Över 123 arter av sötvattenfauna har dött ut i Nordamerika sedan 1900. Av de nordamerikanska sötvattensarterna beräknas 48,5 % av musslorna, 22,8 % av snäckorna, 32,7 % av kräftorna, 25,9 % av amfibierna och 21,2 % av fiskarna vara antingen utrotningshotade eller hotade. Utrotningsgraden för många arter kan komma att öka kraftigt under nästa århundrade på grund av invasiva arter, förlust av nyckelarter och arter som redan är funktionellt utdöda (t.ex. arter som inte reproducerar sig). Även om man använder försiktiga uppskattningar är utdöendet av sötvattensfiskar i Nordamerika 877 gånger högre än bakgrundsutdöendet (1 på 3 000 000 år). Den beräknade utrotningsfrekvensen för sötvattensdjur är cirka fem gånger högre än för landlevande djur och är jämförbar med frekvensen för regnskogssamhällen. Med tanke på det allvarliga tillståndet för den biologiska mångfalden i sötvatten har en grupp forskare och praktiker från hela världen nyligen utarbetat en handlingsplan för att försöka återställa den biologiska mångfalden i sötvatten.
BioSvenska tekniker för biologisk övervakning av sötvatten fokuserar främst på samhällets struktur, men vissa program mäter funktionella indikatorer som biokemiskt (eller biologiskt) syrebehov, syrebehov i sediment och löst syre. Makroinvertebraternas samhällsstruktur övervakas vanligen på grund av den mångsidiga taxonomin, att de är lätta att samla in, att de är känsliga för en rad olika stressfaktorer och att de har ett allmänt värde för ekosystemet. Dessutom mäts algsamhällets struktur (ofta med hjälp av kiselalger) i program för biologisk övervakning. Alger är också taxonomiskt varierande, lätta att samla in, känsliga för en rad olika stressfaktorer och totalt sett värdefulla för ekosystemet. Alger växer mycket snabbt och samhällen kan representera snabba förändringar i miljöförhållandena.
Förutom samhällets struktur undersöks reaktioner på stressfaktorer i sötvatten genom experimentella studier som mäter förändringar i organismernas beteende, förändrad tillväxt, reproduktion eller dödlighet. Experimentella resultat på enskilda arter under kontrollerade förhållanden återspeglar inte alltid naturliga förhållanden och samhällen med flera arter.
Användningen av referensplatser är vanlig när man definierar den idealiserade ”hälsan” hos ett sötvattensekosystem. Referensplatser kan väljas ut rumsligt genom att välja platser med minimal påverkan från mänsklig störning och påverkan. Referensförhållanden kan dock också fastställas tidsmässigt genom att använda bevarade indikatorer, t.ex. kiselalgsventiler, pollen från makrofyter, insektskitin och fiskfjäll, som kan användas för att fastställa förhållandena före storskaliga mänskliga störningar. Dessa tidsmässiga referensförhållanden är ofta lättare att rekonstruera i stillastående vatten än i rörligt vatten eftersom stabila sediment bättre kan bevara biologiska indikatormaterial.