Over 123 ferskvandsfaunaarter er uddøde i Nordamerika siden 1900. Af de nordamerikanske ferskvandsarter anslås det, at 48,5 % af muslingerne, 22,8 % af sneglehusene, 32,7 % af krebsene, 25,9 % af padderne og 21,2 % af fiskene er enten truede eller udryddelsestruede. Udryddelsesraten for mange arter kan stige kraftigt i det næste århundrede på grund af invasive arter, tab af nøglearter og arter, som allerede er funktionelt uddøde (f.eks. arter, som ikke reproducerer sig). Selv med forsigtige skøn er udryddelsesraten for ferskvandsfisk i Nordamerika 877 gange højere end baggrundsudryddelsesraten (1 ud af 3.000.000 år). Den forventede udryddelsesrate for ferskvandsdyr er ca. fem gange større end for landdyr og kan sammenlignes med den for regnskovssamfund. I betragtning af den katastrofale tilstand for biodiversiteten i ferskvand har et hold af forskere og fagfolk fra hele verden for nylig udarbejdet en nødhandlingsplan for at forsøge at genoprette biodiversiteten i ferskvand.
BioGældende teknikker til biomonitorering af ferskvand fokuserer primært på samfundsstrukturen, men nogle programmer måler funktionelle indikatorer som f.eks. biokemisk (eller biologisk) iltbehov, iltbehov i sedimentet og opløst ilt. Makroinvertebraternes samfundsstruktur overvåges almindeligvis på grund af deres forskelligartede taksonomi, deres lette indsamling, deres følsomhed over for en række stressfaktorer og deres overordnede værdi for økosystemet. Desuden måles algesamfundsstrukturen (ofte ved hjælp af kiselalger) i forbindelse med programmer for biomonitorering. Alger er også taksonomisk mangfoldige, lette at indsamle, følsomme over for en række stressfaktorer og generelt værdifulde for økosystemet. Alger vokser meget hurtigt, og samfund kan repræsentere hurtige ændringer i miljøforholdene.
Ud over samfundsstrukturen undersøges reaktioner på stressorer i ferskvand ved hjælp af eksperimentelle undersøgelser, der måler organismernes adfærdsændringer, ændrede vækst-, reproduktions- eller dødelighedsrater. Eksperimentelle resultater på enkelte arter under kontrollerede forhold afspejler ikke altid naturlige forhold og samfund med flere arter.
Anvendelsen af referencesteder er almindelig, når man definerer den idealiserede “sundhed” i et ferskvandsøkosystem. Referencesteder kan udvælges rumligt ved at vælge steder med minimal påvirkning fra menneskelig forstyrrelse og påvirkning. Referenceforhold kan imidlertid også fastlægges tidsmæssigt ved hjælp af bevarede indikatorer som f.eks. kiselalger, pollen fra makrofytter, insektkitin og fiskeskæl kan anvendes til at bestemme forholdene før omfattende menneskelige forstyrrelser. Disse tidsmæssige referenceforhold er ofte lettere at rekonstruere i stillestående vand end i vand i bevægelse, fordi stabile sedimenter bedre kan bevare biologiske indikatormaterialer.