Byen Clovis begyndte som et godsstop langs San Joaquin Valley Railroad. SJVRR blev organiseret den 15. januar 1890 af Fresnos forretningsmænd Thomas E. Hughes, Fulton Berry, Gilbert R. Osmun, H.D. Colson, John D. Gray og William M. Williams i samarbejde med jernbanespekulanten Marcus Pollasky fra Michigan. SJVRR begyndte at blive bygget i Fresno den 4. juli 1891 og nåede frem til Clovis M. Coles og George Owens landbrugsarealer i oktober samme år. Jernbanen købte en vejret fra begge landmænd, halvdelen fra hver – den østlige side fra Cole og den vestlige side fra Owen – og førte spor op langs grænsen mellem de to ejendomme. Jernbanen indvilligede i at oprette en station på den vestlige side af sporene og kalde den “Clovis”. Clovis-stationen, som blev opkaldt efter Clovis Cole, blev placeret på Owens side af sporet.
Cole og Owen solgte senere jord til Marcus Pollasky med henblik på udvikling af en bydel. Fresno civilingeniør Ingvart Tielman kortlagde byområdet på vegne af Pollasky den 29. december 1891. Den oprindelige bydel havde gader, der var opkaldt efter jernbanens officerer og hovedinvestorer: (Benjamin) Woodworth, (Marcus) Pollasky, Fulton (Berry), (Thomas) Hughes, (Gerald) Osmun og (O. D.) Baron. Byen, der blev kaldt “Clovis” efter Clovis Station af Pollasky, blev anlagt på det, der oprindeligt var Owens jord.
Jernbanen blev færdiggjort så langt som til byen Hamptonville (nu Friant) på bredden af San Joaquin-floden, kun 42 km (26 miles) fra dens udgangspunkt i Fresno. Det fremgår af vedtægterne for San Joaquin Valley Railroad, at selskabet havde til hensigt at bygge 100 miles spor, herunder sidespor og spor, gennem landbrugsarealerne øst for Fresno, og derefter nordpå til træ- og mineralressourcerne i Sierra Foothills. På det tidspunkt blev Hamptonville kaldt “Pollasky”. Onsdagen før Thanksgiving i 1891 blev der afholdt en fest for afslutningen af sporlægningen ved Pollasky endestationen med deltagelse af 3.000 Fresnanere. Jernbanen begyndte officielt at køre i januar 1892.
Det første år, hvor jernbanen var i drift, faldt sammen med begyndelsen af en dyb national økonomisk nedgang. Landmænd var ude af stand til at få et rentabelt afkast af deres afgrøder, banker og jernbaner gik konkurs i hele landet. SJVRR var ikke i stand til at generere tilstrækkelige indtægter til at betale sin gæld, blev udlejet til Southern Pacific Railroad og efterfølgende købt af SPRR i 1893. Ved at reducere jernbanens driftsplan og skære i omkostningerne var Southern Pacific i stand til at opnå et lille overskud i de første år efter overtagelsen.
På samme tid som jernbanen blev planlagt, begyndte en gruppe tømmermænd fra Michigan at erhverve tusindvis af acres træ i Sierra Nevada omkring 75 miles nordøst for Fresno. Der blev bygget en dæmning over Stevenson Creek for at skabe en sø, som ville gøre det muligt for dem at flytte frisk fældet tømmer til en mølle ved siden af søen. Derefter byggede de en 68 km lang, 7,6 m høj, V-formet vandløb, der startede ved foden af dæmningen. Når tømmeret blev grovhugget på møllen, blev det læsset i vandløbet og drevet af vandet til en høvlemølle øst for Clovis’ jernbanestation, hvor Clovis Rodeo og Clark Intermediate School ligger i dag. Tømmermøllen og værftet havde sit eget net af skinner til at flytte tømmeret rundt på værftet og til at forbinde det med SJVRR lige syd for Clovis station.
Færdiggørelsen i 1894 af tømmerfløjen og påbegyndelsen af mølledriften satte skub i den videre udvikling af området omkring Clovis station. Byen begyndte at tage form, efterhånden som de ansatte på tømmerpladsen byggede boliger tæt på deres arbejdsplads. Der blev behov for servicevirksomheder, kirker og skoler, og byen blev startet. Clovis’ første postkontor åbnede i 1895. I en avisartikel fra 1896 beskrives det, at byen havde en befolkning på næsten 500 indbyggere.
Clovis blev indlemmet som en by i februar 1912. De vigtigste gader i byens centrum blev opkaldt efter jernbanens tjenestemænd. Fulton Street blev senere navngivet Front Street, derefter Main Street, og er nu Clovis Avenue.
Tømmermøllen brændte i 1914 og blev ikke genopbygget. Grunden er nu optaget af Clark Intermediate School og Clovis Rodeo Grounds. Clovis har en lang historie som en westernby, der er kendt for sit slogan “Clovis – A Way of Life”. Siden 1914 har Clovis Rodeo været afholdt den sidste weekend i april med en parade lørdag morgen, efterfulgt af rodeo om eftermiddagen og hele søndagen. Til “Clovis way of life” bidrager også en række gadefestivaler, herunder Big Hat Days, ClovisFest og det ugentlige fredag aften-marked for landmænd, der hvert år afholdes mellem midten af maj og midten af september.
Den sidste overlevende bygning, der er bygget af jernbanen, er et depot, der nu ligger nær det sted, hvor den oprindelige Clovis Station lå. De tidligste fotos, fra omkring 1910, viser depotet, der ligger foran Tarpey-vinhuset syd for krydset mellem Ashlan og Clovis Avenues. I 1999 blev den flyttet til sin nuværende placering i byens centrum, på det nordøstlige hjørne af Clovis Avenue og Fourth Street, og blev restaureret af Clovis Big Dry Creek Historical Society med finansiering, arbejdskraft og materialer doneret af lokale virksomheder og entreprenører.
Marcus Pollasky var advokat, født i Michigan, og boede i Chicago, lige før han kom til Fresno. I løbet af sit liv forsøgte han at skabe flere projekter, der lignede SJVRR, herunder projekter i Eureka, Californien, Virginia, Michigan og Oklahoma. Kun få af dem blev nogensinde bygget. I 1896 sagsøgte Pollasky Collis P. Huntington ved retten i Los Angeles for de penge, han mistede i Fresno, “mens han var involveret i et joint venture med den sagsøgte Huntington”. Der er længe blevet spekuleret i, at Pollasky var agent for Southern Pacific, og dette “joint venture”-søgsmål synes at bevise dette.
Mange bygninger i byens kerne er blevet renoveret. Ældre butiksfacader på Clovis Avenue, hovedgaden, der løber gennem byen, er blevet restaureret, og nye bygninger er blevet designet med facader, der ligner dem, der fandtes i begyndelsen af det 20. århundrede. Det historiske centrum er blevet genfødt som “Old Town Clovis”.