Yli 123 makean veden eläinlajia on kuollut sukupuuttoon Pohjois-Amerikassa vuoden 1900 jälkeen. Pohjois-Amerikan makean veden lajeista arviolta 48,5 % simpukoista, 22,8 % gastropodeista, 32,7 % rapuista, 25,9 % sammakkoeläimistä ja 21,2 % kaloista on joko uhanalaisia tai vaarantuneita. Monien lajien sukupuuttoon kuoleminen voi lisääntyä huomattavasti ensi vuosisadalla vieraslajien, keskeisten lajien häviämisen ja toiminnallisesti jo sukupuuttoon kuolleiden lajien (esim. lajien, jotka eivät lisäänny) vuoksi. Jopa varovaisia arvioita käytettäessä makean veden kalojen sukupuutto Pohjois-Amerikassa on 877 kertaa suurempi kuin tausta-arvojen mukainen sukupuutto (1 laji 3 000 000 vuodessa). Makean veden eläinten ennustettu sukupuutto on noin viisi kertaa suurempi kuin maaeläinten, ja se on verrattavissa sademetsäyhteisöjen sukupuuttoihin. Koska makean veden biologisen monimuotoisuuden tila on surkea, ryhmä tutkijoita ja ammattilaisia eri puolilta maailmaa laati hiljattain hätätoimintasuunnitelman makean veden biologisen monimuotoisuuden palauttamiseksi.
BioNykymuotoiset makean veden biomonitorointitekniikat keskittyvät ensisijaisesti yhteisön rakenteeseen, mutta joissakin ohjelmissa mitataan toiminnallisia indikaattoreita, kuten biokemiallista (tai biologista) hapenkulutusta, sedimentin hapenkulutusta ja liuennutta happea. Makroselkärangattomien yhteisörakennetta seurataan yleisesti niiden monipuolisen taksonomian, helpon keräilyn, herkkyyden monille stressitekijöille ja yleisen ekosysteemiarvon vuoksi. Lisäksi biomonitorointiohjelmissa mitataan leväyhteisön rakennetta (usein diatomien avulla). Levät ovat myös taksonomisesti monimuotoisia, niitä on helppo kerätä, ne ovat herkkiä monille stressitekijöille ja kaiken kaikkiaan arvokkaita ekosysteemille. Levät kasvavat hyvin nopeasti, ja yhteisöt voivat edustaa ympäristöolosuhteiden nopeita muutoksia.
Yhteisöjen rakenteen lisäksi reaktioita makean veden stressitekijöihin tutkitaan kokeellisilla tutkimuksilla, joissa mitataan eliöiden käyttäytymismuutoksia, muuttunutta kasvunopeutta, lisääntymisnopeutta tai kuolleisuutta. Yksittäisiä lajeja kontrolloiduissa olosuhteissa koskevat kokeelliset tulokset eivät välttämättä aina vastaa luonnollisia olosuhteita ja monilajisia yhteisöjä.
Vertailukohteiden käyttö on yleistä määriteltäessä makean veden ekosysteemin ihanteellista ”terveyttä”. Vertailupaikat voidaan valita alueellisesti valitsemalla paikkoja, joissa ihmisen häiriöiden ja vaikutusten vaikutukset ovat mahdollisimman vähäiset. Vertailuolosuhteet voidaan kuitenkin määrittää myös ajallisesti käyttämällä säilyneitä indikaattoreita, kuten piileviä, makrofyyttien siitepölyä, hyönteisten kitiiniä ja kalojen suomuja, joiden avulla voidaan määrittää olosuhteet ennen laajamittaista ihmisen aiheuttamaa häiriötä. Nämä ajalliset vertailuolosuhteet on usein helpompi rekonstruoida seisovassa vedessä kuin liikkuvassa vedessä, koska vakaat sedimentit säilyttävät paremmin biologisia indikaattorimateriaaleja.