Marie se narodila 8. prosince 1542 v Linlithgowském paláci v Západním Lothianu a stala se skotskou královnou, když jí bylo šest dní.
Její nároky na anglický trůn byly téměř stejně silné jako její nároky na skotský trůn. Jako pravnučka Jindřicha VII. anglického byla Marie po dětech Jindřicha VIII. další v pořadí na anglický trůn.
Vzhledem k jejímu mládí a pohlaví se skotská šlechta rozhodla, že musí s Anglií uzavřít mír, a dohodla se, že se provdá za syna Jindřicha VIII, budoucího Eduarda VI.
Sotva však byla smlouva dojednána, katolíci, kteří byli proti tomuto plánu, odvezli mladou Marii na hrad Stirling a k Jindřichově zlosti sňatek zrušili a raději se vrátili k tradičnímu spojenectví Skotska s Francií.
Jindřich poté nařídil divokou sérii nájezdů do Skotska známou jako „Drsné námluvy“. Jeho vojsko zapálilo opatství Holyroodhouse, kde byl pohřben Jakub V., vypálilo úrodu v údolí Tweed a zapálilo pohraniční opatství Melrose, Jedburgh a Dryburgh.
Neodolali a v roce 1548 zasnoubili Skotové Marii s dědicem francouzského krále Jindřicha II. dauphinem Františkem a poslali ji na výchovu na francouzský dvůr. Říká se, že v té době se pravopis královského rodového jména Stewart změnil na Stuart, aby vyhovoval francouzskému konvenčnímu pravopisu.
Vysoká, půvabná a pohotová Marie se za dauphina provdala 24. dubna 1558 v Paříži. V roce 1559 nastoupil na trůn po svém otci, čímž se Marie stala královnou Francie i Skotska, ale jeho vláda byla krátká, neboť v roce 1560 zemřel na zánět ucha.
Následujícího roku se Marie navzdory varování svých přátel rozhodla vrátit do Skotska, které se po náboženských reformách vedených Johnem Knoxem stalo oficiálně protestantskou zemí.
Marie byla římská katolička, ale její nevlastní bratr lord James Stewart, pozdější hrabě z Moray, ji ujistil, že jí bude dovoleno uctívat náboženství podle jejího přání, a tak se v srpnu 1561 vrátila a její protestantští poddaní ji nečekaně vřele přivítali.
Marie zpočátku vládla úspěšně a umírněně, radil jí lord James a William Maitland z Lethingtonu, rafinovaný diplomat. Její sňatek v roce 1565 s bratrancem z druhého kolena Jindřichem, lordem Darnleyem (pravnukem Jindřicha VII.), však odstartoval sérii tragických událostí, které ještě zhoršila frakční skotská šlechta.
Spoiler a malicherný Darnley se stal nástrojem Mariiných nepřátel a se skupinou spiklenců vtrhl do její večeřadla, ohrožoval těžce těhotnou královnu a 9. března 1566 v paláci Holyroodhouse zavraždil jejího tajemníka Davida Riccia.
Narození Mariina a Darnleyho syna Jamese v létě téhož roku nijak nezlepšilo jejich vztahy, a když byl Darnley 10. února 1567 zavražděn v Kirk o’Field, těsně za hradbami Edinburghu, lidé ji podezřívali, že je do zločinu zapletena.
Její následný sňatek o tři měsíce později s hrabětem z Bothwellu (obecně považovaným za hlavního vraha) jí přinesl nevyhnutelnou zkázu. Protestantští lordi proti ní povstali a její armáda se 15. června 1567 střetla s jejich vojskem na Carberry Hill nedaleko Edinburghu.
Poddala se, byla uvězněna na hradě Lochleven v Kinross-shire a donucena abdikovat ve prospěch svého malého syna. Bothwell uprchl do Skandinávie, kde byl zatčen a vězněn až do své smrti.
Mary utekla z Lochlevenu v roce 1568, aby byla 13. května poražena v bitvě u Langside poblíž Glasgow. Na útěku na jih hledala útočiště v Anglii v domnění, že královna Alžběta I. podpoří její věc, ale místo toho byla 19 let držena v anglickém zajetí.
Soustředění dlouhé řady římskokatolických spiknutí proti Alžbětě, které vyvrcholilo Babingtonovým spiknutím s cílem zavraždit anglickou královnu, vedlo k tomu, že Alžbětini ministři požadovali Mariinu popravu: „dokud je v ní život, je naděje; tak jako oni žijí v naději, my žijeme ve strachu“.
Marie byla nakonec popravena na hradě Fotheringhay v Northamptonshire 8. února 1587 ve věku 44 let.
Byla pohřbena v katedrále v Peterborough, ale v roce 1612 nechal její syn Jakub VI. a I. její tělo exhumovat a uložit do hrobky kaple krále Jindřicha VII. ve Westminsterském opatství.