 opgericht door de Fresno zakenmannen Thomas E. Hughes, Fulton Berry, Gilbert R. Osmun, H.D. Colson, John D. Gray en William M. Williams, in samenwerking met Marcus Pollasky, een spoorwegspeculant uit Michigan. Op 4 juli 1891 begon de bouw van de spoorlijn in Fresno en in oktober van dat jaar bereikte het de landbouwgronden van Clovis M. Cole en George Owen. De spoorweg kocht recht van overpad van beide boeren, de helft van elk – de oostkant van Cole en de westkant van Owen – en legde sporen aan op de grenslijn tussen de twee eigendommen. De spoorweg stemde ermee in om een station te bouwen aan de westkant van de sporen en het “Clovis” te noemen. Het station Clovis, dat werd vernoemd naar Clovis Cole, kwam aan de Owen-kant van het spoor te liggen.
Cole en Owen verkochten later grond aan Marcus Pollasky voor de ontwikkeling van een stadsplaats. Ingvart Tielman, een burgerlijk ingenieur uit Fresno, bracht op 29 december 1891 namens Pollasky het dorp in kaart. De oorspronkelijke stad had straten die genoemd waren naar de officieren en belangrijkste investeerders van de spoorweg: (Benjamin) Woodworth, (Marcus) Pollasky, Fulton (Berry), (Thomas) Hughes, (Gerald) Osmun, en (O.D.) Baron. De stad, “Clovis” genoemd naar Clovis Station door Pollasky, werd aangelegd op wat oorspronkelijk Owen’s land was.
De spoorweg werd voltooid tot aan de stad Hamptonville (nu Friant) aan de oevers van de San Joaquin River, slechts 26 mijl (42 km) van het beginpunt in Fresno. Uit de oprichtingsakte van de San Joaquin Valley Railroad blijkt dat het bedrijf van plan was 100 mijl spoor aan te leggen, inclusief zijsporen en sporen, door het landbouwgebied ten oosten van Fresno, en dan noordwaarts naar de hout- en mineraalvoorraden van de uitlopers van de Sierra. In die tijd heette Hamptonville “Pollasky”. Op de woensdag voor Thanksgiving van 1891 werd bij het eindpunt Pollasky de voltooiing van de aanleg van het spoor gevierd, waarbij naar verluidt 3.000 Fresnanen aanwezig waren. De spoorweg werd officieel in gebruik genomen in januari 1892.
Het eerste jaar dat de spoorweg in gebruik was, viel samen met het begin van een diepe nationale economische teruggang. Boeren konden geen winstgevend rendement halen uit hun oogsten, banken en spoorwegen gingen in het hele land failliet. De SJVRR was niet in staat voldoende inkomsten te genereren om zijn schuld af te betalen, werd verhuurd aan de Southern Pacific Railroad en vervolgens in 1893 opgekocht door de SPRR. Door de dienstregeling van de spoorweg te verkorten en de kosten te drukken, kon de Southern Pacific in de eerste jaren na de overname een kleine winst boeken.
Terzelfdertijd dat de spoorweg werd gepland, begon een groep houthakkers uit Michigan duizenden hectaren hout te verwerven in de Sierra Nevada, ongeveer 75 mijl ten noordoosten van Fresno. Er werd een dam gebouwd over Stevenson Creek om een meer te creëren dat hen in staat zou stellen vers gekapt hout naar een molen naast het meer te vervoeren. Vervolgens werd een 68 km lange, 7,6 m hoge V-vormige waterloop aangelegd die aan de voet van de dam begon. Het hout dat in de fabriek werd gezaagd, werd in de waterloop geladen en over het water naar een schaverij ten oosten van het spoorwegstation van Clovis gebracht, waar nu de Clovis Rodeo en de Clark Intermediate School staan. De timmerfabriek en de werf hadden hun eigen netwerk van rails om het timmerhout rond de werf te vervoeren en om verbinding te maken met de SJVRR net ten zuiden van het station van Clovis.
De voltooiing in 1894 van de houtgoot en het begin van de molenactiviteiten vormden de aanzet tot de verdere ontwikkeling van het gebied rond het station van Clovis. De stad begon vorm te krijgen toen werknemers van de houthandel huizen gingen bouwen in de buurt van hun werk. Dienstverlenende bedrijven, kerken en scholen werden noodzakelijk, en de stad was begonnen. Het eerste postkantoor van Clovis opende in 1895. In een krantenartikel uit 1896 wordt de stad beschreven als een stad met bijna 500 inwoners.
Clovis werd in februari 1912 als stad ingelijfd. De belangrijkste straten in het centrum van de stad werden genoemd naar de officieren van de spoorlijn. Fulton Street werd later Front Street genoemd, daarna Main Street, en is nu Clovis Avenue.
De houtfabriek brandde in 1914 af en werd niet herbouwd. Op het terrein bevinden zich nu de Clark Intermediate School en de Clovis Rodeo Grounds. Clovis heeft een lange geschiedenis als westernstad die bekend staat om zijn slogan: “Clovis – A Way of Life”. Sinds 1914 wordt de Clovis Rodeo gehouden in het laatste weekend van april, met een parade op zaterdagochtend, gevolgd door de rodeo die namiddag en de hele dag op zondag. Ook bijdragen aan de “Clovis way of life” zijn een aantal straatfestivals, waaronder Big Hat Days, ClovisFest, en de wekelijkse vrijdagavond boerenmarkt die elk jaar tussen half mei en half september wordt gehouden.
De laatst overgebleven structuur die door de spoorweg is gebouwd, is een depot dat zich nu vlakbij de plaats van het oorspronkelijke Clovis Station bevindt. Op de vroegste foto’s, van omstreeks 1910, is het depot te zien voor de Tarpey-wijnmakerij ten zuiden van de kruising van Ashlan en Clovis Avenues. In 1999 werd het verplaatst naar zijn huidige locatie in het centrum van de stad, op de noordoostelijke hoek van Clovis Avenue en Fourth Street, en gerestaureerd door de Clovis Big Dry Creek Historical Society met financiering, arbeid en materialen gedoneerd door lokale bedrijven en aannemers.
Marcus Pollasky was een advocaat, geboren in Michigan, wonend in Chicago vlak voordat hij naar Fresno kwam. Gedurende zijn leven probeerde hij verschillende projecten te realiseren die leken op de SJVRR, waaronder projecten in Eureka, Californië, Virginia, Michigan, en Oklahoma. Slechts enkele werden ooit gebouwd. In 1896 klaagde Pollasky Collis P. Huntington aan in de rechtbank van Los Angeles voor het geld dat hij verloren had in Fresno, “terwijl hij betrokken was in een joint venture met de beklaagde, Huntington”. Er is lang gespeculeerd dat Pollasky een agent was van de Southern Pacific, en deze “joint venture” rechtszaak lijkt dat punt te bewijzen.
Vele gebouwen in de stadskern zijn gerenoveerd. Oudere winkelpuien op Clovis Avenue, de hoofdstraat die door de stad loopt, zijn gerestaureerd en nieuwe gebouwen zijn ontworpen met gevels die lijken op die uit het begin van de 20e eeuw. Het historische centrum is herboren als “Old Town Clovis”.