Jackson a fost recrutat în turul al doilea (locul 37 în total) al draftului NBA din 1997 de către Golden State Warriors. Pentru că a căzut în runda a doua, Jackson a ales să își înceapă cariera profesionistă în Europa pentru a face mai mulți bani pentru a-și întreține mama și fratele mai mic și pentru a-și dezvolta mai bine abilitățile înainte de a intra în NBA. El a petrecut trei ani în străinătate, jucând pentru Tofaș Bursa (Turcia), Lobos Caja Cantabria (Spania) și Cantabria Lobos (Spania), înainte de a se întoarce în SUA și de a debuta pentru Warriors în 2000.
Jackson a avut un impact imediat pentru Warriors, conducând toți debutanții la puncte și recuperări, rămânând în același timp aproape de vârful listei în ceea ce privește procentajele la aruncările din acțiune și la aruncările libere. El a fost numit în echipa All-Rookie și a terminat pe locul trei în votul pentru Rookie of the Year. În calitate de jucător liber de contract la sfârșitul sezonului, Jackson a semnat o ofertă de șase ani și 24,375 milioane de dolari cu Houston Rockets, pe care Warriors a egalat-o. În ciuda succesului lui Jackson, el a fost blocat în spatele lui Adonal Foyle, Danny Fortson și Erick Dampier pe tabela de profunzime a lui Golden State, și și-a exprimat nemulțumirea față de faptul că biroul de conducere al Warriors a egalat oferta, în loc să-i permită să obțină mai mult timp de joc în altă parte.
La termenul limită de tranzacționare din NBA din 2002, Warriors l-a transferat pe Jackson la Minnesota Timberwolves, pentru a juca alături de Kevin Garnett. La 23 iulie 2003, el a fost transferat la Philadelphia 76ers, orașul său natal, într-o tranzacție cu patru echipe. A ratat 57 de meciuri din cauza unei accidentări în primul sezon în Philadelphia, dar și-a revenit în anul următor, conducând echipa la recuperări și fiind al doilea la puncte, pentru a-i ajuta pe Sixers să revină în playoff. În timpul petrecut la Philadelphia, el a împărțit timpul între posturile de Center și Power Forward.
La 9 august 2005, Jackson a fost transferat la New Jersey Nets, după ce o înțelegere pentru aducerea lui Shareef Abdur-Rahim de la Portland Trail Blazers la Nets a eșuat. Înainte de termenul limită de tranzacționare 2005-06, el a fost cedat de Nets la New Orleans Hornets. În 2007, a semnat cu echipa Olympiacos din liga greacă, dar a fost eliberat după ce nu s-a încadrat în sistemul noului antrenor al echipei, Panagiotis Giannakis. În august, 2008, Jackson a semnat cu UNICS Kazan din Superliga rusă, iar în 2009 și-a anunțat retragerea la scurt timp după ce a semnat cu Obradoiro CAB.
.