Jackson blev udtaget i anden runde (37. samlede) af NBA-draften i 1997 af Golden State Warriors. Fordi han faldt til anden runde, valgte Jackson at begynde sin professionelle karriere i Europa for at tjene flere penge til at forsørge sin mor og lillebror og bedre udvikle sine færdigheder, før han kom ind i NBA. Han tilbragte tre år i udlandet og spillede for Tofaş Bursa (Tyrkiet), Lobos Caja Cantabria (Spanien) og Cantabria Lobos (Spanien), inden han vendte tilbage til USA og debuterede for Warriors i 2000.
Jackson gjorde øjeblikkelig indtryk for Warriors og førte alle rookies i point og rebounds, mens han holdt sig i nærheden af toppen af listen i field goal- og frikastprocenter. Han blev udnævnt til All-Rookie-holdet og sluttede på tredjepladsen i afstemningen om Årets Rookie. Som restricted free agent i slutningen af sæsonen underskrev Jackson et seksårigt tilbud på 24,375 millioner dollars hos Houston Rockets, som Warriors matchede. Trods Jacksons succes sad han fast bag Adonal Foyle, Danny Fortson og Erick Dampier på Golden States dybdeplan, og han gav udtryk for sin utilfredshed med, at Warriors’ front office matchede tilbuddet i stedet for at give ham mulighed for at få mere spilletid et andet sted.
På NBA-handelsfristen i 2002 byttede Warriors Jackson til Minnesota Timberwolves, hvor han skulle spille sammen med Kevin Garnett. Den 23. juli 2003 blev han handlet til sin hjemby Philadelphia 76ers i en fireholdshandel. Han gik glip af 57 kampe på grund af en skade i sin første sæson i Philadelphia, men kom tilbage året efter, hvor han førte holdet i rebounds og var nummer to i point, hvilket hjalp Sixers med at vende tilbage til slutspillet. I sin tid i Philadelphia delte han tiden mellem center- og powerforward-positionerne.
Den 9. august 2005 blev Jackson handlet til New Jersey Nets, efter at en aftale om at hente Shareef Abdur-Rahim fra Portland Trail Blazers til Nets faldt til jorden. Inden trade deadline i 2005-06 blev han handlet af Nets til New Orleans Hornets. I 2007 skrev han under med det græske ligahold Olympiacos, men blev fyret efter ikke at have passet ind i systemet hos holdets nye træner, Panagiotis Giannakis. I august 2008 blev Jackson hyret af UNICS Kazan fra den russiske superliga, og han meddelte sin pensionering kort efter at have skrevet under for Obradoiro CAB i 2009.