Jackson byl draftován ve druhém kole (celkově 37.) draftu NBA v roce 1997 týmem Golden State Warriors. Protože se dostal až do druhého kola, rozhodl se Jackson začít svou profesionální kariéru v Evropě, aby si vydělal více peněz na podporu své matky a mladšího bratra a lépe rozvinul své schopnosti před vstupem do NBA. Tři roky strávil v zámoří, kde hrál za Tofaş Bursa (Turecko), Lobos Caja Cantabria (Španělsko) a Cantabria Lobos (Španělsko), než se vrátil do USA a v roce 2000 debutoval v týmu Warriors.
Jackson se v týmu Warriors okamžitě prosadil, vedl všechny nováčky v počtu bodů a doskoků a zároveň se držel blízko špičky v procentech střelby z pole a trestných hodů. Byl jmenován do All-Rookie týmu a skončil třetí v hlasování o nováčka roku. Jako omezený volný hráč podepsal Jackson na konci sezony šestiletou smlouvu s nabídkou 24,375 milionu dolarů s Houston Rockets, kterou Warriors dorovnali. Navzdory Jacksonovým úspěchům uvízl v tabulce Golden State za Adonalem Foylem, Dannym Fortsonem a Erickem Dampierem a vyjádřil svou nespokojenost s tím, že vedení Warriors nabídku dorovnalo, místo aby mu umožnilo získat více herního času jinde.
V roce 2002, v době uzávěrky přestupů v NBA, Warriors vyměnili Jacksona do Minnesoty Timberwolves, kde měl hrát po boku Kevina Garnetta. Dne 23. července 2003 byl v rámci čtyřčlenné dohody vyměněn do své rodné Philadelphie 76ers. V první sezóně ve Philadelphii vynechal kvůli zranění 57 zápasů, ale v následujícím ročníku se vrátil a vedl tým v počtu doskoků a byl druhý v počtu bodů, čímž pomohl Sixers k návratu do play-off. Během svého působení ve Philadelphii rozdělil čas mezi pozice centra a power forwarda.
Dne 9. srpna 2005 byl Jackson vyměněn do New Jersey Nets poté, co padla dohoda o příchodu Shareefa Abdur-Rahima z Portlandu Trail Blazers do Nets. Před uzávěrkou přestupů v sezóně 2005/06 ho Nets vyměnili do New Orleans Hornets. V roce 2007 podepsal smlouvu s řeckým ligovým týmem Olympiakos, ale byl propuštěn poté, co nezapadl do systému nového trenéra týmu Panagiotise Giannakise. V srpnu 2008 podepsal Jackson smlouvu s UNICS Kazaň z ruské Superligy a krátce poté, co v roce 2009 podepsal smlouvu s Obradoiro CAB, oznámil svůj odchod do důchodu.