Dne 18. dubna 1942 byl MacArthur jmenován vrchním velitelem spojeneckých sil v jihozápadní části Tichomoří (SWPA). Velitelem spojeneckých vzdušných sil se stal generálporučík George Brett a velitelem spojeneckých námořních sil viceadmirál Herbert F. Leary (ačkoli ani jednoho z těchto mužů si MacArthur nevybral). Protože většinu pozemních sil v divadle tvořili Australané, trval generál Marshall na tom, aby byl velitelem spojeneckých pozemních sil jmenován Australan, a tuto funkci získal generál sir Thomas Blamey. Ačkoli převažovali Australané a Američané, MacArthurovo velení zahrnovalo také malý počet příslušníků z Nizozemské východní Indie, Spojeného království a dalších zemí. MacArthur navázal blízký vztah s australským premiérem Johnem Curtinem, ačkoli mnozí Australané MacArthura nesli s nelibostí jako cizího generála, který jim byl vnucen.
Štáb MacArthurova generálního štábu (GHQ) byl vybudován kolem jádra, které s ním uprchlo z Filipín a které se stalo známým jako „bataanská parta“. Ačkoli Roosevelt a generál Marshall tlačili na to, aby do GHQ byli přiděleni holandští a australští důstojníci, vedoucími všech štábních oddělení byli Američané a pod nimi sloužili takoví důstojníci jiných národností, kteří byli přiděleni. GHQ původně sídlilo v Melbourne, ale v červenci bylo přesunuto do Brisbane, protože Brisbane bylo nejsevernější město v Austrálii s potřebným komunikačním zázemím. GHQ obsadilo budovu Australian Mutual Provident Society (po válce přejmenovanou na MacArthur Chambers). MacArthurova kancelář a Willoughbyho sekce G-2 se nacházely v 8. patře (nyní MacArthurovo muzeum), zatímco ostatní štábní sekce obsadily čtyři patra pod ním.
MacArthur vytvořil vlastní organizaci signálového zpravodajství, známou jako Central Bureau, z australských zpravodajských jednotek a amerických kryptoanalytiků, kteří uprchli z Filipín; tato jednotka předávala Willoughbymu informace Ultra k analýze. Poté, co tisková depeše odhalila podrobnosti o soustředění japonského námořnictva v Rabaulu během bitvy o Korálové moře, nařídil prezident Roosevelt zavést v Austrálii cenzuru. Poradní válečný sbor následně udělil GHQ cenzurní pravomoc nad australským tiskem. Australské noviny byly od této chvíle omezeny na zprávy uvedené v denním komuniké GHQ. Veteránští zpravodajové je považovali za „naprostou frašku“ a charakterizovali je jako „informace z říše divů podávané na vysoké úrovni“.
Papuánská kampaňEdit
V očekávání, že Japonci znovu udeří na Port Moresby, byla posádka posílena a MacArthur nařídil zřízení nových základen v Merauke a Milne Bay, které měly krýt její boky. Bitva u Midway v červnu 1942 vedla k plánům využít tohoto vítězství omezenou ofenzivou v Pacifiku. MacArthurův návrh na útok na hlavní japonskou základnu v Rabaulu se setkal s námitkami amerického námořnictva, které upřednostňovalo méně ambiciózní přístup a mělo námitky proti tomu, aby armádní generál velel tomu, co by bylo obojživelnou operací. Výsledný kompromis počítal s třífázovým postupem, přičemž první fázi, obsazení oblasti Tulagi, mělo provést velitelství tichomořských oblastí pod velením admirála Chestera W. Nimitze. Pozdější etapy by provedl MacArthur jako vrchní spojenecký velitel oblasti jihozápadního Pacifiku.
Japonci udeřili jako první, v červenci se vylodili u Buny a v srpnu u Milne Bay. Australané brzy porazili Japonce v Milne Bay, ale série porážek v kampani na Kokoda Track působila depresivně zpět v Austrálii. Dne 30. srpna MacArthur vysílačkou oznámil Washingtonu, že pokud nebudou podniknuty žádné kroky, budou síly na Nové Guineji přemoženy. Po nasazení všech dostupných australských jednotek se MacArthur rozhodl vyslat americké vojáky. K provedení obchvatného manévru byla vybrána 32. pěší divize, špatně vycvičená divize Národní gardy Spojených států. Řada trapných amerických neúspěchů v bitvě u Buna-Gony vedla k otevřené kritice amerických jednotek ze strany Blameyho a dalších Australanů. MacArthur vyslal generálporučíka Roberta L. Eichelbergera, aby „Bunu dobyl, nebo se nevrátil živý“. MacArthur 6. listopadu 1942 přesunul předsunuté velitelství do Port Moresby. Buna nakonec padla 3. ledna 1943. MacArthur udělil dvanácti důstojníkům Záslužný kříž za „precizní provedení operace“. Toto použití druhého nejvyššího vyznamenání v zemi vzbudilo jistou nelibost, protože zatímco někteří, jako Eichelberger a generálmajor George Alan Vasey, bojovali v poli, jiní, jako Sutherland a Willoughby, nikoli. MacArthur za to obdržel svou třetí medaili za zásluhy a australská vláda ho jmenovala čestným rytířem Velkého kříže Řádu lázně.
MacArthur neměl velkou důvěru v Brettovy schopnosti ve funkci velitele spojeneckých leteckých sil SWPA a v srpnu 1942 vybral na jeho místo generálmajora George C. Kenneyho. Kenneyho nasazení letecké síly na podporu Blameyho pozemních sil se mělo brzy ukázat jako rozhodující pro Blameyho vítězství v bitvě u Wau. V září 1942 nahradil viceadmirála Learyho ve funkci velitele spojeneckých námořních sil SWPA viceadmirál Arthur S. Carpender. V té době se MacArthurovy námořní síly (běžně označované jako MacArthurovo námořnictvo) skládaly pouze z 5 křižníků, 8 torpédoborců, 20 ponorek a 7 malých plavidel. Tato flotila se 15. března 1943 před operací Cartwheel stala Sedmou flotilou.
Operace CartwheelEdit
Na tichomořské vojenské konferenci v březnu 1943 schválil sbor náčelníků štábů plán generála MacArthura na operaci Cartwheel, postup na Rabaul. Vzhledem k nedostatku zdrojů, zejména těžkých bombardovacích letadel, byla závěrečná fáze plánu, dobytí samotného Rabaulu, odložena na rok 1944. MacArthur svou strategii vysvětlil:
Moje strategická koncepce pro pacifické divadlo, kterou jsem nastínil po papuánské kampani a kterou od té doby důsledně prosazuji, počítá s masivními údery pouze proti hlavním strategickým cílům s využitím překvapení a úderné síly vzduch-země podporované a asistované loďstvem. To je pravý opak toho, čemu se říká „hopsání po ostrovech“, což je postupné zatlačování nepřítele přímým frontálním tlakem s následnými těžkými ztrátami, které s tím jistě budou spojeny. Klíčové body musí být samozřejmě obsazeny, ale jejich moudrá volba vyloučí nutnost šturmování masy ostrovů, které má nyní nepřítel v držení. „Hopsání po ostrovech“ s extravagantními ztrátami a pomalým postupem… není moje představa o tom, jak ukončit válku co nejdříve a co nejlevněji. Nové podmínky vyžadují pro řešení a nové zbraně vyžadují pro maximální uplatnění nové a nápadité metody. Války se nikdy nevyhrávají v minulosti.
Šesté armádní velitelství generálporučíka Waltera Kruegera dorazilo do SWPA počátkem roku 1943, ale MacArthur měl k dispozici pouze tři americké divize a ty byly unavené a vyčerpané z bojů u Buny a Guadalcanalu. V důsledku toho „bylo zřejmé, že jakoukoli vojenskou ofenzívu v jihozápadním Pacifiku v roce 1943 bude muset provádět hlavně australská armáda.“
Na Nové Guineji, v zemi bez silnic, by se rozsáhlá přeprava mužů a materiálu musela uskutečnit pomocí letadel nebo lodí. K vyřešení tohoto problému byl použit vícestupňový přístup. Rozebraná vyloďovací plavidla byla odeslána do Austrálie, kde byla smontována v Cairns. Dosah těchto malých vyloďovacích plavidel měly výrazně rozšířit vyloďovací lodě VII. obojživelných sil kontraadmirála Daniela E. Barbeyho, které začaly připlouvat koncem roku 1942. Barbeyho síly tvořily součást Carpenderovy nově zformované Sedmé flotily. Carpender podléhal MacArthurovi jako vrchnímu spojeneckému veliteli SWPA, ale admirálu Ernestu Kingovi jako veliteli Sedmé flotily, která byla součástí Kingovy flotily Spojených států. Protože Sedmá flotila neměla žádné letadlové lodě, byl dosah námořních operací SWPA omezen dosahem stíhacích letounů Páté letecké armády. Přestože koncem roku 1942 dorazilo do SWPA několik dálkových stíhaček P-38 Lightning, další dodávky byly pozastaveny kvůli požadavkům operace Torch.
Hlavní ofenzíva začala vyloděním australské 9. divize generálmajora George Woottena a 2. ženijní speciální brigády u Lae 4. září 1943. Následujícího dne MacArthur sledoval z B-17 kroužícího nad hlavou výsadek u Nadzabu, který provedli parašutisté 503. výsadkové pěší divize. B-17 absolvoval cestu na tři motory, protože jeden z nich selhal brzy po opuštění Port Moresby, ale MacArthur trval na tom, aby letěl dál do Nadzabu. Za to byl MacArthur vyznamenán Leteckou medailí.
Vaseyho australská 7. divize a Wootenova 9. divize se sblížily na Lae, které padlo 16. září. MacArthur posunul svůj rozvrh a nařídil 7. divizi dobýt Kaiapit a Dumpu, zatímco 9. divize podnikla obojživelný útok na Finschhafen. Zde se ofenzíva zadrhla. Část problému spočívala v tom, že MacArthur založil své rozhodnutí zaútočit na Finschhafen na Willoughbyho odhadu, že ve Finschhafenu je pouze 350 japonských obránců, zatímco ve skutečnosti jich bylo téměř 5000. Následovala zuřivá bitva.
Začátkem listopadu byl MacArthurův plán postupu na západ podél pobřeží Nové Guineje na Filipíny začleněn do plánů války proti Japonsku schválených na konferenci v Káhiře. O tři měsíce později letci nehlásili žádné známky nepřátelské aktivity na Admiralitních ostrovech. Přestože jeho zpravodajský štáb nesouhlasil s tím, že ostrovy byly evakuovány, MacArthur nařídil obojživelné vylodění na ostrově Los Negros, což znamenalo začátek kampaně na Admiralitních ostrovech. MacArthur doprovázel útočné síly na palubě USS Phoenix, vlajkové lodi viceadmirála Thomase C. Kinkaida, který nedávno nahradil Carpendera ve funkci velitele Sedmé flotily. MacArthur, který s Kinkaidem vystoupil na břeh pouhých sedm hodin po první vlně vyloďovacích plavidel, byl za své činy v této kampani vyznamenán Bronzovou hvězdou. Po šesti týdnech urputných bojů 1. jízdní divize ostrovy dobyla; kampaň oficiálně skončila 18. května 1944.
MacArthur nyní obešel japonské síly v Hansa Bay a Wewaku a zaútočil na Hollandii a Aitape, které Willoughby hlásil jako slabě bráněné. Přestože byly mimo dosah stíhaček Páté letecké armády umístěných v údolí Ramu, načasování operace umožnilo letadlovým lodím Tichomořské flotily poskytnout leteckou podporu. Ačkoli byla operace riskantní, ukázala se jako skvělý úspěch. MacArthur vyvedl Japonce z rovnováhy a odřízl japonskou XVIII. armádu generálporučíka Hatazō Adachiho v oblasti Wewaku. Protože Japonci útok nečekali, byla posádka slabá a spojenecké ztráty byly odpovídajícím způsobem malé. Ukázalo se však, že terén je pro vybudování letecké základny méně vhodný, než se původně předpokládalo, což MacArthura donutilo hledat vhodnější místa dále na západ. Navíc, i když obchvat japonských sil měl velké taktické přednosti, měl vážnou strategickou nevýhodu v podobě vázání velkého počtu spojeneckých jednotek za účelem jejich zadržení, a Adachi zdaleka nebylo poraženo. V bitvě u řeky Driniumor měl vyvolat „nejkrvavější a strategicky nejzbytečnější bitvu novoguinejského tažení“
.