Od roku 1900 vyhynulo v Severní Americe více než 123 druhů sladkovodních živočichů. Ze severoamerických sladkovodních druhů je odhadem 48,5 % mlžů, 22,8 % plžů, 32,7 % raků, 25,9 % obojživelníků a 21,2 % ryb ohroženo nebo ohroženo. Míra vymírání mnoha druhů se může v příštím století výrazně zvýšit v důsledku invazních druhů, ztráty klíčových druhů a druhů, které již funkčně vymřely (např. druhy, které se nerozmnožují). I při použití konzervativních odhadů je míra vymírání sladkovodních ryb v Severní Americe 877krát vyšší než míra vymírání v pozadí (1 za 3 000 000 let). Předpokládaná míra vymírání sladkovodních živočichů je přibližně pětkrát vyšší než u suchozemských živočichů a je srovnatelná s mírou vymírání společenstev deštných pralesů. Vzhledem k neutěšenému stavu sladkovodní biodiverzity tým vědců a odborníků z celého světa nedávno vypracoval akční plán pro mimořádné situace, jehož cílem je pokusit se obnovit sladkovodní biodiverzitu.
BioSoučasné techniky biomonitoringu sladkých vod se zaměřují především na strukturu společenstev, ale některé programy měří i funkční ukazatele, jako je biochemická (nebo biologická) spotřeba kyslíku, spotřeba kyslíku v sedimentech a rozpuštěný kyslík. Struktura společenstva bezobratlých se běžně monitoruje kvůli rozmanité taxonomii, snadnému sběru, citlivosti na řadu stresorů a celkové hodnotě pro ekosystém. Kromě toho se v programech biomonitoringu měří struktura společenstva řas (často pomocí diatomů). Řasy jsou rovněž taxonomicky rozmanité, snadno se sbírají, jsou citlivé na řadu stresorů a celkově cenné pro ekosystém. Řasy rostou velmi rychle a jejich společenstva mohou reprezentovat rychlé změny podmínek prostředí.
Kromě struktury společenstev se reakce na sladkovodní stresory zkoumají experimentálními studiemi, které měří změny chování organismů, změněnou rychlost růstu, reprodukce nebo mortality. Výsledky experimentů na jednotlivých druzích v kontrolovaných podmínkách nemusí vždy odrážet přírodní podmínky a vícedruhová společenstva.
Při definování idealizovaného „zdraví“ sladkovodního ekosystému se běžně používají referenční lokality. Referenční lokality lze vybírat prostorově tak, že se vyberou místa s minimálními dopady lidského rušení a vlivu. Referenční podmínky však lze stanovit i časově pomocí dochovaných indikátorů, jako jsou chlopně diatomů, pyl makrofyt, chitin hmyzu a rybí šupiny, které lze použít k určení podmínek před rozsáhlým narušením člověkem. Tyto časové referenční podmínky je často snazší rekonstruovat ve stojatých vodách než ve vodách pohyblivých, protože stabilní sedimenty mohou lépe uchovat biologický indikátorový materiál.